| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,965,750 | T→C | S74P (TCT→CCT) | rfe → | UDP‑GlcNAc:undecaprenylphosphate GlcNAc‑1‑phosphate transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,965,750 | 0 | T | C | 87.7% | 611.2 / 67.0 | 220 | S74P (TCT→CCT) | rfe | UDP‑GlcNAc:undecaprenylphosphate GlcNAc‑1‑phosphate transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/12); new base C (102/91); total (117/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
ACCAGGGATTGATACCTCTCGTTGGGGGGATTTCGGTTTACGCAGGGATTTGCTTCACGTTCGGAATTGTCGATTACTATATTCCGCATGCATCTCTCTATCTCGCTTGTGCCGGTGTGCTTGTTTTCATTGGCGCGCTGGATGACCGTTTTGATATCAGCGTAAAAATCCGTGCCACCATACA > NC_000913/3965658‑3965841 | cAGGGATTGATACCTCTCGTTGGGGGGATTTCGGTTTACGCAGGGATTTGCTTCACGTTCGGAATTGTCGATTACTATATTCCGCATGCAcct < 1:4240469/93‑1 (MQ=255) cAGGGATTGATACCTCTCGTTGGGGGGATTTCGGTTTACGCAGGGATTTGCTTCACGTTCGGAATTGTCGATTACTATATTCCGCATGCAcct < 1:2707198/93‑1 (MQ=255) cAGGGATTGATACCTCTCGTTGGGGCTATTTCGGTTTACGCAGGGATTTGCTTCACGTTCGGAATTGTCGATTACTATATTCCGCATGCAcct < 1:5118378/93‑1 (MQ=255) aGGGATTGATCCCTCTCGTTGGGGGGATTTCGGTTTACGCAGGGATTTGCTTCACGTTCGGAATTGTCGATTACTATATTCCGCATGCAcctc < 1:6569941/93‑1 (MQ=255) aGGGATTGATACCTCTCGTTGGGGGGATTTCGGTTTACGCAGGGATTTGCTTCACGTTCGGAATTGTCGATTACTATATTCCGCATGCAtctc < 1:5767407/93‑1 (MQ=255) aGGGATTGATACCTCTCGTTGGGGGGATTTCGGTTTACGCAGGGATTTGCTTCACGTTCGGAATTGTCGATTACTATATTCCGCATGCAcctc < 2:3177309/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |