| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,470,125 | G→A | intergenic (+1592/‑2120) | tra82 → / → ydbC | IS30 transposase/putative dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,470,125 | 0 | G | A | 88.3% | 691.9 / 53.8 | 223 | intergenic (+1592/‑2120) | tra82/ydbC | IS30 transposase/putative dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/13); new base A (103/94); total (116/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACGGGGTCA > NC_000913/1470035‑1470217 | tttATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGaa > 1:6564800/1‑93 (MQ=255) tataATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACg > 2:3092876/1‑93 (MQ=255) tataATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTACCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAACGACGGAACg > 1:5315451/1‑93 (MQ=255) ataataCCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGa > 2:4165176/1‑93 (MQ=255) taCCGGTCGCATGAACATCAGTAATTCTTCCCTCAACGGAGACGTGAATATGTGGGGCGGAAGTGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGa < 2:1400912/93‑1 (MQ=255) taCCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGa < 1:2721874/93‑1 (MQ=255) 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aGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTg > 2:1540315/1‑93 (MQ=255) gTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTgg < 2:899375/93‑1 (MQ=255) tAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGt > 2:5700340/1‑93 (MQ=255) tAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGt > 2:5176749/1‑93 (MQ=255) aaTTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTa < 1:1147685/93‑1 (MQ=255) ttcttcCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGt < 2:2129127/93‑1 (MQ=255) tcttcCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTc < 2:450536/93‑1 (MQ=255) tctccCCACAAGGGAGCCGTTAATATGGGGGGCGAAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGta < 1:84062/93‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |