| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,394,272 | C→T | P210P (CCC→CCT) | amiB → | N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,394,272 | 0 | C | T | 85.6% | 779.3 / 89.8 | 271 | P210P (CCC→CCT) | amiB | N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/21); new base T (116/116); total (134/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACTTTGCTCAATGACGATCCGATGTTTAAAGGCGTTTTAA > NC_000913/4394182‑4394363 | ggCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTgg < 1:2700381/93‑1 (MQ=255) cAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTggtg < 2:4568079/93‑1 (MQ=255) aGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCtggtgg < 1:3619227/93‑1 (MQ=255) gcgcgcgcGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTggtggt < 1:3715516/93‑1 (MQ=255) gcgcgcgcGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTggtggt > 2:5111464/1‑93 (MQ=255) cgcgcgcgACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTa > 2:3169805/1‑93 (MQ=255) cgcgcgACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTAcg > 2:227236/1‑93 (MQ=255) gcgcgACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTAcgc > 1:4775834/1‑93 (MQ=255) cgcgACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTAcgcg > 1:887405/1‑93 (MQ=255) gcgACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCgg > 1:5510680/1‑93 (MQ=255) gcgACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCgg < 1:5938889/93‑1 (MQ=255) gcgACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCgg < 1:5975744/93‑1 (MQ=255) gcgACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCgg < 2:4264249/93‑1 (MQ=255) gACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTTGTACGCGGga > 1:75568/1‑93 (MQ=255) 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ggCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGaa < 2:5342398/93‑1 (MQ=255) cTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGCGGTACGCGGGAGcaaa > 2:1592530/1‑93 (MQ=255) cTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGaaaa > 1:2318190/1‑93 (MQ=255) tAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGaaaaa > 2:1156909/1‑93 (MQ=255) tAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGaaaaa > 1:4070973/1‑93 (MQ=255) aaCACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAAt > 1:5649501/1‑93 (MQ=255) acacTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATg > 2:1415591/1‑93 (MQ=255) acacTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATg > 2:3887785/1‑93 (MQ=255) acacTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATg > 1:1552783/1‑93 (MQ=255) acTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTc > 1:2952203/1‑93 (MQ=255) cTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCa > 1:3583366/1‑93 (MQ=255) tGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAc > 1:4425021/1‑93 (MQ=255) ggCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCTGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAcc < 2:5318076/93‑1 (MQ=255) ggCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAcc > 1:5577615/1‑93 (MQ=255) cGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccat < 2:3344095/93‑1 (MQ=255) cGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGACGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccat < 2:4670676/93‑1 (MQ=255) gATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatc < 2:437234/93‑1 (MQ=255) gATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatc > 1:864454/1‑93 (MQ=255) gATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatc > 1:4681265/1‑93 (MQ=255) gATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatc > 2:5915441/1‑93 (MQ=255) aaTTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatcgccat < 1:6600065/93‑1 (MQ=255) aaTTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatcgccat < 2:2782228/93‑1 (MQ=255) aTTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatcgccatc < 1:107868/93‑1 (MQ=255) tATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatcgccatccc < 1:4190761/93‑3 (MQ=255) tATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACcatcgccatcgc < 1:1825165/93‑1 (MQ=255) atcatcGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATcgcg < 1:1320226/93‑1 (MQ=255) tcatcGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATcgcgc < 1:3082326/93‑1 (MQ=255) atcGCTATTGATGCCGGATACGGCCGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGt < 1:33896/93‑1 (MQ=255) atcGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGt > 1:5315079/1‑93 (MQ=255) atcGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGt < 2:6515653/93‑1 (MQ=255) atcGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGt > 1:2532211/1‑93 (MQ=255) gCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTaaa > 2:5760692/1‑93 (MQ=255) cTATTGATGCCGGACAAGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGCGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAAt > 1:4488537/1‑93 (MQ=255) tATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAAtt < 2:6462179/93‑1 (MQ=255) tATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAAtt > 2:1099685/1‑93 (MQ=255) tATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAAtt > 2:4111261/1‑93 (MQ=255) aTTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTg > 2:4815897/1‑93 (MQ=255) ttGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGc < 1:4978986/93‑1 (MQ=255) tGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCg < 2:4424757/93‑1 (MQ=255) gATGCCGGACACGGCGGTCATGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGt < 2:5534406/93‑1 (MQ=255) gATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGt > 1:1973373/1‑93 (MQ=255) attccGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTa < 1:6041624/90‑1 (MQ=255) aTGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTa > 2:3075529/1‑93 (MQ=255) tGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCATGGTGGTACGCGGGAGGAAAGTGTCACCATCGCCATCGGGCGTAAATTGCGtgc > 2:2188452/1‑91 (MQ=255) ccGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACtt < 2:5210255/93‑1 (MQ=255) ccGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACtt < 2:501373/93‑1 (MQ=255) cGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACttt < 2:4057388/93‑1 (MQ=255) ggACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCTGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACTTTg < 2:2712699/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |