| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,152,247 | +C | intergenic (+10/+29) | yghB → / ← yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,152,244 | 1 | . | C | 99.5% | 702.9 / ‑3.9 | 195 | intergenic (+7/+32) | yghB/yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (118/76); total (119/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTT‑C‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAG > NC_000913/3152152‑3152333 | tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑tttt > 2:3706261/1‑93 (MQ=255) gatgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTtt‑c > 2:5510428/1‑93 (MQ=255) gatgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTtt‑c > 1:210843/1‑93 (MQ=255) atgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTtt‑c‑c > 1:1079364/1‑93 (MQ=255) tgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTtt‑c‑cc > 1:385940/1‑93 (MQ=255) tgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTtt‑c‑cc < 1:105531/93‑1 (MQ=255) tatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTtt‑c‑ccc > 1:1717534/2‑92 (MQ=255) gatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTtt‑c‑ccc > 2:6022736/1‑92 (MQ=255) gatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACACCTGACGA‑TTtt‑c‑ccc > 2:2144499/1‑92 (MQ=255) atCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTtt‑c‑ctcg > 1:792475/1‑90 (MQ=255) atCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTtt‑c‑cccg > 1:4461648/1‑91 (MQ=255) tGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTACAAAAAAATACTGTCACGCCTGGAGA‑TTTt‑caccgttcc > 2:2580922/1‑93 (MQ=255) tGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTtcc‑ccgttcc > 2:5103073/1‑93 (MQ=255) gCCAATTGCCTTGTTACCCGCTGGCTTGTTAGCCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTtcc‑ccgttccc < 2:229134/93‑1 (MQ=255) gCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTtcc‑ccgttccc > 2:2010374/1‑93 (MQ=255) gCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTtcc‑ccgttccc < 1:3512872/93‑1 (MQ=255) cAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGGCTGACGC‑TTTTCC‑CCGTTTCCgg > 1:493641/1‑93 (MQ=255) cAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTtcc‑ccgttccccg > 1:2522497/1‑91 (MQ=255) aaTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTCAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTACCGGt > 2:5889406/1‑93 (MQ=255) aaTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGt < 2:2598033/93‑1 (MQ=255) aaTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGt > 1:1120731/1‑93 (MQ=255) tGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCTGTTGc < 2:1749417/93‑1 (MQ=255) tGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGc < 2:1920422/93‑1 (MQ=255) gCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCt > 1:2299100/1‑93 (MQ=255) gCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGGTGCt > 2:300977/1‑93 (MQ=255) cTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGt < 1:2211580/93‑1 (MQ=255) cTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCCGTTGCTGt > 2:14399/1‑93 (MQ=255) ttGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTa < 2:4540306/93‑1 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTAc > 1:3236387/1‑93 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTAc > 2:1514706/1‑93 (MQ=255) gTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCCCGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTAcc < 2:4771897/93‑1 (MQ=255) gTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTAcc < 2:5064090/93‑1 (MQ=255) ttAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCg < 2:4599402/93‑1 (MQ=255) ttAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCg < 1:5854329/93‑1 (MQ=255) ttAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCg < 1:5520727/93‑1 (MQ=255) tAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCgg > 2:3980872/1‑93 (MQ=255) tAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCgg < 2:663521/93‑1 (MQ=255) ccGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGaa > 2:1152713/1‑93 (MQ=255) ccGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGaa > 2:555181/1‑93 (MQ=255) cGCTGGCTTGTTACGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAAc < 1:2818126/93‑1 (MQ=255) cTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGGACGt > 2:818885/1‑93 (MQ=255) cTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGt > 2:4795754/1‑93 (MQ=255) tGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTTCCGGGTGCTGGACCGGGAACgct > 1:1771259/1‑91 (MQ=255) ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAt < 1:513091/93‑1 (MQ=255) ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAt < 2:5329007/93‑1 (MQ=255) ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAt < 1:3608064/93‑1 (MQ=255) 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cACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCt < 2:2488711/93‑1 (MQ=255) gCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCa < 1:2665606/93‑1 (MQ=255) gTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCg > 2:4294787/1‑93 (MQ=255) tttGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGc > 2:2913531/1‑93 (MQ=255) ttGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGcc > 1:4125573/1‑93 (MQ=255) tgtgGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGccc > 1:3264147/1‑93 (MQ=255) tggtgATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGc > 2:3914000/1‑93 (MQ=255) ggtgATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGA‑TTTTCC‑CCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCa < 2:418751/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |