| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,237,776 | T→C | intergenic (+467/‑128) | yjbH → / → yjbA | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,237,776 | 0 | T | C | 86.6% | 627.9 / 68.6 | 232 | intergenic (+467/‑128) | yjbH/yjbA | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/22); new base C (89/112); total (98/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCG > NC_000913/4237687‑4237865 | ccTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggcaggta < 1:3069171/93‑1 (MQ=255) gAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTatat < 2:5440259/93‑1 (MQ=255) aaTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGGATATc > 1:5716318/1‑93 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATcc > 1:1280803/1‑93 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATcc < 2:1328968/93‑1 (MQ=255) tGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCCGGCGCGGCTTATCCCGCCTACGGGCAGGTATATCCg > 2:3503593/1‑93 (MQ=255) tGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCg > 2:1362546/1‑93 (MQ=255) gggTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCgg < 1:52667/93‑1 (MQ=255) ggTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGc > 2:3523673/1‑93 (MQ=255) aTTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTtg < 2:6137702/93‑1 (MQ=255) tttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTtggtg < 1:6027310/93‑1 (MQ=255) ttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCTGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTtggtgg < 2:4397579/93‑1 (MQ=255) tGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGa < 2:2900317/93‑1 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAg > 1:6198425/1‑93 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAg < 2:5859993/93‑1 (MQ=255) aaTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAgg < 1:5869444/93‑1 (MQ=255) aaTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGCCCTACGGGCAGGCATATCCGGCTTTGGTGGAgg > 1:1008610/1‑93 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAggg > 2:156252/1‑92 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGgc > 1:2991133/1‑93 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGgc < 2:6641701/93‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGgc < 2:1878794/93‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGgc < 1:4554140/93‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGGATATCCGGCTTTGGTGGAGgc > 2:3356782/1‑93 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGgcgcg < 2:3373482/93‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCCACGGGTAGGGATATCCGGCTTTGGTGGAGgcgcg > 1:3929389/1‑93 (MQ=255) ccGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGgcgcgc < 2:1953757/93‑1 (MQ=255) cGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCt > 2:6309108/1‑93 (MQ=255) cGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCt > 1:5046270/1‑93 (MQ=255) ggCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGCGCAGGTATATCCAGCTTTGGTGGAGGCGCGCTc > 1:6356292/1‑93 (MQ=255) cTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGGCAAGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTGTATTCGGCTTTGGTGGGGGGGCGCTCCa > 2:4109803/1‑93 (MQ=255) cTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCa > 2:3772797/1‑93 (MQ=255) ttGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCaaa < 2:5865559/93‑1 (MQ=255) tGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAAt < 1:184497/93‑1 (MQ=255) tGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAAt < 1:294834/93‑1 (MQ=255) ggTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATc > 2:6056040/1‑93 (MQ=255) gTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATcc < 2:4677250/93‑1 (MQ=255) tGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCa < 2:3286169/93‑1 (MQ=255) gCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAg < 2:360220/93‑1 (MQ=255) 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cGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACAt < 2:6455932/93‑1 (MQ=255) cGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACAt > 2:2416580/1‑93 (MQ=255) ggATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATa > 1:1476419/1‑93 (MQ=255) ggATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATa > 2:5083368/1‑93 (MQ=255) ggATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATa > 2:1429407/1‑93 (MQ=255) gATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATac < 1:2643111/93‑1 (MQ=255) gATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAACACATac > 2:2857354/1‑93 (MQ=255) gATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATac < 2:5331196/93‑1 (MQ=255) aTGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATaca < 1:1938875/93‑1 (MQ=255) tGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATacac > 2:4796755/1‑93 (MQ=255) gcgcCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATAcaca < 2:2843239/93‑1 (MQ=255) cgccgcCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACaa > 1:2802541/1‑93 (MQ=255) gccgccAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACaaa > 2:2443436/1‑93 (MQ=255) ccgccAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACaaaa > 1:2155343/1‑93 (MQ=255) cgccAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACaaaaa > 2:2101753/1‑93 (MQ=255) gccAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACGTACACaaaaaa > 1:6424198/1‑93 (MQ=255) gccAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACaaaaaa > 2:1113546/1‑93 (MQ=255) ccAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAat > 2:4566840/1‑93 (MQ=255) cAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAata > 2:6206208/1‑93 (MQ=255) cAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAata > 1:3911856/1‑93 (MQ=255) cAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAata < 2:4157296/93‑1 (MQ=255) aGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAatat > 1:4538961/1‑93 (MQ=255) ggCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAAtata < 1:1603518/93‑1 (MQ=255) ggCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAAtata > 2:639640/1‑93 (MQ=255) ggCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAAtata < 2:4500730/93‑1 (MQ=255) gcgcGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAg > 1:6511514/1‑93 (MQ=255) gcgGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGAt > 1:4161243/1‑93 (MQ=255) gcgGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGAt > 1:794569/1‑93 (MQ=255) cgGCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGAtc < 1:5653620/93‑1 (MQ=255) ggCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGAtct > 1:5194109/1‑93 (MQ=255) ggCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGAtct > 1:205580/1‑93 (MQ=255) ggCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGAtct > 1:2265475/1‑93 (MQ=255) gCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGAtctc > 2:3237302/1‑93 (MQ=255) gCTTATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGAtctc < 1:5549173/93‑1 (MQ=255) tATCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAATAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGt > 1:3353819/1‑93 (MQ=255) tCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTca > 1:6095215/1‑93 (MQ=255) tCCGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTca > 2:5195820/1‑93 (MQ=255) cGGCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTcaca > 2:578395/1‑93 (MQ=255) ggCCTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACAt > 1:4017914/1‑93 (MQ=255) ccTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACAttt < 2:2657735/93‑1 (MQ=255) ccTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACAttt > 2:5895788/1‑93 (MQ=255) cTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACAtttt < 1:3521946/93‑1 (MQ=255) cTACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACAtttt < 2:1714091/93‑1 (MQ=255) tACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACAttttt < 1:252538/93‑1 (MQ=255) tACGGGCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACAttttt < 1:3432798/93‑1 (MQ=255) gggCAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCg < 1:5013976/93‑1 (MQ=255) | CACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCG > NC_000913/4237687‑4237865 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |