| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,551,066 | A→G | V199V (GTA→GTG) | uxuB → | D‑mannonate oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,551,066 | 0 | A | G | 85.5% | 683.6 / 96.2 | 269 | V199V (GTA→GTG) | uxuB | D‑mannonate oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/17); new base G (130/100); total (152/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CGTCTGCGTCGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCC > NC_000913/4550977‑4551158 | cgtctgcgtcGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTg > 1:2550951/1‑93 (MQ=255) gtctgcgtcGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTgg < 2:5871931/93‑1 (MQ=255) gtctgcgtcGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTgg < 1:2659879/93‑1 (MQ=255) tctgcgtcGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTggg > 1:1247253/1‑93 (MQ=255) tctgcgtcGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTggg > 2:249723/1‑93 (MQ=255) ctgcgtcGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTgggg > 2:1290360/1‑93 (MQ=255) tgcgtcGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGggc < 2:6056816/93‑1 (MQ=255) tgcgtcGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGggc > 1:709832/1‑93 (MQ=255) gcgtcGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGggct > 2:1192536/1‑93 (MQ=255) cgtcgtGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGggctg < 2:3096174/93‑1 (MQ=255) gtcgtGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATACCGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGggctgg > 2:4308483/1‑93 (MQ=255) tcgtGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGGCGCGGTGCTGGggctggc > 2:3659701/1‑93 (MQ=255) gtGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTc < 1:5112863/93‑1 (MQ=255) gtGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTc > 2:446312/1‑93 (MQ=255) gtGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTc > 1:2109198/1‑93 (MQ=255) tGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCa > 1:3055917/1‑93 (MQ=255) tGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCa > 1:1397132/1‑93 (MQ=255) tGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCa < 1:1919776/93‑1 (MQ=255) gAAAAAGGGTTAAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTTCTGGggctggcgccg > 1:1454843/1‑89 (MQ=255) aaaaGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGgc > 2:3377885/1‑93 (MQ=255) aaGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGgcgc > 2:738730/1‑93 (MQ=255) aGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGcgcg > 1:64892/1‑93 (MQ=255) 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aGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCa > 2:3312816/1‑93 (MQ=255) aGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCa > 1:503478/1‑93 (MQ=255) gCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAg < 1:111230/93‑1 (MQ=255) cGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGc < 1:40286/93‑1 (MQ=255) gTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCt > 1:4569481/1‑93 (MQ=255) tttACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTg > 2:5376177/1‑93 (MQ=255) ttACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTgg < 2:232648/93‑1 (MQ=255) tACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTggc < 1:4490103/93‑1 (MQ=255) tACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTggc > 2:1630374/1‑93 (MQ=255) gTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGAAGCTGGCGGCa > 1:1496682/1‑93 (MQ=255) tGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCAt < 1:3687396/93‑1 (MQ=255) tGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCAt > 1:942359/1‑93 (MQ=255) gATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATg > 2:643639/1‑93 (MQ=255) gATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATg < 1:2090203/93‑1 (MQ=255) aTGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATgg > 1:4141671/1‑93 (MQ=255) aTGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATgg < 2:628377/93‑1 (MQ=255) aTGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATgg > 2:2832689/1‑93 (MQ=255) tGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGa < 2:4269350/93‑1 (MQ=255) tGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGa < 2:6584047/93‑1 (MQ=255) tGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGa < 2:1175215/93‑1 (MQ=255) tGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGa > 2:4705000/1‑93 (MQ=255) tCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGAtt > 2:3010356/1‑93 (MQ=255) cTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTga < 2:5948983/93‑1 (MQ=255) tGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTgaa > 1:771051/1‑93 (MQ=255) tGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTgaa < 1:628902/93‑1 (MQ=255) gATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTgaagaa > 1:5464175/1‑93 (MQ=255) gATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTgaagaa > 1:5917891/1‑93 (MQ=255) gATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTgaagaa > 1:3351451/1‑93 (MQ=255) aTAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGaaa > 2:2563012/1‑93 (MQ=255) tAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGaaaa > 2:2201916/1‑93 (MQ=255) tAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGaaaa > 2:638981/1‑93 (MQ=255) tAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGaaaa > 1:3455442/1‑93 (MQ=255) tAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTAGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGaaaa > 2:4491083/1‑93 (MQ=255) aCGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATg > 1:6190209/1‑93 (MQ=255) aCGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTCGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTTGCGGCATTGATTGAAGAAAATg > 1:2958882/1‑93 (MQ=255) cgtgcgtgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGt < 2:40380/93‑1 (MQ=255) gtgcgtgAAAACGGTCACGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTc < 1:3778966/93‑1 (MQ=255) tgcgtgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTcc > 2:1728189/1‑92 (MQ=255) tgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCtt < 2:3193816/93‑1 (MQ=255) gAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTGCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTc < 2:4141671/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |