Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,251,414 | G→A | A379T (GCA→ACA) | b1201 → | putative sensor‑type regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,251,414 | 0 | G | A | 98.8% | 589.5 / ‑2.9 | 161 | A379T (GCA→ACA) | b1201 | putative sensor‑type regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (80/78); total (82/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.30e-01 |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTGCAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAATTTATTGGTGGCGATCGCACGGACAATGAA > NC_000913/1251324‑1251503 | cAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAgg < 1:3356878/93‑1 (MQ=255) cAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAgg > 1:1831270/1‑93 (MQ=255) aGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGt > 1:2610237/1‑93 (MQ=255) gTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTGCAGGTc > 2:2192515/1‑93 (MQ=255) tAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTcc > 2:3380455/1‑93 (MQ=255) aGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCt > 2:34419/1‑93 (MQ=255) gCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCtt > 1:5866/1‑93 (MQ=255) gCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCtt < 2:4002797/93‑1 (MQ=255) gCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCtt < 2:4779777/93‑1 (MQ=255) tttCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTtat < 2:1104704/93‑1 (MQ=255) ttCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTtata > 1:1258830/1‑93 (MQ=255) tcctgtcctgCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTatat > 1:646845/1‑93 (MQ=255) cctgtcctgCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATc < 2:5120700/93‑1 (MQ=255) ctgtcctgCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCg > 1:1436011/1‑93 (MQ=255) tgtcctgCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGc > 1:5319704/1‑93 (MQ=255) gtcctgCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGcc > 2:2065092/1‑93 (MQ=255) ctgCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTc > 1:866764/1‑93 (MQ=255) ctgCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTc > 1:4149628/1‑93 (MQ=255) ctgCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTc < 1:284105/93‑1 (MQ=255) tgCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCa > 2:786957/1‑93 (MQ=255) gCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCaa > 2:5859151/1‑93 (MQ=255) cTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGTAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAAt < 1:5357635/93‑1 (MQ=255) cTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAAt > 2:2004538/1‑93 (MQ=255) tttGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAAtt > 1:3231815/1‑93 (MQ=255) tttGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAAtt < 2:3920125/93‑1 (MQ=255) ttGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATtg > 1:2528673/1‑93 (MQ=255) ttGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATtg < 2:1946148/93‑1 (MQ=255) ggAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAg > 2:3121085/1‑93 (MQ=255) ggAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAg < 2:451510/93‑1 (MQ=255) agaagaGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGtt > 2:2683645/1‑93 (MQ=255) agagGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTtata > 1:1918408/1‑93 (MQ=255) agagGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTtata < 1:5947534/93‑1 (MQ=255) gagGGCGTGGGCAAGGCGCTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTatat < 1:911155/93‑1 (MQ=255) gagGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTatat < 1:4660242/93‑1 (MQ=255) gagGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTatat < 1:1912005/93‑1 (MQ=255) agGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATg > 2:5772182/1‑93 (MQ=255) ggCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGt < 2:4768067/93‑1 (MQ=255) gCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTg > 2:5252955/1‑93 (MQ=255) cGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGa < 2:3802752/93‑1 (MQ=255) gTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGAt < 2:4880155/93‑1 (MQ=255) tGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGAtg < 2:679742/93‑1 (MQ=255) gggCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGAtgc < 2:5309047/93‑1 (MQ=255) gggCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGAtgc < 1:104826/93‑1 (MQ=255) gCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATACATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGAtgctg < 2:2900711/93‑1 (MQ=255) cAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGAtgctgc < 1:5723149/93‑1 (MQ=255) cAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGAtgctgc < 1:2005889/93‑1 (MQ=255) cAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGAtgctgc < 2:3097091/93‑1 (MQ=255) cAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGAtgctgc < 2:3031579/93‑1 (MQ=255) aGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTgcgc < 1:5370770/93‑1 (MQ=255) ggCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCt < 2:3773927/93‑1 (MQ=255) ggCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCt < 2:3773926/93‑1 (MQ=255) ggCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCt < 2:5241979/93‑1 (MQ=255) ggCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCt < 2:5933193/93‑1 (MQ=255) gCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTg > 1:2242020/1‑93 (MQ=255) gCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTg < 1:4023734/93‑1 (MQ=255) cACTGCTAAGTCAGGCAATTCATCATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTgg < 1:3480357/93‑1 (MQ=255) cACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTgg < 2:235619/93‑1 (MQ=255) aCTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGc > 1:5784353/1‑93 (MQ=255) cTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCg > 1:2438771/1‑93 (MQ=255) gCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGga > 1:390779/1‑93 (MQ=255) tAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGgaag < 2:5027696/93‑1 (MQ=255) tAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGgaag > 1:5990158/1‑93 (MQ=255) tAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGgaag > 1:5535269/1‑93 (MQ=255) aaGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGgaaga < 1:4601040/93‑1 (MQ=255) aGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGgaagaa < 2:5692577/93‑1 (MQ=255) gTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAAt > 2:1107652/1‑93 (MQ=255) tCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAAtt < 2:1460981/93‑1 (MQ=255) cAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAAttt > 2:333658/1‑93 (MQ=255) aGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAATTTa > 1:2146460/1‑93 (MQ=255) aGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAATTTa < 1:1340582/93‑1 (MQ=255) aGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAATTTa > 1:4969929/1‑93 (MQ=255) aGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGGTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAATTTa > 2:5120504/1‑93 (MQ=255) aaTTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAATTTATtgg < 2:4073108/93‑1 (MQ=255) aaTTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAATTTATtgg < 2:1188623/93‑1 (MQ=255) aTTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAATTTATtggt > 1:3222543/1‑93 (MQ=255) aTTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAATTTATtggt < 2:6043221/93‑1 (MQ=255) ttCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAATTTATtggtg > 1:4010035/1‑93 (MQ=255) tCATAATGAAAGCGAGCGTGCTACAGGTCCTTATATCGCCGTCAATTGTGAGTTATATGGTGATGCTGCGCTGGCGGAAGAATTTATtggtgg < 2:1806709/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |