| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,602,535 | C→T | F155F (TTC→TTT) | ydeZ → | putative transport system permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,602,535 | 0 | C | T | 87.1% | 535.6 / 52.7 | 178 | F155F (TTC→TTT) | ydeZ | putative transport system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/14); new base T (72/83); total (81/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
GTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTCGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATG > NC_000913/1602445‑1602626 | gTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGc < 2:5129278/93‑1 (MQ=255)gTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGc < 1:4183371/93‑1 (MQ=255) tttGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCt < 2:2912486/93‑1 (MQ=255) tttGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCt < 2:3228937/93‑1 (MQ=255) ttGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTa > 1:5940446/1‑93 (MQ=255) tGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTaa < 2:3759409/93‑1 (MQ=255) tGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTaa < 2:2146790/93‑1 (MQ=255) gCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAAc > 2:1284126/1‑93 (MQ=255) gCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAAc > 2:5020293/1‑93 (MQ=255) gCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAAc < 2:3445895/93‑1 (MQ=255) ccGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAAcc < 2:5826737/93‑1 (MQ=255) ggAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTg > 1:1937413/1‑93 (MQ=255) ggAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTCGCTAACCTg < 1:1639657/93‑1 (MQ=255) ggAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGGATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTg > 1:725434/1‑93 (MQ=255) gAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTgg < 1:4533714/93‑1 (MQ=255) gAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTgg > 1:76444/1‑93 (MQ=255) aGCGCTGTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTCGCTAACCTGGAt < 1:3454779/93‑1 (MQ=255) aGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTggct > 1:4960412/1‑91 (MQ=255) aGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGAt < 2:750863/93‑1 (MQ=255) gcgcTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGAtg > 2:3847405/1‑93 (MQ=255) cgcTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGAtgt > 2:2572956/1‑93 (MQ=255) gcTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGAtgtg < 1:266522/93‑1 (MQ=255) tctGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCt > 1:2878134/1‑93 (MQ=255) ctgctgCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTg > 2:4934300/1‑93 (MQ=255) ctgctgCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTg < 2:1374587/93‑1 (MQ=255) ctgctgCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTg > 1:2099695/1‑93 (MQ=255) tgctgcTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTgg > 1:1610829/1‑93 (MQ=255) gctgctTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTggg < 1:5946206/93‑1 (MQ=255) ctgctTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGa > 2:3670635/1‑93 (MQ=255) ctgctTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGa < 1:4701211/93‑1 (MQ=255) ttctTGCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGAc < 1:6426106/91‑1 (MQ=255) gctTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACt < 2:4025441/93‑1 (MQ=255) ctTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTCGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTc > 1:3303758/1‑93 (MQ=255) ggTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGtt > 1:3679186/1‑93 (MQ=255) tATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTcc > 2:3833636/1‑93 (MQ=255) aTGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGCATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTGACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCg > 2:6082047/1‑93 (MQ=255) tGGCCGGAGCGACTGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGc < 1:1646914/93‑1 (MQ=255) tGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGc < 1:836476/93‑1 (MQ=255) ggCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCt < 1:5781205/93‑1 (MQ=255) ggCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCt < 1:4284179/93‑1 (MQ=255) ggCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCt < 1:388576/93‑1 (MQ=255) gCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTg > 2:1388647/1‑93 (MQ=255) cGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGAt < 1:1196172/93‑1 (MQ=255) cGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGAt > 2:3068563/1‑93 (MQ=255) ggAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGAtt > 2:2442933/1‑93 (MQ=255) gAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTa > 2:3344752/1‑93 (MQ=255) gCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTAtt > 1:2624849/1‑92 (MQ=255) cGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTCGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCt < 1:3758290/93‑1 (MQ=255) gACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAGCCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCtt < 2:1323161/93‑1 (MQ=255) cGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTcc < 1:6120661/93‑1 (MQ=255) cGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTcc > 1:1467469/1‑93 (MQ=255) ggggTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCt > 1:3261374/1‑93 (MQ=255) ggTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGa < 2:1206276/93‑1 (MQ=255) gTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGat > 1:4275658/1‑93 (MQ=255) gTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGat < 2:4807352/93‑1 (MQ=255) tACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGata < 1:2010726/93‑1 (MQ=255) aCGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGatat > 2:2024375/1‑93 (MQ=255) aCGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTCGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGatat < 1:4092021/93‑1 (MQ=255) gAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGt > 1:6289608/1‑93 (MQ=255) aaGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGtc < 1:3436165/93‑1 (MQ=255) aGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGtct > 2:5154303/1‑93 (MQ=255) ggTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGtctc < 1:4327489/93‑1 (MQ=255) ggTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTCGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGtctc < 2:5694393/93‑1 (MQ=255) gTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTctcc < 2:859856/93‑1 (MQ=255) tATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTctcct < 1:178581/93‑1 (MQ=255) tATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTCGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTctcct < 1:4848118/93‑1 (MQ=255) tggtggATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGt > 1:1077145/1‑93 (MQ=255) tggtggATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGt > 1:4520823/1‑93 (MQ=255) ggATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTtc < 1:933805/93‑1 (MQ=255) gATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTtct > 2:4262208/1‑93 (MQ=255) gATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTtct < 2:1174634/93‑1 (MQ=255) gATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTtct < 2:6148104/93‑1 (MQ=255) aTTCCCGATGGCGTTTACAGATTTCGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTtctg < 1:620208/93‑1 (MQ=255) ttCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTtctgg > 2:4355685/1‑93 (MQ=255) ttCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTtctgg > 1:6166301/1‑93 (MQ=255) ttCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTtctgg > 2:5199142/1‑93 (MQ=255) ttCCCGATGGCGTTTACAGATTTCGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTtctgg > 1:4909381/1‑93 (MQ=255) tCCCGATGGCGTTTACAGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTtctggc < 1:1322514/93‑1 (MQ=255) 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aGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAAc > 2:4212743/1‑93 (MQ=255) aGATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAAc < 2:1112881/93‑1 (MQ=255) gATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAAcc > 1:1410573/1‑93 (MQ=255) gATTTTGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAAcc > 1:5397631/1‑93 (MQ=255) ttttGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCa < 2:6539732/93‑1 (MQ=255) tCGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATg < 2:2979379/93‑1 (MQ=255) | GTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGGATTCCCGATGGCGTTTACAGATTTCGCTAACCTGGATGTGCTGGGACTCCCCGTTCCGCTGATTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATG > NC_000913/1602445‑1602626 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |