Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 4,091,572 | 3461 bp→GCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG | [rhaD]–rhaB | [rhaD], rhaA, rhaB |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 4091572 | 4095032 | 3461 | 314 [0] | [0] 308 | [rhaD]–rhaB | [rhaD],rhaA,rhaB |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4091571 | 0 (0.000) | 223 (1.270) +GCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG |
103/126 | 0.0 | 100% | coding (283/825 nt) | rhaD | rhamnulose‑phosphate aldolase |
? | NC_000913 | 4095033 = | 0 (0.000) | intergenic (‑4/‑284) | rhaB/rhaS | rhamnulokinase/RhaS |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGTGACAATAAACGGTGTATTTGCCAGTA > NC_000913/4091479‑4091663 | gTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGAc > 2:6511446/1‑93 (MQ=255) gTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGAc > 2:589315/1‑93 (MQ=255) ggAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgca < 2:1400950‑M1/93‑4 (MQ=255) ggAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgca > 1:2778741‑M1/1‑90 (MQ=255) ggAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgca > 2:148151‑M1/1‑90 (MQ=255) aaaGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatg > 2:5365977‑M1/1‑88 (MQ=255) aaaGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatg < 1:767859‑M1/93‑6 (MQ=255) aaaGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatg < 2:639622‑M1/93‑6 (MQ=255) aaGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgc < 2:4118457‑M1/93‑7 (MQ=255) aaGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggat > 1:3061432‑M1/1‑83 (MQ=255) gTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcc < 2:6006448‑M1/93‑13 (MQ=255) tGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcct < 2:4395833‑M1/93‑14 (MQ=255) aGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctct > 1:3363456‑M1/1‑78 (MQ=255) ccGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctag < 1:950581‑M1/93‑18 (MQ=255) cGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctaga < 1:4891033‑M1/93‑19 (MQ=255) cGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctaga > 1:4517293‑M1/1‑75 (MQ=255) ggAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagag > 1:3214329‑M1/1‑74 (MQ=255) ggAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagag < 1:4565545‑M1/93‑20 (MQ=255) gAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagt < 2:2295992‑M1/93‑21 (MQ=255) gAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagt > 1:3893438‑M1/1‑73 (MQ=255) aaGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtc < 2:4081778‑M1/93‑22 (MQ=255) aaGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtc < 1:3513305‑M1/93‑22 (MQ=255) aGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcg > 2:1674435‑M1/1‑71 (MQ=255) gTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcga < 2:5769600‑M1/93‑24 (MQ=255) gTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcga > 1:4964050‑M1/1‑70 (MQ=255) tCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgaca > 2:85025‑M1/1‑68 (MQ=255) cGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacat < 1:1227929‑M1/93‑27 (MQ=255) cGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacat > 1:1593681‑M1/1‑67 (MQ=255) cGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacat > 2:3767465‑M1/1‑67 (MQ=255) ggAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacata < 2:3520523‑M1/93‑28 (MQ=255) gAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatat < 2:5957724‑M1/93‑29 (MQ=255) aaGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatg > 2:4319083‑M1/1‑64 (MQ=255) aaGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatg < 2:450075‑M1/93‑30 (MQ=255) aGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatgg < 1:1086439‑M1/93‑31 (MQ=255) aGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatgg > 1:6253278‑M1/1‑63 (MQ=255) aGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatgg < 1:3603438‑M1/93‑31 (MQ=255) gggACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgat > 2:158642‑M1/1‑59 (MQ=255) gACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcc < 2:2720408‑M1/93‑37 (MQ=255) aCGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcct < 2:499616‑M1/93‑38 (MQ=255) aCGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcct > 1:2944332‑M1/1‑56 (MQ=255) ggCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgc < 1:5454686‑M1/93‑40 (MQ=255) ggCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGGGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgc < 2:5652127‑M1/93‑40 (MQ=255) gCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgct > 2:4870455‑M1/1‑53 (MQ=255) cTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctg > 1:5682831‑M1/1‑52 (MQ=255) ttCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctga > 1:2408946‑M1/1‑51 (MQ=255) ttCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctga > 1:2361168‑M1/1‑51 (MQ=255) tCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaa < 2:2418182‑M1/93‑44 (MQ=255) cGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaat > 2:3246288‑M1/1‑49 (MQ=255) ttGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaattt > 1:6546224‑M1/1‑47 (MQ=255) ttGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaattt < 2:2972491‑M1/93‑47 (MQ=255) ttGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaattt > 1:577607‑M1/1‑47 (MQ=255) tGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttc > 1:4836200‑M1/1‑46 (MQ=255) ggTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttca < 2:6655528‑M1/93‑49 (MQ=255) gTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcat > 2:2624360‑M1/1‑44 (MQ=255) ttAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatt < 2:2758202‑M1/93‑51 (MQ=255) ttAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatt > 1:5896279‑M1/1‑43 (MQ=255) tAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatta > 2:3131858‑M1/1‑42 (MQ=255) aCCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcctgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgatgaatttcattacg > 2:5072828‑M1/1‑40 (MQ=255) cccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgacc > 2:1770534‑M1/1‑37 (MQ=255) cccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgacc < 1:75300‑M1/93‑57 (MQ=255) ccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgacca < 2:3452510‑M1/93‑58 (MQ=255) cAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccag > 1:3978685‑M1/1‑35 (MQ=255) cAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccag > 2:4915504‑M1/1‑35 (MQ=255) aaGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtc > 2:3703439‑M1/1‑33 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtcta > 2:2117139‑M1/1‑31 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtcta < 2:6263303‑M1/93‑63 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtcta > 1:5707253‑M1/1‑31 (MQ=255) aTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaa < 1:171011‑M1/93‑65 (MQ=255) gtgGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaa < 1:2311329‑M1/93‑67 (MQ=255) tgGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaag < 1:3329017‑M1/93‑68 (MQ=255) ggTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggttcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagc < 1:3794489‑M1/93‑69 (MQ=255) ggTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagc > 1:4428452‑M1/1‑25 (MQ=255) gTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcg > 2:6156779‑M1/1‑24 (MQ=255) tAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgc > 1:2060823‑M1/1‑23 (MQ=255) aGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcc < 1:5825331‑M1/93‑72 (MQ=255) gCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcct < 2:5499666‑M1/93‑73 (MQ=255) gCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcct > 1:6455208‑M1/1‑21 (MQ=255) cgcCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaatt > 1:2202143‑M1/1‑16 (MQ=255) 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gCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgacc < 1:2612147‑M1/93‑85 (MQ=255) cTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgacct < 1:5663244‑M1/93‑86 (MQ=255) cTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgacct > 1:611679‑M1/1‑8 (MQ=255) cTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgacct < 2:4582274‑M1/93‑86 (MQ=255) cTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgacct > 1:1564782‑M1/1‑8 (MQ=255) tGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgacctt > 2:633293‑M1/1‑7 (MQ=255) gTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttc > 1:4182690‑M1/1‑6 (MQ=255) tCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcggctgaattcgcgaccttct > 1:5730781‑M1/1‑5 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |