Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 3,389,812 Δ1 bp intergenic (‑149/+4151) tldD ← / ← cafA TldD/CafA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009133,389,8110C.100.0% 380.0 / NA 108intergenic (‑148/+4152)tldD/cafATldD/CafA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base . (60/48);  total (60/48)

Only 100 of 123 total aligned reads displayed.

CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC  >  NC_000913/3389719‑3389848
                                                                                            |                                     
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  gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGGCGGATGcgg                                     >  2:2107370/1‑91 (MQ=255)
  gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTAGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCCACGGCTGTCGGATGcgg                                     >  2:1168725/1‑91 (MQ=255)
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         cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAc                             <  1:2846273/93‑1 (MQ=255)
         cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAc                             <  2:1309866/93‑1 (MQ=255)
         cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAc                             <  1:2353426/93‑1 (MQ=255)
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              tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt                        >  1:5391769/1‑93 (MQ=255)
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                          ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg            >  2:3553493/1‑93 (MQ=19)
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                           gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg           >  2:3213042/1‑93 (MQ=19)
                           gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg           <  2:434151/93‑1 (MQ=19)
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                            ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt          >  1:3743451/1‑93 (MQ=19)
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                                gTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATg      >  2:4766500/1‑93 (MQ=19)
                                 ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑GGGGGTAAACGCCTTATACGAAATACGGTTATGt     >  1:2788667/1‑93 (MQ=11)
                                 ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt     <  2:547821/93‑1 (MQ=16)
                                  tCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt    <  1:847643/93‑1 (MQ=12)
                                   ccGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc   >  1:3294319/1‑93 (MQ=9)
                                    cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc  <  1:3815493/93‑1 (MQ=0)
                                    cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc  <  1:321939/93‑1 (MQ=0)
                                                                                            |                                     
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC  >  NC_000913/3389719‑3389848

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑