| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,951,170 | Δ1 bp | coding (39/1818 nt) | ilvD → | dihydroxyacid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,951,168 | 0 | C | . | 99.2% | 1077.7 / ‑0.5 | 242 | coding (37/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base . (27/213); total (28/214) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑‑CTGT‑G‑‑G‑‑‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCC > NC_000913/3951085‑3951252 | gatactgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcGc‑c < 2:1196687‑M2/3‑1 (MQ=255)gatactgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcGc‑c < 2:3146262‑M2/3‑1 (MQ=255) cactgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcgc‑cac < 1:7001471‑M2/5‑3 (MQ=255) gggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGa < 2:7178046‑M2/9‑1 (MQ=255) ggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGaa < 1:1769531‑M2/10‑1 (MQ=255) gagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAAt < 1:5117007‑M2/11‑1 (MQ=255) gagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAAt < 2:9153869‑M2/11‑1 (MQ=255) gagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAAt < 2:8838398‑M2/11‑1 (MQ=255) gtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcggggggtcgtgcgctgtgggggGC‑CCCCcggatga > 2:5763518‑M2/81‑90 (MQ=255) taaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGAc < 1:6727178‑M2/14‑1 (MQ=255) taaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGAc < 2:8447498‑M2/14‑1 (MQ=255) taaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcggggggtcgtgcgctgtggcgcGC‑CCCccggatgac > 1:4837596‑M2/80‑89 (MQ=255) taaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcggggggtcctgcgccgtggggcGC‑CCCccggatgaa > 2:6755443‑M2/80‑89 (MQ=255) aaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgcgcgctgtggcgcG‑‑CCACCCGGATGAcc > 2:5219051‑M2/79‑93 (MQ=255) aataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCg < 2:5081308‑M2/16‑1 (MQ=255) aataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCg < 2:3012093‑M2/16‑1 (MQ=255) ataaagtttgccttaggtcccttcccccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGa < 1:7244760‑M2/17‑1 (MQ=255) taaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGAc < 1:2645545‑M2/18‑1 (MQ=255) agtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGcc < 2:4201615‑M2/21‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTCTGG‑G‑‑G‑‑‑GG‑GCCCCGGCATGAACGACGCCGCtttttgt > 2:9512961/1‑89 (MQ=255) aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCG‑‑CCGC‑G‑‑GC‑‑GCGCCCCCGGGATGAACCACGCCGGTTTCGGTa > 2:3891894/1‑93 (MQ=255) cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 1:7406808‑M2/27‑1 (MQ=255) cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgcgctgtggggcGG‑CC‑CCCGACAGACCGACGCCGacttt > 1:4431351‑M2/67‑92 (MQ=255) cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcctgcgctgtggggcG‑‑CCACCGGAATGACCGACCCCCatttt > 2:24217‑M2/67‑92 (MQ=255) taagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggggcG‑‑GCACCGGAAGGACCGACCCCGATTTCgg > 2:3494940‑M2/65‑93 (MQ=255) caagtacccttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 2:3549762‑M2/29‑1 (MQ=255) ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCCGGCG‑‑CTGTGG‑‑G‑‑‑GCGCCCCCGGGATGAACTACCCCCATTTCGGTAAAcc > 2:8245668/1‑93 (MQ=255) aagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 1:9520080‑M2/30‑1 (MQ=255) aagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 2:1657489‑M2/30‑1 (MQ=255) agtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 2:741345‑M2/31‑1 (MQ=255) agtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 2:8375335‑M2/31‑1 (MQ=255) agtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 1:8759809‑M2/31‑1 (MQ=255) agtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgcgccgtggggcGC‑CCCCCGGAA‑GAACGACGCCGCTTttggga > 2:7999245‑M2/63‑91 (MQ=255) gtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 1:6917251‑M2/32‑1 (MQ=255) gTTCCGCCACCGCCACTCATGGTCGTAATAGGGCGGGCGCTCGTCCG‑‑CTGT‑GC‑C‑‑‑GCGCCACCGAAATGGCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:6042073/93‑1 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGCG‑‑CCGT‑G‑‑GGGCGC‑CCCCCGGAA‑GAACGACGCCGCCTTCGGGAAGGCgg > 2:4941164/1‑92 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCG‑‑CCGT‑GGCG‑‑‑GG‑CCACCGGGATGACCGACCCCGCGTTCGGTAAAcccgc > 1:2051575/1‑90 (MQ=255) taccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgggcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGAGTTCGGTCAg > 2:55644‑M2/61‑93 (MQ=255) accgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 2:4495654‑M2/34‑1 (MQ=255) cttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:1529503‑M2/37‑1 (MQ=255) ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCG‑‑CTGT‑G‑‑GCGCGC‑CCCCCGGAA‑GAACGACGCCGACTTCCGTAAGCCGATTAttc > 2:2285802/1‑91 (MQ=255) tccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAtt < 1:1979522‑M2/39‑1 (MQ=255) ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:436758‑M2/40‑1 (MQ=255) ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:2068417‑M2/40‑1 (MQ=255) ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:1373520‑M2/40‑1 (MQ=255) ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:6515661‑M2/40‑1 (MQ=255) ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:6870954‑M2/40‑1 (MQ=255) ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:8372525‑M2/40‑1 (MQ=255) cgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 1:754664‑M2/41‑1 (MQ=255) gccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:4012462‑M2/42‑1 (MQ=255) gccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:1000378‑M2/42‑1 (MQ=255) cccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:7842296‑M2/42‑1 (MQ=255) cccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:2254575‑M2/42‑1 (MQ=255) ccaccagcactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGCCGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcg < 2:6946608‑M2/43‑1 (MQ=255) caccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:5343164‑M2/44‑1 (MQ=255) caccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:4302623‑M2/44‑1 (MQ=255) ccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCgg < 1:8900437‑M2/46‑1 (MQ=255) caccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:2971577‑M2/47‑1 (MQ=255) cccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:9914012‑M2/48‑1 (MQ=255) ccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 1:8409719‑M2/49‑1 (MQ=255) cactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:2364421‑M2/50‑1 (MQ=255) tGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCG‑‑CTGTGG‑‑G‑‑‑GCGCCCCCCGGATGAACCACCCCGAATTTGGTAAGCCGATTATTGCGGGTGTGGACTc > 2:3712728/1‑93 (MQ=255) actcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg < 1:8132132‑M2/51‑1 (MQ=255) ctcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 1:1442584‑M2/52‑1 (MQ=255) tcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 2:5676805‑M2/53‑1 (MQ=255) tcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 1:9082085‑M2/53‑1 (MQ=255) tcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 1:6120856‑M2/53‑1 (MQ=255) tcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 1:6202106‑M2/53‑1 (MQ=255) atggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:7285268‑M2/55‑1 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1:9754887‑M2/74‑1 (MQ=255) gctcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCAGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:8051060‑M2/75‑1 (MQ=255) tcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg > 2:5704715‑M2/17‑93 (MQ=255) tcgtgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg > 2:9242456‑M2/17‑93 (MQ=255) tgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa > 2:2622365‑M2/14‑93 (MQ=255) tgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa > 2:1284284‑M2/14‑93 (MQ=255) tgcgctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 1:5698594‑M2/80‑1 (MQ=255) ctgtggcgcG‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 1:9624313‑M2/84‑1 (MQ=255) | TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑‑CTGT‑G‑‑G‑‑‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCC > NC_000913/3951085‑3951252 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |