| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 596,240 | G→A | intergenic (+44/‑114) | ylcB → / → ylcC | putative resistance protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 596,240 | 0 | G | A | 99.2% | 436.0 / ‑4.9 | 124 | intergenic (+44/‑114) | ylcB/ylcC | putative resistance protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (69/54); total (70/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CCGTCAGGTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATG > NC_000913/596148‑596329 | ccGTCAGGTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtctg < 2:2206757/93‑1 (MQ=255) gTCAGGTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtctacg < 2:5913247/93‑1 (MQ=255) tCAGGTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtctacgt < 1:982382/93‑1 (MQ=255) tCAGGTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtctacgt < 2:2654531/93‑1 (MQ=255) tCAGGTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtctacgt < 2:2902512/93‑1 (MQ=255) cAGGTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGtt < 1:1983154/93‑1 (MQ=255) aGGTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAATTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTc > 1:3541230/1‑93 (MQ=255) aGGTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTc < 1:3936303/93‑1 (MQ=255) aGGTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTc > 2:4605488/1‑93 (MQ=255) aGGTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTc > 2:628783/1‑93 (MQ=255) ggTTAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCg > 1:1827216/1‑93 (MQ=255) tAACGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATGCTTCAAGGTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTc > 1:2502854/1‑93 (MQ=255) aaCGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCa > 1:3530574/1‑93 (MQ=255) aaCGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGGTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCa > 1:3530575/1‑93 (MQ=255) cGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCAcc < 2:2811854/93‑1 (MQ=255) cGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCAcc > 1:5945144/1‑93 (MQ=255) cGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCAcc < 1:2084860/93‑1 (MQ=255) cGAAATTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCAcc < 2:660576/93‑1 (MQ=255) aaaTTTCTTTGTATCCCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCAcccc < 2:3375989/93‑1 (MQ=255) aaaTTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCAcccc < 1:22683/93‑1 (MQ=255) aaaTTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCAcccc > 2:4109384/1‑93 (MQ=255) aaTTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCa > 1:2359032/1‑93 (MQ=255) aaTTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCa > 2:5439707/1‑93 (MQ=255) aTTTCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATTTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAg > 1:2034300/1‑93 (MQ=255) tttCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAgc > 1:287142/1‑92 (MQ=255) tttCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGt > 1:287143/1‑93 (MQ=255) tttCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGt < 1:2767692/93‑1 (MQ=255) tCTTTGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCa > 2:3682199/1‑93 (MQ=255) tttGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCact > 2:2825143/1‑93 (MQ=255) tttGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCact > 1:4518426/1‑93 (MQ=255) tttGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCact > 1:2646907/1‑93 (MQ=255) ttGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCactt > 1:3273278/1‑93 (MQ=255) tGTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCactta < 2:3881625/93‑1 (MQ=255) gTATACCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCacttac > 1:4746355/1‑93 (MQ=255) tataCCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCacttact < 2:2233267/93‑1 (MQ=255) tataCCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCacttact > 1:2416467/1‑93 (MQ=255) ataCCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCacttactt > 1:4416141/1‑93 (MQ=255) ataCCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCacttactt > 2:5150913/1‑93 (MQ=255) ataCCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCacttactt < 2:760865/93‑1 (MQ=255) taCCGCATTGGGTGTCGGTTGACAGCAATATCCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCActtactta < 2:5872994/93‑1 (MQ=17) taCCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCActtactta > 2:2969178/1‑93 (MQ=255) aCCGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTAt < 1:5791389/93‑1 (MQ=255) ccGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATg < 2:4807761/93‑1 (MQ=255) cGCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGt < 2:1975981/93‑1 (MQ=255) gCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTa < 2:3519081/93‑1 (MQ=255) gCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTa < 1:5850787/93‑1 (MQ=255) gCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTa > 1:4802197/1‑93 (MQ=255) gCACTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTa < 2:5521429/93‑1 (MQ=255) cACTTGGTGGCGGGTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTaa > 1:2959229/1‑93 (MQ=255) aCTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAg > 2:3815487/1‑93 (MQ=255) aCTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAg > 1:3907575/1‑93 (MQ=255) cTTGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGc > 1:4835531/1‑93 (MQ=255) ttGGTGGCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCt < 1:1291214/93‑1 (MQ=255) tggtggCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTc < 2:635888/93‑1 (MQ=255) tggtggCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTc < 1:2222724/93‑1 (MQ=255) ggtggCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTcc < 2:1666393/93‑1 (MQ=255) tggCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTg < 1:6014730/93‑1 (MQ=255) tggCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTg > 2:4328335/1‑93 (MQ=255) tggCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTg < 1:3744847/93‑1 (MQ=255) tggCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTg > 2:2964551/1‑93 (MQ=255) ggCGGTTGACAGCAATATGCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTgg < 2:333645/93‑1 (MQ=255) ggCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTgg < 2:5049959/93‑1 (MQ=255) ggCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTgg > 1:4956821/1‑93 (MQ=255) ggCGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTgg < 1:4712921/93‑1 (MQ=255) cGGTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTgggg < 2:793440/93‑1 (MQ=255) gTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGAt > 2:2955050/1‑93 (MQ=255) gTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGAt > 2:2612968/1‑93 (MQ=255) gTTGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGAt > 1:4920728/1‑93 (MQ=255) ttGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGAtt > 1:6097414/1‑93 (MQ=255) tGACAGCAATATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTc > 2:3157873/1‑93 (MQ=255) 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atatACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCtt > 1:5332226/1‑93 (MQ=18) atatACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCtt > 1:4502169/1‑93 (MQ=18) tataCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTg > 2:3288417/1‑93 (MQ=18) ataCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGt > 2:5795840/1‑93 (MQ=18) ataCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGt < 1:720261/93‑1 (MQ=18) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTc < 2:58023/93‑1 (MQ=17) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTc > 2:4029768/1‑93 (MQ=17) aCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTACGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCg > 2:4249638/1‑93 (MQ=14) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |