| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,237,247 | +C | intergenic (+60/‑337) | ygjT → / → ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,237,245 | 1 | . | C | 99.4% | 592.8 / ‑3.6 | 171 | intergenic (+58/‑339) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (103/67); total (104/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGA > NC_000913/3237156‑3237335 | aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑c > 2:478765/1‑93 (MQ=255) ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑cc < 1:2962638/93‑2 (MQ=255) tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑cct < 1:5405591/93‑3 (MQ=255) tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑cct < 2:4011508/93‑3 (MQ=255) tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑cct > 1:3394781/1‑91 (MQ=255) tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑cct < 2:5533083/93‑3 (MQ=255) tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑ccttc > 1:1905263/1‑89 (MQ=255) ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCa > 2:2120267/1‑93 (MQ=255) ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCa > 1:5150579/1‑93 (MQ=255) cATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAgg > 1:3080188/1‑93 (MQ=255) aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAggg > 1:2076865/1‑93 (MQ=255) aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAggg > 1:459566/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGga > 1:1668296/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGga > 1:2461365/1‑93 (MQ=255) gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgag < 2:2154646/93‑1 (MQ=255) gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgag < 2:2788487/93‑1 (MQ=255) aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGggga < 2:103816/93‑1 (MQ=255) aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGggga < 2:1206871/93‑1 (MQ=255) aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgaga < 1:3637058/93‑1 (MQ=255) aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgaga > 1:4604733/1‑93 (MQ=255) aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgaga < 2:2318355/93‑1 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGagag < 2:2182396/93‑1 (MQ=255) aaGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAgg < 1:1570246/93‑1 (MQ=255) aaGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAgg < 1:3937103/93‑1 (MQ=255) aaGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAgg < 2:5794528/93‑1 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAggg < 1:2632343/93‑1 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAggg < 1:686699/93‑1 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTTTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGt > 1:5120507/1‑93 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt < 2:2221202/93‑1 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCgg < 1:1830654/93‑1 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCgg > 2:2993999/1‑93 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 1:10212/1‑93 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCgggg < 1:5003291/93‑1 (MQ=255) gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCggggg > 1:2173299/1‑92 (MQ=255) gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt > 1:608304/1‑93 (MQ=255) ggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTg > 1:2348419/1‑93 (MQ=255) gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa < 2:3056641/93‑1 (MQ=255) tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAg < 2:3169726/93‑1 (MQ=255) ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAgg < 2:5300553/93‑1 (MQ=255) ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgg > 1:3271740/1‑93 (MQ=39) gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCCGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 2:1541440/1‑93 (MQ=255) gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgggggggggg > 2:3351519/1‑93 (MQ=255) gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 2:4260186/1‑93 (MQ=38) tAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTa > 1:104317/1‑93 (MQ=38) aaTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTaa > 2:3614787/1‑93 (MQ=38) tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt < 1:1468248/93‑1 (MQ=38) tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCT‑CTCTTCCAGCGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt > 1:5538957/1‑93 (MQ=255) ttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttt < 1:4234498/93‑1 (MQ=38) tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtttt > 1:184490/1‑93 (MQ=38) tAATCTGCCTCAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTACCAGTGGGAGGGTCCGGGGGAGGGTAATTTTTc > 2:732393/1‑93 (MQ=255) aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCg > 1:5045637/1‑93 (MQ=38) tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa < 1:4853703/93‑1 (MQ=37) cTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAc < 1:615956/93‑1 (MQ=37) tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 2:3413157/1‑93 (MQ=38) tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 1:5269223/1‑93 (MQ=38) gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg > 1:135636/1‑93 (MQ=37) ccTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGa < 1:295213/93‑1 (MQ=38) cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 1:5973910/1‑93 (MQ=38) cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 2:657958/1‑93 (MQ=38) cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGGGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 2:6031763/1‑93 (MQ=38) tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCCCCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg < 2:1245158/93‑1 (MQ=37) tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg < 2:2494042/93‑1 (MQ=38) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |