| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,991,616 | T→C | E19E (GAA→GAG) F52L (TTC→CTC) |
cyaY ← b3808 → |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,991,616 | 0 | T | C | 86.0% | 770.8 / 103.0 | 294 | E19E (GAA→GAG) F52L (TTC→CTC) | cyaY b3808 | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/22); new base C (130/122); total (150/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATA > NC_000913/3991525‑3991708 | gATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGctc < 1:1018879/93‑1 (MQ=255) gATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGctc < 1:3366240/93‑1 (MQ=255) gATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGctc < 2:540356/93‑1 (MQ=255) gctgcCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAAt < 2:4610840/93‑1 (MQ=255) tgcCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCGCAGCCGCCCAGGCGCTCTTCATTgt > 2:6421668/1‑92 (MQ=255) tgcCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATgg < 2:1413438/93‑1 (MQ=255) tgcCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATgg > 1:1502507/1‑93 (MQ=255) gcCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGt < 2:5806154/93‑1 (MQ=255) ccATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTc < 1:433732/93‑1 (MQ=255) ccATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTc < 2:6184194/93‑1 (MQ=255) ccATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTc > 2:2058812/1‑93 (MQ=255) ccATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTc > 2:424363/1‑93 (MQ=255) cATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCa > 2:4301675/1‑93 (MQ=255) aTTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAg > 1:1893276/1‑93 (MQ=255) 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aaGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGACTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGt < 2:4460188/93‑1 (MQ=255) aGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGtt < 1:3789193/93‑1 (MQ=255) aGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGtt < 1:4420806/93‑1 (MQ=255) tAATGGTCAGTACCCCGCCGTTGATTCCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGAt < 2:5318563/93‑1 (MQ=255) aTGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCa > 2:480135/1‑93 (MQ=255) tGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAg > 1:5021463/1‑93 (MQ=255) tGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAg > 2:3996960/1‑93 (MQ=255) gTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGcc > 2:1197361/1‑93 (MQ=255) gTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGcc < 1:1819672/93‑1 (MQ=255) gTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGcc < 2:3092014/93‑1 (MQ=255) gTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGcc < 2:1728336/93‑1 (MQ=255) cAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAg < 1:5393580/93‑1 (MQ=255) cAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAg > 1:1236337/1‑93 (MQ=255) aGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAgg < 1:3040297/93‑1 (MQ=255) aGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAgg > 2:6243267/1‑93 (MQ=255) gTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGc > 1:4810186/1‑93 (MQ=255) tACGCCGCCGTTGATTTCGCCGTCGATATCGCTGTCGCCCTCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATAGTCAGCCAGAGGTGATCAGCCCGGCg > 1:6152056/1‑93 (MQ=255) tACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGATCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCg > 2:6371467/1‑93 (MQ=255) aCGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGa < 2:4922388/93‑1 (MQ=255) cgccgcCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGAt > 2:1558139/1‑93 (MQ=255) cgccgcCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGAt < 1:268097/93‑1 (MQ=255) gccgccGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATg < 1:515839/93‑1 (MQ=255) gccgccGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATg < 1:1363330/93‑1 (MQ=255) gccgTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGaaa > 1:326799/1‑93 (MQ=255) ccgTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAAt > 1:5352612/1‑93 (MQ=255) cgTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAAtt > 1:4942995/1‑93 (MQ=255) gTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGACATTc > 2:3229744/1‑93 (MQ=255) gTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTc > 2:5073658/1‑93 (MQ=255) gTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTc > 1:2236455/1‑93 (MQ=255) ttGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGACATTCa > 2:1923875/1‑93 (MQ=255) ttGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCa < 1:2568808/93‑1 (MQ=255) ttGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATCGTCAGCCAGAGTTGATCAGTCAGGCGATGAAATTCa > 2:2435271/1‑93 (MQ=255) tGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCAc < 1:2950358/93‑1 (MQ=255) gATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACt > 2:3692728/1‑93 (MQ=255) aTTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGACATTCACTg > 2:2247091/1‑93 (MQ=255) ttCGCAGTCGATATCGCTGTCGCAATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTAGATCAGCCAGGCGATGAAATTCCCTGTc < 1:5667577/93‑1 (MQ=255) cGCAGTCTATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGt < 1:2546543/93‑1 (MQ=255) gCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGtt < 1:5071652/93‑1 (MQ=255) cAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCATCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTc > 2:2686410/1‑93 (MQ=255) aGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGCTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCa > 1:4004252/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |