| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,290,621 | T→C | intergenic (+143/‑59) | hnr → / → galU | Hnr/glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,290,621 | 0 | T | C | 87.7% | 609.9 / 69.3 | 219 | intergenic (+143/‑59) | hnr/galU | Hnr/glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/14); new base C (105/87); total (118/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCAAAAAAG > NC_000913/1290531‑1290710 | cTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGa < 2:5752285/93‑1 (MQ=255) cTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGa > 1:2539308/1‑93 (MQ=255) tATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGAt < 1:4161073/93‑1 (MQ=255) tATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGAt > 2:1695974/1‑93 (MQ=255) tATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGAt > 1:330313/1‑93 (MQ=255) aTCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATg < 1:5226545/93‑1 (MQ=255) 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aGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAac < 2:829272/93‑1 (MQ=255) aGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAac > 2:70109/1‑93 (MQ=255) aGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAac > 1:2714506/1‑93 (MQ=255) aGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAac > 2:6144507/1‑93 (MQ=255) tCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCaa < 2:3635749/93‑1 (MQ=255) tCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCaa > 2:1499132/1‑93 (MQ=255) tCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCaa > 1:480531/1‑93 (MQ=255) ttAATTATGCTAACTCGCTTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCaaaa < 1:5667997/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |