| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 802,290 | T→C | V394A (GTA→GCA) | ybhI → | putative membrane pump protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,290 | 0 | T | C | 85.4% | 518.0 / 72.8 | 200 | V394A (GTA→GCA) | ybhI | putative membrane pump protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/18); new base C (90/80); total (102/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
ACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTA > NC_000913/802200‑802379 | aCGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTAt > 2:630280/1‑93 (MQ=255) tGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGc < 1:1457529/93‑1 (MQ=255) gCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGcc > 1:3882515/1‑93 (MQ=255) gCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGcc > 2:3083665/1‑93 (MQ=255) cTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCa < 2:2902131/93‑1 (MQ=255) cTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCa < 2:6203066/93‑1 (MQ=255) tttCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCAt < 1:5647868/93‑1 (MQ=255) tttCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCAt > 1:1650225/1‑93 (MQ=255) tttCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCAt < 1:1703316/93‑1 (MQ=255) tttCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCAt < 2:5680694/93‑1 (MQ=255) ttcttcGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATg > 2:794164/1‑93 (MQ=255) ttcttcGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATg > 2:2638783/1‑93 (MQ=255) tcttcGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGc > 1:6084185/1‑93 (MQ=255) tcttcGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGc < 2:4966538/93‑1 (MQ=255) 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attTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGtc < 2:1457834/93‑1 (MQ=255) attTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGtc > 1:5040199/1‑93 (MQ=255) ttttCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGtct > 1:3507133/1‑93 (MQ=255) ttttCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGtct > 1:4976905/1‑93 (MQ=255) tttCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGtctc < 1:1096754/93‑1 (MQ=255) ttCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTcc < 2:2393927/93‑1 (MQ=255) ttCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTcc < 2:100258/93‑1 (MQ=255) ttCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTcc < 2:5119741/93‑1 (MQ=255) ttCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTcc < 1:6155481/93‑1 (MQ=255) ttCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTcc > 2:4385543/1‑93 (MQ=255) tCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCg < 1:3972756/93‑1 (MQ=255) cATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCAcc < 1:4657684/93‑1 (MQ=255) cATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCAcc < 2:5545637/93‑1 (MQ=255) aTTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCAcct > 2:4766999/1‑92 (MQ=255) ttATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGt < 1:4532444/93‑1 (MQ=255) aTCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTa > 1:4064294/1‑93 (MQ=255) tCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTaa > 2:3676269/1‑93 (MQ=255) tCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTaa < 1:282880/93‑1 (MQ=255) tGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGt < 1:3774841/93‑1 (MQ=255) cGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTa > 2:1833338/1‑93 (MQ=255) gTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTaa > 1:1525212/1‑93 (MQ=255) gTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTaa < 1:1992719/93‑1 (MQ=255) ttATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAAc < 1:595075/93‑1 (MQ=255) ttATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAAc > 1:5082812/1‑93 (MQ=255) 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ttCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACt > 2:1334005/1‑93 (MQ=255) ttCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACt > 2:2143188/1‑93 (MQ=255) tCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACtg < 2:1141860/93‑1 (MQ=255) ccGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACtgt < 2:1432758/93‑1 (MQ=255) cGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACtgtt < 2:2502138/93‑1 (MQ=255) ggTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACtgttg > 1:6270248/1‑93 (MQ=255) tAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTgttgtt < 2:3735858/93‑1 (MQ=255) aGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTtc < 2:4756293/93‑1 (MQ=255) 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aCCGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGt > 1:4155870/1‑93 (MQ=255) ccGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGtt > 1:6338589/1‑93 (MQ=255) ccGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGtt < 1:5221844/93‑1 (MQ=255) cGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTa > 2:361651/1‑93 (MQ=255) cGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTa > 1:342816/1‑93 (MQ=255) cGGCATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTa > 2:5385575/1‑93 (MQ=255) | ACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTA > NC_000913/802200‑802379 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |