| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 770,182 | (A)7→8 | intergenic (+348/‑496) | ybgG → / → cydA | putative sugar hydrolase/cytochrome d terminal oxidase polypeptide subunit I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 770,175 | 1 | . | A | 89.7% | 297.1 / 26.6 | 87 | intergenic (+341/‑503) | ybgG/cydA | putative sugar hydrolase/cytochrome d terminal oxidase polypeptide subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/1); new base A (68/10); total (76/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
ATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAA > NC_000913/770083‑770262 | ataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGAcc > 1:961065/1‑93 (MQ=255)ataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGAcc > 2:4583970/1‑93 (MQ=255) taatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑a > 1:4631063/1‑93 (MQ=255) aatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑aa > 2:4303395/1‑93 (MQ=255) atTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGACAGTGACC‑aaa > 2:1571804/1‑93 (MQ=255) atTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑aaa > 1:2642657/1‑93 (MQ=255) 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atatTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTg > 1:4531466/1‑93 (MQ=255) tatTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTg > 2:2030410/1‑93 (MQ=255) tatTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAGAATTAAGGGCAAACGTg > 1:1328995/1‑93 (MQ=255) atTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGc > 2:349800/1‑93 (MQ=255) atTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGc > 1:3453772/1‑93 (MQ=255) ttGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCt > 2:4793617/1‑93 (MQ=255) ttGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCt > 1:4120442/1‑93 (MQ=255) gCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGtt > 1:2237624/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |