| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,620,798 | Δ1 bp | intergenic (+255/+186) | ydeF → / ← ydeH | putative transport protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,620,795 | 0 | C | . | 99.7% | 1271.6 / ‑3.6 | 282 | intergenic (+252/+189) | ydeF/ydeH | putative transport protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (151/130); total (152/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
CTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGCCCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACCGGCGGTGAATGCTTGCATGGAT > NC_000913/1620703‑1620883 | cTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGc > 1:7954831/1‑93 (MQ=255)cTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGc > 1:3154721/1‑93 (MQ=255) gggAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGccc > 2:5102041/1‑93 (MQ=255) ggAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGccct > 2:1454147/1‑92 (MQ=255) ggAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGccct < 1:1696482/93‑2 (MQ=255) gAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGccctt > 1:4390181/1‑91 (MQ=255) aataatTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGcccttg < 1:5692559/93‑4 (MQ=255) aataatTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGcccttg < 1:4051588/93‑4 (MQ=255) aataatTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGcccttg > 2:6928265/1‑90 (MQ=255) ataatTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGcccttgt < 2:5949759/93‑5 (MQ=255) taatTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGtt > 2:4872312/1‑93 (MQ=255) tattttattttCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTa < 2:7720808/92‑1 (MQ=255) aatTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTa > 1:8914622/1‑93 (MQ=255) aatTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTa > 2:2186503/1‑93 (MQ=255) attttattttCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTAc > 2:8062840/1‑93 (MQ=255) attttattttCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTAc < 1:212453/93‑1 (MQ=255) ttttattttCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACa < 2:6738532/93‑1 (MQ=255) ttttattttCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACa < 2:3078233/93‑1 (MQ=255) ttttattttCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACa > 1:1959255/1‑93 (MQ=255) tttattttCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAg > 2:2007607/1‑93 (MQ=255) tattttCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGtt > 2:7868484/1‑93 (MQ=255) attttCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTtg < 2:2299159/93‑1 (MQ=255) tctggttttctggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTa < 1:2844155/93‑1 (MQ=255) ctggttttctggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTAc < 2:8765131/93‑1 (MQ=255) ctggttttctggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTAc > 1:6970844/1‑93 (MQ=255) ctggttttctggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTAc < 1:3558990/93‑1 (MQ=255) ctggttttctggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTAc > 2:232735/1‑93 (MQ=255) gttttctggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAg < 1:6191491/93‑1 (MQ=255) gttttctggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAg < 2:5575085/93‑1 (MQ=255) gtgtctggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAgg < 1:1644168/90‑1 (MQ=255) ttctggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAgggg < 1:9386837/93‑1 (MQ=255) tctggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGc < 2:2709104/93‑1 (MQ=255) tctggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGCGTACAAGGGGc < 1:1901453/93‑1 (MQ=255) tggCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCt > 1:7482553/1‑93 (MQ=255) ccGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAACCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGAt > 1:3672060/1‑93 (MQ=255) gTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGAttttt > 2:8398694/1‑93 (MQ=255) gTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGAttttt > 2:1587356/1‑93 (MQ=255) gTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGAttttt < 2:5266102/93‑1 (MQ=255) gTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGAttttt < 2:3983968/93‑1 (MQ=255) tATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTa > 1:1175900/1‑93 (MQ=255) tATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTa > 2:9293293/1‑93 (MQ=255) aTTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTAt < 1:8390827/93‑1 (MQ=255) aTTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTAt > 2:2453695/1‑93 (MQ=255) tttCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATg > 1:7176413/1‑93 (MQ=255) tttCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATg > 1:6058780/1‑93 (MQ=255) ttCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGATACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGa > 1:9680639/1‑93 (MQ=255) 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gATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAAcc < 2:2116636/93‑1 (MQ=255) aTGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCg < 1:7293576/93‑1 (MQ=255) aTGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCg > 2:9015872/1‑93 (MQ=255) aTGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCg < 2:6607307/93‑1 (MQ=255) tGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGc > 2:7370699/1‑93 (MQ=255) tGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGc > 1:8478243/1‑93 (MQ=255) gACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGcc < 2:7648916/93‑1 (MQ=255) aCTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCa > 2:1575037/1‑93 (MQ=255) aCTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCa < 1:5853643/93‑1 (MQ=255) atAATGAAGGGAGATAACCCCTCACCTACCCGG‑CCTTTGTTACAGTGGGGTCCAGGGGGCTTGTTTTTTATGACGGCAAAAAAAAACCGCCAg < 2:3726807/92‑1 (MQ=255) atAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTACCCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAGGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAg < 1:5461138/92‑1 (MQ=255) tAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGt > 1:3806144/1‑93 (MQ=255) aaTGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTa > 1:6392021/1‑93 (MQ=255) aTGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTaa > 1:346114/1‑93 (MQ=255) gAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACAGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAAc > 1:8753456/1‑93 (MQ=255) aCGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACcg > 1:5026008/1‑93 (MQ=255) aCGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACcg < 2:1149864/93‑1 (MQ=255) aCGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACcg > 2:1817099/1‑93 (MQ=255) cGGAGATAATCCCTCACCTACCCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACcgg < 2:712660/93‑1 (MQ=255) cGGAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACcgg < 1:4183221/93‑1 (MQ=255) ggAGATAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACcggc > 2:502121/1‑93 (MQ=255) agaTAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACcggcgg > 1:6860197/1‑93 (MQ=255) gaTAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACCGGCGGt > 1:4635555/1‑93 (MQ=255) gaTAATCCCTCACCTAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATCACGGCGACAAAAAACCGCCAGTAACCcggcggg > 1:2495620/1‑92 (MQ=255) 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tAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACCGGCGGTGAATGCTTGCATgg > 2:7064280/1‑93 (MQ=255) tAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACCGGCGGTGAATGCTTGCATgg > 1:6726988/1‑93 (MQ=255) tAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACCGGCGGTGAATGCTTGCATgg > 1:6516122/1‑93 (MQ=255) tAACCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACCGGCGGTGAATGCTTGCATgg > 2:9535827/1‑93 (MQ=255) aaCCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACCGGCGGTGAATGCTTGCATGGa < 2:4166579/93‑1 (MQ=255) aCCGG‑CCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACCGGCGGTGAATGCTTGCATGGAt > 2:7535546/1‑93 (MQ=255) | CTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGCCCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACCGGCGGTGAATGCTTGCATGGAT > NC_000913/1620703‑1620883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |