| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,311,335 | (T)5→4 | intergenic (‑566/‑173) | ompC ← / → yojN | outer membrane protein 1b (Ib;c)/putative 2‑component sensor protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,311,331 | 0 | T | . | 99.8% | 2051.9 / ‑3.9 | 450 | intergenic (‑562/‑177) | ompC/yojN | outer membrane protein 1b (Ib;c)/putative 2‑component sensor protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base . (215/233); minor base G (0/1); total (216/234) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 516 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |