| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 924,888 | C→T | intergenic (+125/+219) | clpA → / ← serW | ATP‑binding component of serine protease/tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 924,888 | 0 | C | T | 88.1% | 580.4 / 49.1 | 194 | intergenic (+125/+219) | clpA/serW | ATP‑binding component of serine protease/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/13); new base T (79/92); total (89/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
CTCGAAAGAGGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGACCCTTTTTTTAATGATGATGGTAAGTTGTTGATAATTAGTGCTGCGGGAAGGTAAGGATAAAAAAGGGTGCTGCAGGAGAATGGGATGGTTTTGCTTTATTAACAACGGGCTAAACGTGTAGTATTTGAGT > NC_000913/924798‑924977 | tcGAAAGAGGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGACCCTTTTTTTAATGATGATGGTAAGTTGTTGATAATTAGtgttgc > 2:2935124/1‑93 (MQ=255) tcGAAAGAGGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGACCCTTTTTTTAATGATGATGGTAAGTTGTTGATAATTAGtgttgc < 2:1496538/93‑1 (MQ=255) cGAAAGAGGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGACCCTTTTTTTAATGATGATGGTAAGTTGTTGATAATTAGTGCTGCg > 1:6413203/1‑93 (MQ=255) aaaGAGGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGACCCTTTTTTTAATGATGATGGTAAGTTGTTGATAATTAGTGTTGCggg < 1:4576084/93‑1 (MQ=255) agagGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGACCCTTTTTTTAATGATGATGGTAAGTTGTTGATAATTAGTGTTGCGGGaa < 2:3429332/93‑1 (MQ=255) agagGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGACCCTTTTTTTAATGATGATGGTAAGTTGTTGATAATTAGTGTTGCGGGaa > 2:5144559/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |