| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,913,076 | (G)6→7 | intergenic (‑248/+105) | glmU ← / ← atpC | N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, epsilon‑subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,913,070 | 1 | . | G | 95.5% | 1817.9 / 67.3 | 581 | intergenic (‑242/+111) | glmU/atpC | N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, epsilon‑subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (12/14); new base G (247/308); total (259/322) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 682 total aligned reads displayed.
CTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGC‑AAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGG > NC_000913/3912978‑3913157 | cTTTTGTCTGCAGAATATTAAGGCAGTACCTTACTTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACa < 1:8959787/93‑1 (MQ=255)cTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACa > 2:9849336/1‑93 (MQ=255)cTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACa < 1:2451187/93‑1 (MQ=255) ttttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑g > 2:794754/1‑93 (MQ=255) ttttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑g > 2:550027/1‑93 (MQ=255) ttttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGGCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑g > 2:5276721/1‑93 (MQ=255) tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑gg > 2:9432818/1‑93 (MQ=255) tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑gg > 2:1298400/1‑93 (MQ=255) tgtgtgCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAAGTTAAGCGTCAGGTTGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑gggg < 1:3030259/93‑1 (MQ=255) tGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑gggg < 1:10010930/93‑1 (MQ=255) gTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑ggggg < 1:3719204/93‑1 (MQ=255) cAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑GGGGGGgttt > 2:3347163/1‑93 (MQ=255) gAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑GGGGGGgtttta > 1:2690280/1‑91 (MQ=255) aaaaTTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTtat < 2:6797008/93‑1 (MQ=255) 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ccTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAt < 2:2594286/93‑1 (MQ=255) ccTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAt < 2:2796433/93‑1 (MQ=255) cTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGATTTATATCAGCAGGGTCTAtg > 2:7766346/1‑93 (MQ=255) ttAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAtgt < 1:9750632/93‑1 (MQ=255) ttAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAtgt > 1:1732397/1‑93 (MQ=255) ttAATTTAAGCGTCAGGTGGATGGTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAtgt < 1:8092269/93‑1 (MQ=255) aTTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGaa < 2:1157687/93‑1 (MQ=255) tttAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAAc > 1:2550093/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |