| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,254,178 | A→G | intergenic (‑133/‑38) | plsB ← / → dgkA | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase/diacylglycerol kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,254,178 | 0 | A | G | 86.1% | 745.4 / 98.8 | 280 | intergenic (‑133/‑38) | plsB/dgkA | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase/diacylglycerol kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/12); new base G (110/131); total (137/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.98e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
AAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCT > NC_000913/4254087‑4254270 | aaGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTacac > 2:469924/1‑93 (MQ=255) aTAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGat < 1:6373872/93‑1 (MQ=255) aTAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGat > 1:1905734/1‑93 (MQ=255) aTAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGat < 1:3694739/93‑1 (MQ=255) tAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGata < 1:4794362/93‑1 (MQ=255) tAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGata < 1:329916/93‑1 (MQ=255) tAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGata > 2:5272199/1‑93 (MQ=255) gCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATAtt < 2:4977881/93‑1 (MQ=255) aaGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGc > 1:113380/1‑93 (MQ=255) aaGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGc < 1:5709897/93‑1 (MQ=255) aaGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGc > 2:3732290/1‑93 (MQ=255) aGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCt > 1:743924/1‑93 (MQ=255) gTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTc > 1:3664798/1‑93 (MQ=255) gTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTc < 1:5173235/93‑1 (MQ=255) gTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTc > 2:5649385/1‑93 (MQ=255) aTGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATa > 2:4901589/1‑93 (MQ=255) tGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATaa > 1:1783761/1‑93 (MQ=255) tGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATaa < 1:1994226/93‑1 (MQ=255) aaTTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTaa < 1:3489292/93‑1 (MQ=255) aaTTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTaa < 2:2265604/93‑1 (MQ=255) tCTGTGGTATCCTCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTaaaaa < 1:5563353/93‑1 (MQ=255) tCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTaaaaa < 1:2184125/93‑1 (MQ=255) tCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTaaaaa < 2:5152126/93‑1 (MQ=255) tCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTaaaaa > 2:3221679/1‑93 (MQ=255) tgtgGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAgg < 1:558655/93‑1 (MQ=255) tgtgGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAgg > 1:110127/1‑93 (MQ=255) tgtgGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAgg < 1:2668342/93‑1 (MQ=255) tgtgGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAgg > 2:5544004/1‑93 (MQ=255) tgtgGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAgg < 2:6052131/93‑1 (MQ=255) tgtgGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAgg > 1:4097412/1‑93 (MQ=255) tgGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGtt > 1:5932775/1‑93 (MQ=255) tATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCtt > 1:845943/1‑93 (MQ=255) tATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCtt < 2:3460153/93‑1 (MQ=255) tATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCtt > 1:5982401/1‑93 (MQ=255) aTCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCttt > 2:10342/1‑93 (MQ=255) aTCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCttt > 1:6293356/1‑93 (MQ=255) aTCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCttt > 1:3785930/1‑93 (MQ=255) aTCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCttt < 1:2796963/93‑1 (MQ=255) aTCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCttt < 2:6010994/93‑1 (MQ=255) tCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTc > 2:1778695/1‑93 (MQ=255) tCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTc > 2:2692637/1‑93 (MQ=255) tCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTc > 2:791127/1‑93 (MQ=255) tCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTc < 1:5874958/93‑1 (MQ=255) tCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTc > 2:2159190/1‑93 (MQ=255) gCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAAt < 1:2038152/93‑1 (MQ=255) gCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAAt < 1:3019243/93‑1 (MQ=255) gCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAAt > 2:2621770/1‑93 (MQ=255) gCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGGACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCaac > 2:5965653/1‑92 (MQ=255) cTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATg > 1:4878779/1‑93 (MQ=255) tCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATgg < 2:2506923/93‑1 (MQ=255) tCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATgg > 1:6007542/1‑93 (MQ=255) gTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCaa < 1:4215747/93‑1 (MQ=255) ttCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCaata < 2:5386052/93‑1 (MQ=255) ttCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCaata < 2:3849537/93‑1 (MQ=255) tCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCaataa < 1:2407650/93‑1 (MQ=255) gcgcgGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAataata > 2:4538005/1‑93 (MQ=255) gcgcgGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAataata < 1:4259243/93‑1 (MQ=255) cgcgGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATAc < 2:5029399/93‑1 (MQ=255) cgcgGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATAc < 1:5462020/93‑1 (MQ=255) gcggcgCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATAcc < 2:66431/93‑1 (MQ=255) gcgcTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACt > 1:5285969/1‑93 (MQ=255) gcgcTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACt > 2:5010662/1‑93 (MQ=255) gcTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTgg > 1:1951860/1‑93 (MQ=255) cTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGa < 1:6423123/93‑1 (MQ=255) tACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGAt < 2:1909290/93‑1 (MQ=255) aCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGAtt > 1:3988957/1‑93 (MQ=255) aCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGAtt > 2:6187894/1‑93 (MQ=255) cGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGATGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTc > 2:3569650/1‑93 (MQ=255) gCAACCCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCa < 1:358485/93‑1 (MQ=255) aaaCCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCAcc < 1:780853/93‑1 (MQ=255) aaaCCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCAcc < 2:6416792/93‑1 (MQ=255) aCCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCg < 1:2366701/93‑1 (MQ=255) aCCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCg > 1:4840145/1‑93 (MQ=255) aCCCGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCg > 1:4660557/1‑93 (MQ=255) cccGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGa > 1:4730863/1‑93 (MQ=255) ccGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGaa > 2:1664884/1‑93 (MQ=255) ccGAATCATCGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGaa < 1:3073556/93‑1 (MQ=255) ccGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGaa < 1:6191656/93‑1 (MQ=255) 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tcGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCaaa > 2:4089654/1‑93 (MQ=255) tcGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCaaa > 1:5217319/1‑93 (MQ=255) cGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAg < 2:4219408/93‑1 (MQ=255) cGGATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAg < 2:1524114/93‑1 (MQ=255) ggATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAgc > 2:443768/1‑93 (MQ=255) ggATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAgc > 2:391651/1‑93 (MQ=255) ggATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAgc < 2:315255/93‑1 (MQ=255) gATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAgct < 1:2579304/93‑1 (MQ=255) gATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAgct > 2:2863788/1‑93 (MQ=255) gATTTAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAgct > 1:946642/1‑93 (MQ=255) tttAACGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAgctgc < 2:3664820/93‑1 (MQ=255) aCGGTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGc > 1:382622/1‑93 (MQ=255) ggTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTa > 1:1457421/1‑93 (MQ=255) gTACGCTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTAt < 1:4383159/93‑1 (MQ=255) | AAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCT > NC_000913/4254087‑4254270 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |