| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,251,675 | A→G | R60R (CGT→CGC) | yhaJ ← | putative transcriptional regulator LYSR‑type |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,251,675 | 0 | A | G | 99.6% | 755.5 / ‑4.8 | 235 | R60R (CGT→CGC) | yhaJ | putative transcriptional regulator LYSR‑type |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (133/100); total (133/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
AGCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTACGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCCAG > NC_000913/3251585‑3251764 | agCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCg > 1:5882203/1‑93 (MQ=255) gCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGa > 1:5462670/1‑93 (MQ=255) gCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGa > 1:6427311/1‑93 (MQ=255) gCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGa > 2:3371626/1‑93 (MQ=255) cTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGAt < 2:5545913/93‑1 (MQ=255) cTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGAt > 1:2373315/1‑93 (MQ=255) ttCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATg > 1:6244856/1‑93 (MQ=255) ttCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATg > 1:2927354/1‑93 (MQ=255) tCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATgg > 1:5018288/1‑93 (MQ=255) tCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATgg < 2:5036835/93‑1 (MQ=255) ccGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGc < 2:4538614/93‑1 (MQ=255) cGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGcc < 2:1098135/93‑1 (MQ=255) gCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGccc > 1:2055493/1‑93 (MQ=255) gCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGccc > 2:3602875/1‑93 (MQ=255) cATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCg < 2:5265217/93‑1 (MQ=255) cATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCg > 1:3894605/1‑93 (MQ=255) aTCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGa > 1:4352885/1‑93 (MQ=255) aTCAGTAGTCAGCTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGa > 1:1054209/1‑93 (MQ=255) tCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGCATTTAGAGCGATGGCCCGAg > 1:5808697/1‑93 (MQ=255) tCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAg > 2:1447047/1‑93 (MQ=255) tCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAg > 1:535153/1‑93 (MQ=255) tCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAg > 1:4258820/1‑93 (MQ=255) 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gTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACa > 1:3010944/1‑93 (MQ=255) ttATCTGCGGCTTCCAGCAAAATGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGc < 2:6507834/93‑1 (MQ=255) ttATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGc < 1:2985799/93‑1 (MQ=255) aTCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGcac > 1:1487645/1‑93 (MQ=255) gCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACcaca < 2:4029296/93‑1 (MQ=255) gCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACcaca > 1:3105846/1‑93 (MQ=255) ggCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGCCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATc < 2:2468545/93‑1 (MQ=255) cTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCa < 1:2731855/93‑1 (MQ=255) ttCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAg < 2:372898/93‑1 (MQ=255) tacAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGc > 1:2040300/3‑93 (MQ=255) ccAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGct > 1:2745467/1‑93 (MQ=255) cAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGctc < 1:3816642/93‑1 (MQ=255) aGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGctct > 1:4529056/1‑93 (MQ=255) cAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCtcttc < 2:1982787/93‑1 (MQ=255) caaaCGCCCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGCCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCtcttct < 2:1659468/92‑1 (MQ=255) aaaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTcttctt < 2:2435636/93‑1 (MQ=255) aaaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTcttctt > 2:5424396/1‑93 (MQ=255) aaaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTcttctt < 1:4683936/93‑1 (MQ=255) aaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCttcttc > 1:3062722/1‑93 (MQ=255) aCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTcc > 1:402192/1‑93 (MQ=255) aCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTcc > 2:1336862/1‑93 (MQ=255) cgcgCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCa > 2:1534201/1‑93 (MQ=255) gcgcCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAg < 1:3988307/93‑1 (MQ=255) tcccTCGCTGCAACACCATCCTCCCGAAATGGGTGAATTTCGTGCGATGGCGCGAGTGCTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGtt < 1:1493051/92‑1 (MQ=255) 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gTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcg > 2:2739577/1‑93 (MQ=255) tGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgc < 1:2700382/93‑1 (MQ=255) gAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgcg < 1:247731/93‑1 (MQ=255) tttGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTcc > 2:1437851/1‑93 (MQ=255) tGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCCa > 2:4381174/1‑93 (MQ=255) ggTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCCAg > 1:5938838/1‑93 (MQ=255) | AGCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTACGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCCAG > NC_000913/3251585‑3251764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |