| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 383,887 | A→G | intergenic (‑47/‑512) | yaiS ← / → tauA | hypothetical protein/TauA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 383,887 | 0 | A | G | 99.4% | 649.4 / ‑4.5 | 181 | intergenic (‑47/‑512) | yaiS/tauA | hypothetical protein/TauA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (81/98); total (82/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TTATTTGCCGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCG > NC_000913/383797‑383976 | ttATTTGCCGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCt > 2:2884222/1‑93 (MQ=255) tATTTGCCGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTc > 2:147875/1‑93 (MQ=255) tATTTGCCGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTc > 2:4939714/1‑93 (MQ=255) aTTTGCCGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCa < 2:3622581/93‑1 (MQ=255) aTTTGCCGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCa < 2:5801086/93‑1 (MQ=255) aTTTGCCGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCa > 1:2071316/1‑93 (MQ=255) tttGCCGAAGAAAGGAGCGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCag < 1:806516/93‑1 (MQ=255) ttGCCGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCaga < 2:3606727/93‑1 (MQ=255) ttGCCGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCaga > 2:2647998/1‑93 (MQ=255) cGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACg > 2:5836447/1‑93 (MQ=255) cGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACg > 2:5123287/1‑93 (MQ=255) gaagaaAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGt > 2:3675809/1‑93 (MQ=255) agaaAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTaa > 2:2607503/1‑93 (MQ=255) agaaAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTaa < 1:319089/93‑1 (MQ=255) agaaAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTaa > 2:4047872/1‑93 (MQ=255) aaGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAAtct < 2:4953634/93‑1 (MQ=255) aaGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAAtct > 1:2197691/1‑93 (MQ=255) aaGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAAtct < 2:1970710/93‑1 (MQ=255) aaGGAGGGCTGAATCTAAAAACTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAAtct > 1:2580561/1‑93 (MQ=255) ggaggGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATctct < 1:3682767/93‑1 (MQ=255) ggaggGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATctct < 1:2247047/93‑1 (MQ=255) gggCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGgc < 2:5656452/93‑1 (MQ=255) 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cTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTAtaaat > 2:659459/1‑93 (MQ=255) ttAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTAtaaatg > 2:4434793/1‑93 (MQ=255) aTGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTAtaaatgtta < 2:2958517/93‑1 (MQ=255) tGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTAtaaatgttaa < 1:2034281/93‑1 (MQ=255) tGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTAtaaatgttaa > 2:3435993/1‑93 (MQ=255) gACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTAtaaatgttaaa > 1:2797073/1‑93 (MQ=255) acacTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTAtaaatgttaaat > 1:4657094/1‑93 (MQ=255) acacTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTAtaaatgttaaat < 2:2575197/93‑1 (MQ=255) acTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTAtaaatgttaaatgt < 1:2445819/93‑1 (MQ=255) acTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTAtaaatgttaaatgt < 1:5792945/93‑1 (MQ=255) cTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATaaatgttaaatgtt > 2:1124171/1‑93 (MQ=255) tCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTg < 2:2040318/93‑1 (MQ=255) ccATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGc < 2:3484063/93‑1 (MQ=255) ccATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGc < 2:3345734/93‑1 (MQ=255) aTTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCta > 2:4668334/1‑93 (MQ=255) ttttATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCtaa < 2:3786315/93‑1 (MQ=255) 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tattatACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGa < 2:2436115/93‑1 (MQ=255) tattatACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGa < 2:1757971/93‑1 (MQ=255) attatACTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGaa < 1:5202814/93‑1 (MQ=255) tataCTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGaaaa < 1:287025/93‑1 (MQ=255) tataCTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGaaaa < 2:1823887/93‑1 (MQ=255) ataCTACAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAg > 1:776575/1‑93 (MQ=255) tactacAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGc < 2:276899/93‑1 (MQ=255) ctacAAGCACAACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCaa < 1:4731257/93‑1 (MQ=255) 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caACGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCa > 1:3376557/1‑93 (MQ=255) aaCGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAg > 1:3032153/1‑93 (MQ=255) aCGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGa > 2:5433847/1‑93 (MQ=255) aCGATGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGa > 1:647118/1‑93 (MQ=255) aTGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGAccc > 2:5286381/1‑93 (MQ=255) tGCGCTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCg < 2:2920734/93‑1 (MQ=255) | TTATTTGCCGAAGAAAGGAGGGCTGAATCTAAAACCTTATCCACTTAATGACACTCCATTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCG > NC_000913/383797‑383976 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |