| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,782,932 | T→C | Y16H (TAT→CAT) | yibO → | putative 2,3‑bisphosphoglycerate‑independent phosphoglycerate mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,782,932 | 0 | T | C | 99.5% | 796.3 / ‑4.8 | 217 | Y16H (TAT→CAT) | yibO | putative 2,3‑bisphosphoglycerate‑independent phosphoglycerate mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (118/98); total (119/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
AGTAAAATTACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCTATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCACTGTGGGCCAATCGTCCGCATACC > NC_000913/3782842‑3783021 | agtaAAATTACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGatggccat > 2:5546503/1‑93 (MQ=255) gtaAAATTACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGatggccatg > 2:1803598/1‑93 (MQ=255) gtaAAATTACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGatggccatg < 2:4240425/93‑1 (MQ=255) gtaAAATTACACAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGatggccatg > 1:3811292/1‑93 (MQ=255) aaaTTACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGatggccatggct < 2:2559630/93‑1 (MQ=255) aaTTACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGAtggccatggcta < 1:5024337/93‑1 (MQ=255) aaTTACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGAtggccatggcta < 1:1001967/93‑1 (MQ=255) aTTACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATggccatggctat < 2:3945770/93‑1 (MQ=255) aTTACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATggccatggctat < 1:244265/93‑1 (MQ=255) aTTACCGAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATggccatggctat < 2:1928602/93‑1 (MQ=255) ttACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATc > 1:4010991/1‑93 (MQ=255) ttACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATc > 2:3267476/1‑93 (MQ=255) cGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATcgcg > 1:4594986/1‑93 (MQ=255) cGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATcgcg < 1:3750699/93‑1 (MQ=255) 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tGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATaa < 1:295766/93‑1 (MQ=255) tGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATaa < 2:2641104/93‑1 (MQ=255) gAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAAc > 2:4055152/1‑93 (MQ=255) gAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAAc > 1:2789226/1‑93 (MQ=255) gTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGc > 2:436652/1‑93 (MQ=255) aTGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCa > 2:6131410/1‑93 (MQ=255) aTGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCa < 2:3112722/93‑1 (MQ=255) tGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCAt > 1:721591/1‑93 (MQ=255) 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cTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTaa < 1:4250904/93‑1 (MQ=255) tAAAAAACCTATGGTACTGGGGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAAt > 2:2382874/1‑93 (MQ=255) aaaaaaCCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATg > 2:5854510/1‑93 (MQ=255) aaaaaCCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATgg < 1:5705939/93‑1 (MQ=255) aaaaaCCTATGGGCCTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATgg > 1:1501074/1‑93 (MQ=255) aaaaCCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGa < 1:745132/93‑1 (MQ=255) aaaaCCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGa < 1:1979101/93‑1 (MQ=255) aaaCCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGAt > 2:4695027/1‑93 (MQ=255) aaaCCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGAt < 1:1373683/93‑1 (MQ=255) aaCCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATg > 1:5387355/1‑93 (MQ=255) ccTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCa > 2:3837226/1‑93 (MQ=255) cTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCAc > 1:144410/1‑93 (MQ=255) cTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCAc < 2:5685865/93‑1 (MQ=255) tATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCACt > 1:3859066/1‑93 (MQ=255) aTGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCACtg > 1:1275286/1‑93 (MQ=255) tGGTACTGGTGATTCTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCACtgt > 1:6059452/1‑93 (MQ=255) 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cTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCACTGTGGGCCAATCGTCCg < 1:2914464/93‑1 (MQ=255) cTGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCACTGTGGGCCAATCGTCCg > 2:5151782/1‑93 (MQ=255) tGGATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCACTGTGGGCCAATCGTCCGc > 1:679200/1‑93 (MQ=255) ggATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGAAAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCACTGTGGGCCAATCGTCCGCa > 1:5237317/1‑93 (MQ=255) gATGGCCATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCACTGTGGGCCAATCGTCCGCAt > 1:106572/1‑93 (MQ=255) tggccatggctaTCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCACTGTGGGCCAATCGTCCGCATAc > 1:613807/1‑93 (MQ=255) | AGTAAAATTACGCAAATTTTGACTCTTGAGTATGAGGTTGTCGCAATGTTGGTTTCTAAAAAACCTATGGTACTGGTGATTCTGGATGGCTATGGCTATCGCGAAGAACAGCAGGATAACGCCATTTTTAGTGCTAAAACCCCGGTAATGGATGCACTGTGGGCCAATCGTCCGCATACC > NC_000913/3782842‑3783021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |