| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,448,543 | +C | intergenic (+48/‑90) | ytfQ → / → ytfR | putative LACI‑type transcriptional regulator/YtfR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,448,542 | 1 | . | C | 99.5% | 603.4 / ‑5.6 | 202 | intergenic (+47/‑91) | ytfQ/ytfR | putative LACI‑type transcriptional regulator/YtfR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base C (117/84); minor base T (1/0); total (118/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
AAGAATTAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CG‑G‑CGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCACGCTTTACACCG > NC_000913/4448461‑4448623 | agaaTTAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGc < 1:5987785/93‑1 (MQ=37) agaaTTAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGGATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGc > 1:3724829/1‑93 (MQ=25) gaaTTAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCg > 2:6044405/1‑93 (MQ=37) gaaTTAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGACGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCg > 2:4044697/1‑93 (MQ=37) aaTTAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGa < 1:596918/93‑1 (MQ=37) aaTTAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGa > 2:5915878/1‑93 (MQ=37) aaTTAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGa > 2:5265573/1‑93 (MQ=37) aaTAAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCTTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGa < 2:652311/93‑1 (MQ=25) aTTAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGGTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGAATCCGGCGAt > 1:5002076/1‑93 (MQ=25) ttAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATg > 2:4411144/1‑93 (MQ=37) agagAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGt < 1:5651618/93‑1 (MQ=37) gggaagaagaaAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTg > 1:3064024/3‑93 (MQ=25) gagaAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTg > 2:4071761/1‑93 (MQ=37) agaagaagaAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGc > 1:118362/1‑93 (MQ=37) 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gggTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCAGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCG‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGa < 1:3614638/93‑1 (MQ=25) gTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGCTGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACg > 1:4413616/1‑93 (MQ=25) tATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGc < 2:3665711/93‑1 (MQ=25) tATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGc < 2:3823001/93‑1 (MQ=25) tATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGc < 1:2292581/93‑1 (MQ=25) aTTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCt > 1:814273/1‑93 (MQ=25) aTTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCt > 1:1556014/1‑93 (MQ=25) aTTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCt > 1:4820471/1‑93 (MQ=25) aGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGCAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTAcc < 2:3188534/93‑1 (MQ=25) gggTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACcg > 1:5548483/1‑93 (MQ=25) gggTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACcg > 1:296660/1‑93 (MQ=25) gggTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACcg > 1:5900230/1‑93 (MQ=25) gTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACcgcg > 2:5366785/1‑93 (MQ=25) ttGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGt > 2:4737620/1‑93 (MQ=25) tGCGATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTc < 1:2473734/93‑1 (MQ=21) gCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCt < 1:1119789/93‑1 (MQ=25) gCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCt > 1:2571639/1‑93 (MQ=25) gCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCt > 2:1493351/1‑93 (MQ=25) cTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCtt > 1:3265591/1‑93 (MQ=25) cTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCtt > 2:2511419/1‑93 (MQ=25) cTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGGGGACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCtt > 2:2050710/1‑93 (MQ=21) tATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGCCGCTTACCGCGTCttc > 2:2476619/1‑92 (MQ=21) tATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTa < 2:395377/93‑1 (MQ=25) tATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTa > 1:5315308/1‑93 (MQ=25) tATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTa < 2:5691861/93‑1 (MQ=25) aTGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTAt < 1:3875924/93‑1 (MQ=25) tGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATc < 2:1690988/93‑1 (MQ=21) tGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATc < 1:2913670/93‑1 (MQ=21) tGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATc > 1:2444447/1‑93 (MQ=21) tGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATc > 2:1929226/1‑93 (MQ=21) tGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATc > 1:3997230/1‑93 (MQ=21) gCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCa < 2:562538/93‑1 (MQ=21) gCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCa < 1:4280432/93‑1 (MQ=21) ccTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAt < 2:2313528/93‑1 (MQ=21) ccTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAt < 2:3341465/93‑1 (MQ=21) ccTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAt > 1:5720962/1‑93 (MQ=21) ccTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAt < 2:2955044/93‑1 (MQ=21) cTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATg > 1:3540227/1‑93 (MQ=21) cTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATg > 1:2383788/1‑93 (MQ=21) tGATGGCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGACTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGc > 1:879387/1‑93 (MQ=21) tGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGc > 2:5068921/1‑93 (MQ=21) gATGCCTATCGGTGGGCCGGATAGGCCCCTCCCG‑C‑CGCATCGGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGcc < 1:2628159/93‑1 (MQ=16) gATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGcc > 1:1319019/1‑93 (MQ=21) gATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGcc > 1:5233161/1‑93 (MQ=21) gATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGcc > 1:5383526/1‑93 (MQ=21) gATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGcc > 1:4629305/1‑93 (MQ=21) gATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGcc > 1:1960211/1‑93 (MQ=18) tGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTa < 1:3416982/93‑1 (MQ=21) 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gATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTgg > 1:4379635/1‑93 (MQ=18) aTTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTggg < 1:5186559/93‑1 (MQ=18) ttCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGa > 2:2812861/1‑93 (MQ=21) gTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCa < 1:2027061/93‑1 (MQ=21) tAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCAc > 2:5235539/1‑93 (MQ=21) aGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCACg > 1:4937223/1‑93 (MQ=21) ggCCGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCACGc < 2:2747813/93‑1 (MQ=21) cGGATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCACGCttt > 1:1071275/1‑93 (MQ=21) gATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGGACGCTTTac > 2:5644195/1‑93 (MQ=21) gATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCACGCTTTac < 2:1417000/93‑1 (MQ=21) gATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCACGCTTTac > 1:1462835/1‑93 (MQ=21) gATAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCACGCTTTac < 1:5841024/93‑1 (MQ=25) tAAGGCGCT‑‑CGCGCCGCAGCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCACGCTTTacac < 2:839828/93‑1 (MQ=25) aGGCGCT‑‑CGCGCCGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCACGCTTTACACCg > 2:3635787/1‑93 (MQ=25) | AAGAATTAGAGAAGAAGAAAAATATGGGGTATTGAGGGTTGCTATGCCTGATGCCGATTCGTAGGCCGGATAAGGCGCT‑‑CG‑G‑CGCATCCGGCGATGGTGCACTGAAGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCATGCCTACTGGGAGCACGCTTTACACCG > NC_000913/4448461‑4448623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |