| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,077,514 | Δ1 bp | intergenic (‑165/+149) | cmtB ← / ← tktA | PTS system mannitol‑specific enzyme IIA component/transketolase 1 isozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,077,513 | 0 | C | . | 99.8% | 1922.1 / ‑3.9 | 400 | intergenic (‑164/+150) | cmtB/tktA | PTS system mannitol‑specific enzyme IIA component/transketolase 1 isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (234/165); total (234/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 416 total aligned reads displayed.
AAAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAA > NC_000913/3077418‑3077604 | aaaGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAc < 2:10523738/96‑1 (MQ=255) aGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgc > 2:11680138/1‑94 (MQ=255) aGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgc < 1:12689702/96‑3 (MQ=255) cAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgcat > 2:9737587/1‑92 (MQ=255) atggAGCAGGGAAACCGGTGTTTTTAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCatat < 1:12216138/93‑1 (MQ=255) ttGAGCAGAGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATc < 2:6561341/96‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |