| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,928,669 | A→G | L18L (TTG→CTG) | yieN ← | putative 2‑component regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,928,669 | 0 | A | G | 99.1% | 755.4 / ‑2.4 | 210 | L18L (TTG→CTG) | yieN | putative 2‑component regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (115/93); total (115/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
GCGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAA > NC_000913/3928579‑3928758 | gCGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCg < 2:5813219/93‑1 (MQ=255) cGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGa < 1:2825330/93‑1 (MQ=255) gggCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGaa > 1:459317/1‑93 (MQ=255) gggCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAACGaa < 2:4355097/93‑1 (MQ=255) ggCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAAc < 2:4206935/93‑1 (MQ=255) ggCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAAc < 1:178731/93‑1 (MQ=255) gCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACt > 1:781251/1‑93 (MQ=255) ccAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCGCCTTTTCCAGCGAACTg < 1:5546378/93‑1 (MQ=255) ccAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTg > 2:1974025/1‑93 (MQ=255) cAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGc < 1:5842851/93‑1 (MQ=255) cAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGc > 2:5373471/1‑93 (MQ=255) aaGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCt < 1:734388/93‑1 (MQ=255) aaGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCt > 2:5293061/1‑93 (MQ=255) aggaggAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTc < 1:2570959/93‑1 (MQ=255) ggaggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCa < 2:1097989/93‑1 (MQ=255) ggaggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCa < 2:1515064/93‑1 (MQ=255) ggaggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCa > 1:2873179/1‑93 (MQ=255) gaggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAg < 1:6060918/93‑1 (MQ=255) aggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAgg < 1:2125044/93‑1 (MQ=255) aggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAgg < 2:5819107/93‑1 (MQ=255) ggaACACGCTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGc < 2:5237151/93‑1 (MQ=255) ggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGc > 1:1133042/1‑93 (MQ=255) aaCACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCgg > 1:1707486/1‑93 (MQ=255) acacacTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCggg > 2:3871861/1‑93 (MQ=255) cacTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGaaa > 2:206391/1‑93 (MQ=255) cTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAAtt > 2:2024021/1‑93 (MQ=255) cTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAAtt > 1:2407338/1‑93 (MQ=255) cTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAAtt > 2:5564423/1‑93 (MQ=255) tttCACCACTTAGTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTc > 2:216744/1‑93 (MQ=255) tttCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTc < 1:3321495/93‑1 (MQ=255) tCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCtt < 2:132752/93‑1 (MQ=255) tCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCtt < 1:4287853/93‑1 (MQ=255) caccacTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCttt > 2:2324164/1‑93 (MQ=255) caccacTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCttt > 1:3524482/1‑93 (MQ=255) cccacTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTc < 1:2519291/92‑1 (MQ=255) acTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGc < 2:6120191/93‑1 (MQ=255) acTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGc < 1:5899762/93‑1 (MQ=255) tAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaa > 1:760880/1‑93 (MQ=255) aaTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaat > 1:2792892/1‑93 (MQ=255) aaTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaat < 1:3172728/93‑1 (MQ=255) aTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaata > 1:1021849/1‑93 (MQ=255) aTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaata > 2:607312/1‑93 (MQ=255) aTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaata < 1:4732197/93‑1 (MQ=255) aTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaata > 2:3458626/1‑93 (MQ=255) gCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATaaa > 2:1784655/1‑93 (MQ=255) cGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATg > 1:992751/1‑93 (MQ=255) taataaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAgg < 2:3294364/93‑1 (MQ=255) caataaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAgg < 1:4885431/92‑1 (MQ=255) taaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTg > 2:4229107/1‑93 (MQ=255) taaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTg > 2:2841661/1‑93 (MQ=255) taaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTg > 2:3035121/1‑93 (MQ=255) taaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTg < 2:3571970/93‑1 (MQ=255) aaaCACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGa < 1:5063737/93‑1 (MQ=255) acacAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGc > 2:2720839/1‑93 (MQ=255) acacAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGc > 2:728366/1‑93 (MQ=255) cacaAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGcc > 1:1076085/1‑93 (MQ=255) acaAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCa < 1:4091254/93‑1 (MQ=255) acaAGCGGATGGCGTAGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCa > 1:1433419/1‑93 (MQ=255) aaGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATa > 1:3286162/1‑93 (MQ=255) gATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGaa > 2:788549/1‑93 (MQ=255) gATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGaa > 2:3742328/1‑93 (MQ=255) gATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGaa > 2:2631976/1‑93 (MQ=255) gATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCGTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGaa < 2:364665/93‑1 (MQ=255) aTGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAg < 1:5721606/93‑1 (MQ=255) tGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGt > 2:4780574/1‑93 (MQ=255) tGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGt < 2:4618620/93‑1 (MQ=255) ggCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTg < 1:3199106/93‑1 (MQ=255) gCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTgg > 2:3691231/1‑93 (MQ=255) gCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTgg > 1:405207/1‑93 (MQ=255) gTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCg < 1:3881472/93‑1 (MQ=255) 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aaaGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCaaaa < 1:4272927/93‑1 (MQ=255) aGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGt > 2:3510455/1‑93 (MQ=255) gCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAggt > 2:5514239/1‑91 (MQ=255) ccccTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTc > 2:5522828/1‑93 (MQ=255) cccTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCt < 2:1918297/93‑1 (MQ=255) cccTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCt > 1:891285/1‑93 (MQ=255) cccTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCt > 2:2448652/1‑93 (MQ=255) ccTTTTCCAGCGACCTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTg < 1:3550820/93‑1 (MQ=255) ccTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTg > 1:5131628/1‑93 (MQ=255) cTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGc > 1:3029607/1‑93 (MQ=255) ttttCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATCAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGct > 1:1936125/1‑92 (MQ=255) tttCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGt > 2:2416691/1‑93 (MQ=255) ttCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTa < 2:4151379/93‑1 (MQ=255) ccAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTaaa < 2:4024592/93‑1 (MQ=255) | GCGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAA > NC_000913/3928579‑3928758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |