| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,313,133 | T→C | P542P (CCT→CCC) | yojN → | putative 2‑component sensor protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,313,133 | 0 | T | C | 99.6% | 835.3 / ‑6.8 | 226 | P542P (CCT→CCC) | yojN | putative 2‑component sensor protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (109/116); total (109/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GAACATGCTTGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCTGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATGCGCCGCGGCGATCGCGATGCCTTACGACG > NC_000913/2313043‑2313222 | gAACATGCTTGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTtgcccgc > 2:1836751/1‑93 (MQ=255) aaCATGCTTGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTtgcccgcc > 1:1032169/1‑93 (MQ=255) aaCATGCTTGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTtgcccgcc > 1:5366105/1‑93 (MQ=255) aCATGCTTGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCa > 1:424975/1‑93 (MQ=255) tGCTTGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGtcatca > 2:5631469/1‑93 (MQ=255) gCTTGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCaa < 2:3407532/93‑1 (MQ=255) gCTTGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCaa < 2:5737284/93‑1 (MQ=255) gCTTGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCaa < 2:4942117/93‑1 (MQ=255) cTTGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAg < 1:3366535/93‑1 (MQ=255) ttGCGGTTGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGc > 1:5520433/1‑93 (MQ=255) ttGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGc < 2:1028338/93‑1 (MQ=255) ggATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTaa < 2:6323048/93‑1 (MQ=255) ggATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTaa > 2:4766394/1‑93 (MQ=255) gatgatAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTaaa > 1:5149455/1‑93 (MQ=255) gacgatAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTaaa > 1:815832/4‑93 (MQ=255) atgatAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAg > 2:5295310/1‑93 (MQ=255) tgatAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAgg < 1:2654739/93‑1 (MQ=255) gatAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGt > 1:6474905/1‑93 (MQ=255) gatAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGt > 1:3533503/1‑93 (MQ=255) atAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTc > 1:1758120/1‑93 (MQ=255) atAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTc < 1:5064515/93‑1 (MQ=255) tAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCt < 2:6395033/93‑1 (MQ=255) cTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCa < 2:4064678/93‑1 (MQ=255) cTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCa < 2:2148967/93‑1 (MQ=255) tGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCaa < 2:1099250/93‑1 (MQ=255) ggAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCagc > 2:2213445/1‑91 (MQ=255) gAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAAct > 1:5253744/1‑93 (MQ=255) aaaaGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAActg < 2:5207898/93‑1 (MQ=255) aaaGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAActgc > 2:1785188/1‑93 (MQ=255) aaaGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAActgc < 1:5218509/93‑1 (MQ=255) aaGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAActgct < 1:1916977/93‑1 (MQ=255) gTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGa < 2:2375571/93‑1 (MQ=255) gTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGa < 1:3726294/93‑1 (MQ=255) gTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGa > 1:2350931/1‑93 (MQ=255) gaCGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTaa < 2:1396735/93‑1 (MQ=255) aCGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAAc > 2:2880604/1‑93 (MQ=255) aCGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAAc < 1:2692643/93‑1 (MQ=255) cGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACa < 2:4602352/93‑1 (MQ=255) cGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACa > 1:1216528/1‑93 (MQ=255) cGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACa < 2:3640179/93‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACaa < 2:595794/93‑1 (MQ=255) gTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAat > 2:4076510/1‑93 (MQ=255) gTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAat < 1:5394899/93‑1 (MQ=255) gTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAat > 1:6593872/1‑93 (MQ=255) tGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAatc > 1:5588803/1‑93 (MQ=255) gCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAatca < 1:152611/93‑1 (MQ=255) 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tcCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGaaa > 2:6119720/1‑93 (MQ=255) tcCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGaaa > 2:5478119/1‑93 (MQ=255) tcCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGaaa < 2:128194/93‑1 (MQ=255) tcCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGaaa > 1:6434399/1‑93 (MQ=255) tcCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGaaa < 1:3036659/93‑1 (MQ=255) cGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGc < 2:4382599/93‑1 (MQ=255) cGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGc < 2:3785228/93‑1 (MQ=255) gTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGca > 1:2070090/1‑93 (MQ=255) tGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGcac < 1:2419615/93‑1 (MQ=255) aGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACg > 1:697077/1‑93 (MQ=255) ggATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGa < 2:6573846/93‑1 (MQ=255) gATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGat < 1:1135058/93‑1 (MQ=255) gATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGat > 2:5923376/1‑93 (MQ=255) gATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGat < 2:2549387/93‑1 (MQ=255) gATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGat > 1:4947552/1‑93 (MQ=255) aTTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGata > 1:412656/1‑93 (MQ=255) aTTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGata < 2:3870192/93‑1 (MQ=255) tttAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGatat < 1:4311212/93‑1 (MQ=255) tttAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGatat > 1:1514091/1‑93 (MQ=255) tAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATgc > 2:249000/1‑93 (MQ=255) tAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATgc > 1:1370603/1‑93 (MQ=255) aaTTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATgcg > 2:2773196/1‑93 (MQ=255) tgatgaAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATGcgccg > 1:171356/1‑93 (MQ=255) gatgaAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATGcgccgc > 1:6137671/1‑93 (MQ=255) 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aGTGTTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATGCGCCGCGGCGATCGCGATGCCtt > 2:1998117/1‑93 (MQ=255) gtgtTGCCTGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATGCGCCGCGGCGATCGCGATGCCTTa < 1:5911902/93‑1 (MQ=255) gtgtTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATGCGCCGCGGCGATCGCGATGCCTTa < 1:489985/93‑1 (MQ=255) tgtTGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATGCGCCGCGGCGATCGCGATGCCTTac < 2:4343575/93‑1 (MQ=255) ttGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATGCGCCGCGGCGATCGCGATGCCTTacga < 2:1578926/93‑1 (MQ=255) ttGCCCGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATGCGCCGCGGCGATCGCGATGCCTTacga > 2:684482/1‑93 (MQ=255) | GAACATGCTTGCGGATGATAGCTGGAAAAGTGAGACGGTGCTGTTCTCCGTGCAGGATTTAATTGATGAAGTTGTGCCTTCAGTGTTGCCTGCCATCAAGCGTAAAGGTCTGCAACTGCTGATTAACAATCATCTGAAAGCACACGATATGCGCCGCGGCGATCGCGATGCCTTACGACG > NC_000913/2313043‑2313222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |