| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,996,531 | C→T | G312G (GGC→GGT) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,996,531 | 0 | C | T | 88.8% | 751.5 / 62.1 | 249 | G312G (GGC→GGT) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/16); new base T (112/109); total (124/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
AACTACCGCTCTACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGCGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGCAGGA > NC_000913/3996439‑3996620 | aaCTACCGCTCTACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGgc > 2:1542600/1‑93 (MQ=255) cTACCGCTCTACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGgtgc > 1:2257706/1‑93 (MQ=255) tACCGCTCTACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGcgcg > 1:1547806/1‑93 (MQ=255) aCCGCTCTACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCgg > 1:3990307/1‑93 (MQ=255) ccGCTCTACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGa < 1:581722/93‑1 (MQ=255) ctctACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACgg < 1:1003397/93‑1 (MQ=255) tctACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGt < 1:5705238/93‑1 (MQ=255) ctACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTg < 2:6482245/93‑1 (MQ=255) ctACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTg < 1:2732978/93‑1 (MQ=255) tACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGa < 1:6455911/93‑1 (MQ=255) tACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGa < 2:1696774/93‑1 (MQ=255) tACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGa < 2:2092265/93‑1 (MQ=255) ccAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACACTAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGc > 2:4670181/1‑93 (MQ=255) cAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGCGCGGACGGTGAGcc > 2:709111/1‑93 (MQ=255) aGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCt > 2:1144071/1‑93 (MQ=255) gCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTa < 1:2948449/93‑1 (MQ=255) gCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTa < 2:5241754/93‑1 (MQ=255) gCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTa > 1:3881059/1‑93 (MQ=255) aaTATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTAtt > 2:5425727/1‑93 (MQ=255) aaTATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTAtt < 2:2596851/93‑1 (MQ=255) aaTATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTAtt < 1:4244030/93‑1 (MQ=255) ttCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTccc > 1:6642394/1‑93 (MQ=255) tCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCct < 2:5498536/93‑1 (MQ=255) cTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCctc < 2:2464586/93‑1 (MQ=255) tGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCctct > 1:835160/1‑93 (MQ=255) tGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCctct > 1:6168545/1‑93 (MQ=255) tGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCctct > 1:3366116/1‑93 (MQ=255) gcgcCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGCGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTAtt < 1:3376248/93‑1 (MQ=255) gcgcCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCCTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTAtt < 2:2013140/93‑1 (MQ=255) gcTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCt > 2:4390995/1‑93 (MQ=255) gcTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCt > 2:647108/1‑93 (MQ=255) gcTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGCGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCt < 1:3001260/93‑1 (MQ=255) cTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCtt > 1:3664479/1‑93 (MQ=255) aaCGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCtttt > 2:6506692/1‑93 (MQ=255) aaCGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCtttt < 1:2555326/93‑1 (MQ=255) aaCGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCtttt < 2:2937442/93‑1 (MQ=255) aCGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTa < 1:5986066/93‑1 (MQ=255) gCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAAc > 1:5538766/1‑93 (MQ=255) gCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAAc > 1:1074409/1‑93 (MQ=255) gCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAAc < 2:5640790/93‑1 (MQ=255) gCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGCGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAAc > 1:1821199/1‑93 (MQ=255) gCCCTGATTGAAAACAATAACAGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAAc > 2:354750/1‑93 (MQ=255) cccTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACg > 2:5513784/1‑93 (MQ=255) cTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGaa > 2:2293914/1‑93 (MQ=255) cTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGaa < 1:19737/93‑1 (MQ=255) tGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAAc < 1:5287168/93‑1 (MQ=255) tGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAAc > 2:2417631/1‑93 (MQ=255) tGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAAc > 1:1293883/1‑93 (MQ=255) gATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGGCGGTGAGCCTATTTCCCTCAATTGCGCTTTTAACGAACt < 1:6440527/93‑1 (MQ=255) aTTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTc > 2:4707618/1‑93 (MQ=255) ttGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCg > 2:923834/1‑93 (MQ=255) ttGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGCGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCg > 1:5189938/1‑93 (MQ=255) tGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGCGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGa < 1:2349961/93‑1 (MQ=255) gAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGAt < 1:6089168/93‑1 (MQ=255) gAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGAt < 2:5887336/93‑1 (MQ=255) gAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGCGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGAt < 1:4199651/93‑1 (MQ=255) aaaCAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGa < 2:3717783/93‑1 (MQ=255) aaaCAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGa < 1:5900844/93‑1 (MQ=255) aaCAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCTATGaa < 1:4327243/93‑1 (MQ=255) aaCAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGaa > 2:6259884/1‑93 (MQ=255) aCAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAg > 2:6016837/1‑93 (MQ=255) aCAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGCGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAg > 1:1667450/1‑93 (MQ=255) cAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAgc < 1:2133823/93‑1 (MQ=255) aTAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAgcgc < 2:3420427/93‑1 (MQ=255) aTAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAgcgc < 1:1496651/93‑1 (MQ=255) aTAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAgcgc > 2:1201503/1‑93 (MQ=255) tAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGcgcg > 1:4017269/1‑93 (MQ=255) aCGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGtt < 1:5225775/93‑1 (MQ=255) cGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTtgtg < 1:4638227/93‑1 (MQ=255) cGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGCGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTtgtg > 2:3410899/1‑93 (MQ=255) 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ggACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCt < 1:6318455/93‑1 (MQ=255) ggACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCt > 2:1440800/1‑93 (MQ=255) gACCGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTg < 2:4449968/93‑1 (MQ=255) ccGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGc < 2:3872720/93‑1 (MQ=255) cGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGCa > 2:4262023/1‑93 (MQ=255) cGATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGCa < 1:1059408/93‑1 (MQ=255) gATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCTCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGCAg < 1:1323252/93‑1 (MQ=255) gATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGCAg > 2:4986119/1‑93 (MQ=255) gATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGCAg > 2:3963279/1‑93 (MQ=255) gATGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGCAg < 1:5424450/93‑1 (MQ=255) tGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGCAGGa > 2:5824853/1‑93 (MQ=255) tGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGCAGGa < 2:596423/93‑1 (MQ=255) tGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGCAGGa > 1:6038119/1‑93 (MQ=255) tGGTGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGATTTGTGGTTAATCGCATCAAAACCTGGCAGGa > 1:210056/1‑93 (MQ=255) | AACTACCGCTCTACCAGCAATATTCTGAGCGCCGCTAACGCCCTGATTGAAAACAATAACGGGCGTCTGGGTAAAAAACTGTGGACCGATGGCGCGGACGGTGAGCCTATTTCCCTCTATTGCGCTTTTAACGAACTCGATGAAGCGCGTTTTGTGGTTAACCGCATCAAAACCTGGCAGGA > NC_000913/3996439‑3996620 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |