| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,139,669 | +C | coding (233/330 nt) coding (132/159 nt) |
yijI → b4558 ← |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,139,667 | 1 | . | C | 100.0% | 815.4 / NA | 223 | L77F (TTG→TTC) A45G (GCA→GGA) | yijI b4558 | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (100/123); total (100/123) | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CTTCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCA > NC_000913/4139576‑4139753 | cTTCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c > 2:5188112/1‑93 (MQ=255) ttCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑cc > 2:4355467/1‑93 (MQ=255) tCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccc > 1:3087688/1‑92 (MQ=255) tCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccc < 2:4386854/93‑2 (MQ=255) tgtGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccct < 2:1603822/91‑3 (MQ=255) ccTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccct > 2:1596459/1‑91 (MQ=255) cTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccctt > 1:3624387/1‑90 (MQ=255) tGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑cccttg > 1:367160/1‑89 (MQ=255) ttCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCg > 2:5851039/1‑93 (MQ=255) tcgtcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCgg < 1:1631093/93‑1 (MQ=255) gtcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTc > 1:2505374/1‑93 (MQ=255) gtcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCCTGCGGTc > 1:2818335/1‑93 (MQ=255) tcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCa < 1:4272812/93‑1 (MQ=255) tcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCa < 1:1324628/93‑1 (MQ=255) tcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCa < 2:2619971/93‑1 (MQ=255) cgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAg < 2:1432529/93‑1 (MQ=255) cgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAg > 2:3469211/1‑93 (MQ=255) ggCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGt > 2:4094420/1‑93 (MQ=255) ggCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGt < 1:3953285/93‑1 (MQ=255) gCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTg < 1:1976046/93‑1 (MQ=255) cccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTgcg > 1:5917570/1‑93 (MQ=255) cccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTgcg > 1:103792/1‑93 (MQ=255) ccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTgcgc > 2:1470818/1‑93 (MQ=255) ccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTgcgc > 2:6134152/1‑93 (MQ=255) ccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTgcgc > 1:927269/1‑93 (MQ=255) ccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTgcgc > 1:4790838/1‑93 (MQ=255) aaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGt < 1:4588759/93‑1 (MQ=255) aaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGt > 1:5262590/1‑93 (MQ=255) aaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGtt > 2:852183/1‑93 (MQ=255) aaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGtt > 1:3231581/1‑93 (MQ=255) aTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTa < 1:3292036/93‑1 (MQ=255) aTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTa < 2:127615/93‑1 (MQ=255) aTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTa < 2:5915470/93‑1 (MQ=255) tCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTTCGCAGGTTAt > 2:1954101/1‑93 (MQ=255) tCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAt > 2:2960576/1‑93 (MQ=255) aGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGc > 2:2914908/1‑93 (MQ=255) gTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGcc < 2:6059503/93‑1 (MQ=255) aaCTGGCAGTTATCTCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCAc < 1:1996249/93‑1 (MQ=255) aCTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACt > 2:3617375/1‑93 (MQ=255) tGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCa > 1:4955229/1‑93 (MQ=255) gCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAt < 1:4398758/93‑1 (MQ=255) gCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAt < 2:141563/93‑1 (MQ=255) aGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAttt < 1:265933/93‑1 (MQ=255) ttATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCTCTCAATTtgt < 2:2311531/93‑1 (MQ=255) ttATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtgt < 1:6016731/93‑1 (MQ=255) ttATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtgt < 1:3804988/93‑1 (MQ=255) 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cGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTAcaca < 2:520008/93‑1 (MQ=255) ggTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAg < 2:4422783/93‑1 (MQ=255) gCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGt < 2:2200748/93‑1 (MQ=255) ccAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGtt > 2:5425751/1‑93 (MQ=255) cAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGttt < 2:5293513/93‑1 (MQ=255) cAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGttt > 1:586369/1‑93 (MQ=255) aaTCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTc > 1:1091642/1‑93 (MQ=255) aaTCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTc < 1:3446503/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |