Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 405,539 | A→G | intergenic (+93/‑90) | yaiI → / → aroL | hypothetical protein/shikimate kinase II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 405,539 | 0 | A | G | 99.6% | 819.4 / ‑5.3 | 250 | intergenic (+93/‑90) | yaiI/aroL | hypothetical protein/shikimate kinase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (154/95); total (154/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACG > NC_000913/405449‑405628 | gTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCa > 2:5605520/1‑93 (MQ=255) aaTTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAAt < 1:2720424/93‑1 (MQ=255) aaTTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAAt < 1:6621247/93‑1 (MQ=255) aTTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATc > 1:369001/1‑93 (MQ=255) aTTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATc > 1:4247631/1‑93 (MQ=255) ttattaTTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGa > 1:3877958/1‑93 (MQ=255) 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ggTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATtc > 1:4144886/1‑93 (MQ=255) ggTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATtc > 1:4278131/1‑93 (MQ=255) ggTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATtc < 1:6054933/93‑1 (MQ=255) gTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATtct < 2:1595205/93‑1 (MQ=255) tataGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATtctc > 2:1814623/1‑93 (MQ=255) ataGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCa > 1:468460/1‑93 (MQ=255) ataGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCa < 1:4795226/93‑1 (MQ=255) ataGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCa < 2:2305248/93‑1 (MQ=255) 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tttttCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGaaaa < 2:6518637/93‑1 (MQ=255) ttttCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAAc < 2:4123413/93‑1 (MQ=255) ttttCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAAc > 2:2739538/1‑93 (MQ=255) tttCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAAcc > 1:5818551/1‑93 (MQ=255) tttCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAAcc > 2:1720070/1‑93 (MQ=255) ttCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAAacc > 2:1074885/1‑93 (MQ=255) | GTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACG > NC_000913/405449‑405628 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |