| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,585,834 | A→G | H339H (CAT→CAC) | ugpC ← | ATP‑binding component of sn‑glycerol 3‑phosphate transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,585,834 | 0 | A | G | 92.5% | 611.2 / 28.0 | 202 | H339H (CAT→CAC) | ugpC | ATP‑binding component of sn‑glycerol 3‑phosphate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/8); new base G (93/93); total (101/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
TACTCGTTGTCCTGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGATGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGATCTCCAGCGTGTCCATCACCATC > NC_000913/3585744‑3585924 | tACTCGTTGTCGTGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTg < 1:3774632/93‑1 (MQ=255) cTCGTTGTCCTGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTgcg > 1:5167726/1‑93 (MQ=255) tCGTTGTCCTGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTgcgc > 1:5611958/1‑93 (MQ=255) ttGTCCTGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAg > 2:1558997/1‑93 (MQ=255) ttGTCCTGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAg > 1:1478481/1‑93 (MQ=255) gTCCTGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGGCAGTc > 2:671362/1‑93 (MQ=255) gTCCTGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGATGCGCCAGTc < 2:4875323/93‑1 (MQ=255) cTGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGcc > 2:1974444/1‑92 (MQ=255) cTGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGca > 2:5085624/1‑93 (MQ=255) tGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGcac > 2:4598445/1‑93 (MQ=255) gTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGcacc > 1:4900299/1‑93 (MQ=255) gTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGcacc > 1:3478873/1‑93 (MQ=255) tttCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGcaccc > 1:121099/1‑92 (MQ=255) tttCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGcacca > 1:2195327/1‑93 (MQ=255) tttCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGcacca > 1:2547716/1‑93 (MQ=255) tttCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGcacca < 1:2765494/93‑1 (MQ=255) tCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCaccacc < 1:3097657/93‑1 (MQ=255) tCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCaccacc > 2:428528/1‑93 (MQ=255) cACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCAccacca < 1:1885648/93‑1 (MQ=255) cACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCAccacca < 1:106945/93‑1 (MQ=255) aCCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAg < 2:5282025/93‑1 (MQ=255) cATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCt > 2:335623/1‑93 (MQ=255) 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aaaaGATGCAGCTGATGTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGc > 1:5491567/1‑93 (MQ=255) aaaGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCt > 1:3674209/1‑93 (MQ=255) aaaGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCt < 1:3706293/93‑1 (MQ=255) aaGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTc > 2:5400200/1‑93 (MQ=255) aaGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTc > 2:3800580/1‑93 (MQ=255) aaGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTc < 2:3104808/93‑1 (MQ=255) gATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGc > 2:2170125/1‑93 (MQ=255) tGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGccc > 1:1905723/1‑93 (MQ=255) 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ttttCCGCCAGATGCAGCCACACCGTGCTGCCTGCCGTCGGTCGCTCCTGGGGCGCCAGTGGCACAGCCACCTTCCGCTCGCCCCACCGCCCg > 2:3527862/1‑93 (MQ=255) ccAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCa > 2:4068098/1‑93 (MQ=255) ccAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCa > 2:1150651/1‑93 (MQ=255) cAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAg < 1:4002115/93‑1 (MQ=255) gATGCCGCGACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCACTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTCCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGt < 1:3654218/93‑1 (MQ=255) gATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGt > 1:5332533/1‑93 (MQ=255) gATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGt > 2:3629639/1‑93 (MQ=255) gCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTAt < 2:5464852/93‑1 (MQ=255) gCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTAt < 1:1457544/93‑1 (MQ=255) cAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATc > 2:853771/1‑93 (MQ=255) aGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCt < 2:2555330/93‑1 (MQ=255) gCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTg < 2:4729848/93‑1 (MQ=255) gCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTg > 1:4258730/1‑93 (MQ=255) ccACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTgc < 1:4368712/93‑1 (MQ=255) ccACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCACCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTgc > 2:908308/1‑93 (MQ=255) cacaGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTgcg < 1:707799/93‑1 (MQ=255) cacaGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTgcg > 1:5681997/1‑93 (MQ=255) cacaGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTgcg > 1:5056207/1‑93 (MQ=255) caGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGcc > 2:1101622/1‑93 (MQ=255) gCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGa > 2:2659839/1‑93 (MQ=255) gCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGa < 1:879354/93‑1 (MQ=255) gCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGa < 1:6058605/93‑1 (MQ=255) ttctgcctgcCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGa < 2:2775140/91‑1 (MQ=255) tgctgcCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGa < 2:2125824/93‑1 (MQ=255) tgctgcCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGa < 2:4583226/93‑1 (MQ=255) tgctgcCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGa < 2:1637193/93‑1 (MQ=255) gctgcCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGAt < 1:1019327/93‑1 (MQ=255) gctgcCTGCCGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGCAt > 1:4800846/1‑93 (MQ=255) gcctgccGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGAtctc < 1:6123632/93‑1 (MQ=255) gcctgccGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGAtctc > 2:2930445/1‑93 (MQ=255) gcctgccGTCGGGCGCTCCTGATGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGAtctc < 2:2424851/93‑1 (MQ=255) cctgccGTCGGGCGCTCCTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGATCTcc > 2:3071339/1‑93 (MQ=255) 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ccTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGATCTCCAGCGTGTCCATCACCa < 2:733757/93‑1 (MQ=255) cTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGATCTCCAGCGTGTCCATCCCCAt > 1:1728415/1‑93 (MQ=255) cTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGATCTCCAGCGTGTCCATCACCAt < 1:4444115/93‑1 (MQ=255) cTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGATCTCCAGCGTGTCCATCACCAt > 2:5839359/1‑93 (MQ=255) cTGGTGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGATCTCCAGCGTGTCCATCACCAt < 2:1659401/93‑1 (MQ=255) tGATGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGATCTCCAGCGTGTCCATCACCATc < 1:5938449/93‑1 (MQ=255) | TACTCGTTGTCCTGTTTCACCATCAAAAAGATGCAGCTGATTTTCCGCCAGATGCAGCCACAGCGTGCTGCCTGCCGTCGGGCGCTCCTGATGCGCCAGTCGCACCACCAGCTTCTGCTCGCCCCAGCGTCCGTGCGCCAGGTTATCTGCGCCGAGGATCTCCAGCGTGTCCATCACCATC > NC_000913/3585744‑3585924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |