| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,799,298 | T→C | Y110C (TAC→TGC) | rfaJ ← | UDP‑D‑glucose:(galactosyl)lipopolysaccharide glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,799,298 | 0 | T | C | 83.4% | 655.2 / 119.3 | 265 | Y110C (TAC→TGC) | rfaJ | UDP‑D‑glucose:(galactosyl)lipopolysaccharide glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/24); new base C (115/106); total (135/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GGCTAATATCGCCTTTACAAACAACATCTGCATCAAGATAAAGCAAACGATCAAGCGTTAAACCCAATAATTGAAATGCAAATAAACGGAAGTACATTGCTCTTGACCAGACCTGTGTACAAGGCAAGCACTGGAGCTTATCAGTGTTAATTCTATATAACGTGATTCTTAATTGGTTTTGC > NC_000913/3799206‑3799387 | tAATATCGCCTTTACAAACAACATCTGCATCAAGATAAAGCAAACGATCAAGCGTTAAACCCAATAATTGAAATGCAAATAAACGGAAGcaca < 1:4450372/93‑1 (MQ=255) tAATATCGCCTTTACAAACAACATCTGCATCAAGATAAAGCAAACGATCAAGCGTTAAACCCAATAATTGAAATGCAAATAAACGGAAGTACa > 1:4165898/1‑93 (MQ=255) aaTATCGCCTTTACAAACAACATCTGCATCAAGATAAAGCAAACGATCAAGCGTTAAACCCAATAATTGAAATGCAAATAAACGGAAGCACAt < 1:2136623/93‑1 (MQ=255) atatCGCCTTTACAAACAACATCTGCATCAAGATAAAGCAAACGATCAAGCGTTAAACCCAATAATTGAAATGCAAATAAACGGAAGTACAtt > 1:330189/1‑93 (MQ=255) atatCGCCTTTACAAACAACATCTGCATCAAGATAAAGCAAACGATCAAGCGTTAAACCCAATAATTGAAATGCAAATAAACGGAAGCACAtt < 2:4935729/93‑1 (MQ=255) tatCGCCTTTACAAACAACATCTGCATCAAGATAAAGCAAACGATCAAGCGTTAAACCCAATAATTGAAATGCAAATAAACGGAAGCACATTg > 2:1761344/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |