| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,951,168 | +G | coding (37/1818 nt) | ilvD → | dihydroxyacid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,951,168 | 1 | . | G | 99.5% | 801.1 / ‑3.6 | 212 | coding (37/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (27/184); total (27/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GG‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTC > NC_000913/3951074‑3951251 | tGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGaac < 1:11766637/96‑2 (MQ=255) tGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAAt < 1:9543102/96‑1 (MQ=255) tGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAAt < 2:14381411/96‑1 (MQ=255) gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCTCGCCACCGGAATg < 1:13868778/96‑1 (MQ=255) gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATg < 2:12166255/96‑1 (MQ=255) gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATg < 2:8286765/96‑1 (MQ=255) gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATg < 1:12755469/96‑1 (MQ=255) ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGa < 1:3329373/96‑1 (MQ=255) gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGAc < 2:3140658/96‑1 (MQ=255) aGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGAcc < 1:850536/96‑1 (MQ=255) aGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGAcc < 2:8554455/96‑1 (MQ=255) taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGa < 1:3943897/96‑1 (MQ=255) aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGAc < 1:4815120/96‑1 (MQ=255) aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGAGCGTGTGGGCGGTTGGG‑GG‑CCTCCGGAATGGCCgtc > 2:1311850/1‑94 (MQ=255) aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACg < 2:11153849/96‑1 (MQ=255) taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGcc < 2:6624847/96‑1 (MQ=255) aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCg < 1:11200716/96‑1 (MQ=255) aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGa < 1:1653144/96‑1 (MQ=255) aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGa < 2:10912750/96‑1 (MQ=255) gtctGCCTAAGTACCGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 2:4360447/93‑1 (MQ=255) gTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 2:2851437/96‑1 (MQ=255) aTGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 2:9003674/96‑1 (MQ=255) tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCg < 1:5134281/96‑1 (MQ=255) gCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 1:9710893/96‑1 (MQ=255) gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 1:8321630/96‑1 (MQ=255) aaGTGCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 1:4127361/96‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 2:11864660/96‑1 (MQ=255) tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCg < 1:5403578/96‑1 (MQ=255) aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:13309787/96‑1 (MQ=255) aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:9622810/96‑1 (MQ=255) ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 2:4765038/96‑1 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:10070682/96‑1 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:3358288/96‑1 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:13626513/96‑1 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCTTGCGCGGTG‑GG‑GCGCCCCCAGAATGAACTCCGCCGATTTCTGTAAGACGATTa > 2:13971458/1‑96 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 2:7174370/96‑1 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 2:5501731/96‑1 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 1:276064/96‑1 (MQ=255) tCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 2:5706252/96‑1 (MQ=255) tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:6439789/96‑1 (MQ=255) cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:2606005/96‑1 (MQ=255) cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 1:8169491/96‑1 (MQ=255) gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgag < 1:10636257/96‑3 (MQ=255) caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:7736305/96‑1 (MQ=255) caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGCGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:8050571/96‑1 (MQ=255) ctcaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 2:6178619/94‑1 (MQ=255) accaccacTCATGGTCGTAATAAGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCAGATTATCGCGGtt < 1:1317800/96‑1 (MQ=255) ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCCCCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 2:530234/96‑1 (MQ=255) accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg < 1:7490633/96‑1 (MQ=255) accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg < 2:2121874/96‑1 (MQ=255) accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg < 1:2967616/96‑1 (MQ=255) acTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:9478781/96‑1 (MQ=255) cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:7901358/96‑1 (MQ=255) cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 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tatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 2:10651541/96‑1 (MQ=255) atGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 1:106574/96‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCCCCCAATTTg > 1:1963028/1‑96 (MQ=255) ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt < 1:11357472/96‑1 (MQ=255) ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt > 1:10084893/1‑96 (MQ=255) ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt < 2:7572914/96‑1 (MQ=255) ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt > 1:4628700/1‑96 (MQ=255) gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:11720793/96‑1 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1:6582907/1‑96 (MQ=255) gTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACg > 2:6931767/1‑96 (MQ=255) gTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACg > 2:8820571/1‑96 (MQ=255) gTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGGCACg > 1:7030643/1‑96 (MQ=255) tGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGt < 1:160022/96‑1 (MQ=255) gcgcTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 1:8937122/96‑1 (MQ=255) gcgcTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 1:14007549/96‑1 (MQ=255) gcgcTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 2:11685198/96‑1 (MQ=255) | GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GG‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTC > NC_000913/3951074‑3951251 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |