| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,637,565 | G→A | A344V (GCT→GTT) | hisS ← | histidine tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,637,565 | 0 | G | A | 87.5% | 594.3 / 58.8 | 208 | A344V (GCT→GTT) | hisS | histidine tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/19); new base A (75/107); total (82/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
GCAAACTGTTTCTTAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTAAC > NC_000913/2637475‑2637654 | gCAAACTGTTTCTTAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAAcc > 1:1536635/1‑93 (MQ=255) aaaCTGTTTCTTAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGc > 2:1445373/1‑93 (MQ=255) aaCTGTTTCTTAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCa < 2:5484192/93‑1 (MQ=255) aCTGTTTCTTAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTGATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAg > 2:5666187/1‑93 (MQ=255) aCTGTTTCTTAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAg > 2:2828358/1‑93 (MQ=255) aCTGTTTCTTAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAg > 2:4683550/1‑93 (MQ=255) ttCTTAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATtgt < 2:4162678/93‑1 (MQ=255) ttCTTAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATtgt < 2:60885/93‑1 (MQ=255) tCTTAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATtgtg > 2:2224967/1‑93 (MQ=255) cTTAAAGTTGCCGCCGCCGTTGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTgtgt < 1:4172407/93‑1 (MQ=255) ttAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTa > 2:5166364/1‑93 (MQ=255) ttAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTa < 2:4151252/93‑1 (MQ=255) tAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTAt > 1:3705843/1‑93 (MQ=255) aaaGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATc < 2:5833286/93‑1 (MQ=255) aaaGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATc < 1:1346449/93‑1 (MQ=255) aaGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCa < 2:163309/93‑1 (MQ=255) aaGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCa < 2:4861756/93‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGc < 2:3960490/93‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGACTGTGTATCAga > 1:6333646/1‑92 (MQ=255) ttGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCa > 1:2747256/1‑93 (MQ=255) tGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCAc < 1:3894151/93‑1 (MQ=255) tccgccgccgTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCAcc < 2:3812075/92‑1 (MQ=255) ccgccgTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGaa < 1:6575497/93‑1 (MQ=255) ccgccgTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGaa < 1:5512444/93‑1 (MQ=255) ccgccgTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGaa < 2:741751/93‑1 (MQ=255) cgccgTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCACAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAg < 2:3564861/93‑1 (MQ=255) gccgTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGc < 2:1253744/93‑1 (MQ=255) ccgTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGcc < 2:4970217/93‑1 (MQ=255) tggttggtCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGccacc > 2:2760965/1‑93 (MQ=255) ggttggtCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGccacca > 2:3752185/1‑93 (MQ=255) gttggtCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAg < 1:4895439/93‑1 (MQ=255) gttggtCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGACGCCACCAg > 2:6363506/1‑93 (MQ=255) gttggtCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAg < 2:2259699/93‑1 (MQ=255) gttggtCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAg < 1:962485/93‑1 (MQ=255) tggtCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGt < 1:1070447/93‑1 (MQ=255) tggtCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGt > 1:5651626/1‑93 (MQ=255) ggtCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGta > 1:1016447/1‑93 (MQ=255) ggtCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGta < 2:3401116/93‑1 (MQ=255) catcaATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGtatat > 2:5777808/1‑93 (MQ=255) catcaATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGtatat < 2:2545773/93‑1 (MQ=255) atcaATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGtatata > 1:2525175/1‑93 (MQ=255) atcaATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGtatata < 1:146261/93‑1 (MQ=255) caATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATc < 1:696779/93‑1 (MQ=255) aaTTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCg < 2:2049104/93‑1 (MQ=255) tttCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGac < 2:3101809/93‑1 (MQ=255) ttCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGaca < 1:5450595/93‑1 (MQ=255) cACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGacaac < 2:3308668/93‑1 (MQ=255) cACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGacaac < 1:191388/93‑1 (MQ=255) cACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGacaac > 1:5873195/1‑93 (MQ=255) aCGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGacaaca < 1:3969488/93‑1 (MQ=255) aCGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGacaaca < 2:2911658/93‑1 (MQ=255) gCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAgg < 1:2456548/93‑1 (MQ=255) cccGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGa < 2:6155864/93‑1 (MQ=255) cccGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGa < 2:2691880/93‑1 (MQ=255) ccGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGAt < 1:6191846/93‑1 (MQ=255) ccGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGAt < 1:3052488/93‑1 (MQ=255) ccGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGAt < 2:4551165/93‑1 (MQ=255) cGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATc < 1:437265/93‑1 (MQ=255) cGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATc > 1:6438660/1‑93 (MQ=255) ggTAATTCATCCCGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCg > 1:4653971/1‑93 (MQ=255) gTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCgg > 1:4555290/1‑93 (MQ=255) aaTTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCt > 2:1928991/1‑93 (MQ=255) aaTTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCt < 2:3143156/93‑1 (MQ=255) aaTTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCt > 2:2479728/1‑93 (MQ=255) ttCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCCCCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCttt < 1:5812813/93‑1 (MQ=255) tcatcaCGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTa < 1:878798/93‑1 (MQ=255) tcaCGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAAt < 2:4026357/93‑1 (MQ=255) cGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTcc > 1:4699472/1‑93 (MQ=255) cGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTcc < 2:5395449/93‑1 (MQ=255) gCAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCg < 1:4111337/93‑1 (MQ=255) cAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCgg > 2:2343939/1‑93 (MQ=255) cAGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCgg > 1:238987/1‑93 (MQ=255) aGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGa < 1:4235066/93‑1 (MQ=255) aGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGa < 2:6452961/93‑1 (MQ=255) aGACGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGa < 2:4501092/93‑1 (MQ=255) aCGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGAtt < 1:2821168/93‑1 (MQ=255) aCGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGAtt < 1:6000439/93‑1 (MQ=255) aCGCTCAGCTAATGCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGAtt < 2:5043082/93‑1 (MQ=255) 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gCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACt > 2:3506103/1‑93 (MQ=255) gCCATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACt < 1:3531355/93‑1 (MQ=255) ccATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTa > 2:4096638/1‑93 (MQ=255) cATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTaa > 2:1885851/1‑93 (MQ=255) cATAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTaa > 1:2024014/1‑93 (MQ=255) aTAACCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTAAc < 1:3353024/93‑1 (MQ=255) | GCAAACTGTTTCTTAAAGTTGCCGCCGCCGTGGTTGGTCATCAATTTCACGCCCGGTAATTCATCACGCAGACGCTCAGCTAATGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTAAC > NC_000913/2637475‑2637654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |