| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4540258 | 419 (0.730) | 46 (0.090) | 40/172 | 23.8 | 10.6% | intergenic (+57/‑425) | fimE/fimA | FimE/major type 1 subunit fimbrin |
| ? | NC_000913 | = 4540554 | 397 (0.760) | intergenic (+353/‑129) | fimE/fimA | FimE/major type 1 subunit fimbrin | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
AAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4540155‑4540258‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttggggccaTTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTCTATTGTTATCTTTATTTATAGATGTTTATAT < NC_000913/4540554‑4540460 AAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAAT > 2:11198384/1‑96AAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAAT > 1:1197183/1‑96 AAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT > 1:7602133/1‑96 AAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT < 1:6577974/96‑1 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AATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCA > 1:13285930/1‑96 TCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTT > 1:8499071/1‑96 ATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGA < 2:10501967/96‑1 GAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATA < 1:1419924/96‑1 atAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAG > 1:11046214/3‑96 AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAG < 1:14125445/96‑1 AAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGA > 2:2121134/1‑96 AAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGA < 1:595799/96‑1 AAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAG < 1:5268264/96‑1 ATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGA < 2:1197183/96‑1 TTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAA < 2:5240002/96‑1 TAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAA < 2:13949864/96‑1 AAGAGAAGAGGTTTGATTTAGCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAGAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCAT < 1:8129946/96‑1 AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGAGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATC > 1:7567073/1‑96 AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGC > 1:4804136/1‑96 GAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCG > 2:4547829/1‑96 AAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGG > 1:4660855/1‑96 GTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAA < 2:5998868/96‑1 GTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAA < 2:12318163/96‑1 TTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAAC < 2:2797506/96‑1 TTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTT > 1:13957939/1‑96 TTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTT > 1:2165262/1‑96 TAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCA > 1:10927784/1‑96 TATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTA < 2:960392/96‑1 TATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTATTTCAGTTTA > 2:10736871/1‑96 ATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTAT < 2:3267712/96‑1 TGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTT > 1:231391/1‑96 ATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGT > 1:7937918/1‑96 TAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTT < 2:8437429/96‑1 AATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTG > 1:6843936/1‑96 TTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAAT > 1:6926830/1‑96 AAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTCTA > 2:4792422/1‑96 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |