| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,992,871 | A→G | D167G (GAT→GGT) | dapF → | diaminopimelate epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,992,871 | 0 | A | G | 89.6% | 663.2 / 56.9 | 230 | D167G (GAT→GGT) | dapF | diaminopimelate epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/14); new base G (97/109); total (107/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GAAAAGACCTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGATGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGAAAGCCACGAGCGTTTTCCGGAGCGCGCCAATATCGGTTTTATGCAAGTGG > NC_000913/3992780‑3992963 | aaaGACCTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGgtgt < 1:3957518/93‑1 (MQ=255) aaaGACCTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGgtgt < 1:1389704/93‑1 (MQ=255) aaaGACCTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGATGt > 1:1464121/1‑93 (MQ=255) aaGACCTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTc < 1:1801705/93‑1 (MQ=255) aaGACCTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTc > 1:309361/1‑93 (MQ=255) gACCTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGa > 1:6263676/1‑93 (MQ=255) ccTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATa > 2:963723/1‑93 (MQ=255) cTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATAc < 2:6216454/93‑1 (MQ=255) cTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATAc < 1:530570/93‑1 (MQ=255) cTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATAc < 2:3985247/93‑1 (MQ=255) tataTTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATAcc > 2:4503711/1‑93 (MQ=255) atatTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACcg > 1:2466096/1‑93 (MQ=255) tattatGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACcgc > 1:1564753/1‑93 (MQ=255) attatGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACcgcg < 2:5689610/93‑1 (MQ=255) attatGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGATGTCGATACcgcg > 1:6292161/1‑93 (MQ=255) ttatGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCgcgg > 2:4585930/1‑93 (MQ=255) ttatGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCgcgg > 1:6634033/1‑93 (MQ=255) tatGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCgcggc > 2:2535164/1‑93 (MQ=255) atGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGCTGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCgcggcg > 2:4673516/1‑93 (MQ=255) tGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGcggcgg < 2:6546703/93‑1 (MQ=255) tGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGATGTCGATACCGcggcgg > 2:3176967/1‑93 (MQ=255) gcgcgcCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGt > 1:6327884/1‑93 (MQ=255) cgcgcCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTa < 1:5537453/93‑1 (MQ=255) gcgcCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAg > 1:3422923/1‑93 (MQ=255) cgccgcCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGa < 2:5746390/93‑1 (MQ=255) gccgccGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGaa > 2:443310/1‑93 (MQ=255) ccgccgAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATTGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGaaa < 1:4439640/93‑1 (MQ=255) ccgccgAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGaaa < 2:5191851/93‑1 (MQ=255) ccgccgAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGaaa > 1:4714664/1‑93 (MQ=255) gccgAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACg > 1:3487916/1‑93 (MQ=255) ccgAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGc < 1:4345028/93‑1 (MQ=255) ccgAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGc > 1:5120666/1‑93 (MQ=255) cgAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCt < 2:23768/93‑1 (MQ=255) cgAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCt > 2:3622131/1‑93 (MQ=255) gAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCtt > 2:1369896/1‑93 (MQ=255) gAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCtt > 2:616184/1‑93 (MQ=255) aGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTg < 1:4527705/93‑1 (MQ=255) aGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTg < 2:2030615/93‑1 (MQ=255) aGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTg < 1:372146/93‑1 (MQ=255) aGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGATGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTg > 1:3179412/1‑93 (MQ=255) gCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAATGCTTgg > 1:2164076/1‑93 (MQ=255) gCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTgg > 2:3253312/1‑93 (MQ=255) gCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTgg < 1:2283983/93‑1 (MQ=255) gCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTgg > 1:2072209/1‑93 (MQ=255) cAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGt > 1:3401523/1‑93 (MQ=255) aGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTc < 1:6003922/93‑1 (MQ=255) aGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTc < 2:433351/93‑1 (MQ=255) gACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGTAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTcc < 2:4827289/93‑1 (MQ=255) gACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTcc < 2:1598088/93‑1 (MQ=255) gACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTcc > 1:3751022/1‑93 (MQ=255) aCAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCt > 1:1188365/1‑93 (MQ=255) aCAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCt < 2:6349404/93‑1 (MQ=255) aCAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCt < 2:1700116/93‑1 (MQ=255) aaTCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGt > 2:5905592/1‑93 (MQ=255) aTCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGtt < 2:2318044/93‑1 (MQ=255) aTCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGtt > 1:3027330/1‑93 (MQ=255) tCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTc < 2:3479281/93‑1 (MQ=255) ttATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGGCCTGTTCTg < 2:2754725/93‑1 (MQ=255) gcggcgTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGATGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGaaa < 2:4679089/93‑1 (MQ=255) ggggtggtgTCGATGGAAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGAAAGc < 2:1210261/90‑1 (MQ=255) gcgTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGAAAGcc > 1:1305012/1‑93 (MQ=255) gcgTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGGTGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGAAAGcc > 1:5393863/1‑93 (MQ=255) 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atggtgTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGAAAGCCACGAGCGTTTTCCGGAGCGCGCCAATATCGGTTTTATGCAAg > 2:2165065/1‑93 (MQ=255) atggtgTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGAAAGCCACGAGCGTTTTCCGGAGCGCGCCAATATCGGTTTTATGCAAg > 1:2206783/1‑93 (MQ=255) atggtgTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGAAAGCCACGAGCGTTTTCCGGAGCGCGCCAATATCGGTTTTATGCAAg < 2:4973348/93‑1 (MQ=255) atgatgTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGAAAGCCACGAGCGTTTTCCGGAGCGCGCCAATATCGGTTTTATGCAAg < 1:173675/93‑1 (MQ=255) atgatgTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGAAAGCCACGAGCGTTTTCCGGAGCGCGCCAATATCGGTTTTATGCAAg < 1:1681066/93‑1 (MQ=255) atgTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGAAAGCCACGAGCGTTTTCCGGAGCGCGCCAATATCGGTTTTATGCAAGTgg > 2:2578691/1‑93 (MQ=255) | GAAAAGACCTATATTATGCGCGCCGCCGAGCAGACAATCTTATGCGGCGTGGTGTCGATGGGAAATCCGCATTGCGTGATTCAGGTCGATGATGTCGATACCGCGGCGGTAGAAACGCTTGGTCCTGTTCTGGAAAGCCACGAGCGTTTTCCGGAGCGCGCCAATATCGGTTTTATGCAAGTGG > NC_000913/3992780‑3992963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |