| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,099,309 | (G)7→8 | coding (48/993 nt) | kdgT → | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,099,302 | 1 | . | G | 95.8% | 809.5 / 24.6 | 261 | coding (41/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/7); new base G (122/128); total (126/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC > NC_000913/4099210‑4099389 | cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑g < 2:1970913/93‑1 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑g < 1:7486111/93‑1 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑g > 2:4649469/1‑93 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑g < 1:6834215/93‑1 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑g < 2:4777942/93‑1 (MQ=255) tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑gg > 1:4009760/1‑93 (MQ=255) aTGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGGGAAAATC‑CC‑‑ggg‑g < 2:2442861/93‑1 (MQ=255) aTGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑ggg‑g < 2:8722274/93‑1 (MQ=255) tGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑ggg‑gg < 1:1126992/93‑1 (MQ=255) tGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑ggg‑gg < 2:21125/93‑1 (MQ=255) cTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑ggg‑gggg > 1:7063194/1‑93 (MQ=255) tCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑ggg‑ggggg > 2:3344343/1‑92 (MQ=255) tCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑ggg‑ggggg > 1:7311017/1‑92 (MQ=255) ccATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑ggg‑ggggga > 2:3988875/1‑91 (MQ=255) tGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGgatgat < 2:3619497/93‑1 (MQ=255) aGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGc > 2:2619304/1‑93 (MQ=255) aGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGc < 1:4874331/93‑1 (MQ=255) aGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGc < 1:2596440/93‑1 (MQ=255) ggAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCt < 1:4783257/93‑1 (MQ=255) gAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTc > 2:7051756/1‑93 (MQ=255) aaTTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCg > 2:1138931/1‑93 (MQ=255) aaTTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCg > 2:3033689/1‑93 (MQ=255) aTTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGCAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGGTGATGCTCGt > 1:8826426/1‑93 (MQ=255) aTTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGt > 2:4510680/1‑93 (MQ=255) aTTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGt < 2:8055991/93‑1 (MQ=255) ttACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTc > 2:6694118/1‑93 (MQ=255) ttACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTc > 2:530635/1‑93 (MQ=255) tACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTcc < 2:7050809/93‑1 (MQ=255) cGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCg > 1:826685/1‑93 (MQ=255) gCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGc > 1:6514180/1‑93 (MQ=255) cATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCt > 2:8198533/1‑93 (MQ=255) cATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAAGC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCt < 1:210209/93‑1 (MQ=255) aTCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGGTGATGCTCGTCCCGCtt > 2:8417142/1‑92 (MQ=255) aTCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTa > 2:519999/1‑93 (MQ=255) aTCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTa < 2:6603246/93‑1 (MQ=255) tCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCGGGGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCtt > 1:4274779/1‑92 (MQ=255) tCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCGGGGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTa > 1:5159171/1‑93 (MQ=255) tCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTAt < 1:6228662/93‑1 (MQ=255) ccccccTTAAAAAATAGGCCGAAGGTTGATGAAAATGAAAAAAAACCGCTGGATGAAAAAAACC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTAt < 2:2235887/90‑1 (MQ=255) aGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTc < 1:3481368/93‑1 (MQ=255) gCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 1:5808069/1‑93 (MQ=255) gCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 1:9087311/1‑93 (MQ=255) gCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAAAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTcc < 1:4466547/93‑1 (MQ=255) aaaaaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCTCG‑‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTggtg > 2:350115/1‑91 (MQ=255) aaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAc > 2:3060462/1‑93 (MQ=255) aaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAc > 1:4651703/1‑93 (MQ=255) aaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAc > 2:4949964/1‑93 (MQ=255) atGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACtgt > 2:2382084/1‑93 (MQ=255) atGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACtgt < 2:8605440/93‑1 (MQ=255) tGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACtgtg > 1:989774/1‑93 (MQ=255) tGCCGAAGGGTGAGGGAAATGCAGATAAACCGCCGAATTCAGAAAACC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACtgtg < 1:2477897/93‑1 (MQ=255) cGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCca > 1:720349/1‑93 (MQ=255) aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCGGGGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCcac > 1:3745507/1‑93 (MQ=255) cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCCCTGTGCCacac > 1:2693121/1‑93 (MQ=255) cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCacac > 1:5450060/1‑93 (MQ=255) cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCacac < 1:8415540/93‑1 (MQ=255) gggTGAGGGAAATGCAAAAAAACCGCTCGATGGAGAAAACC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAcc < 2:5858210/92‑1 (MQ=255) aGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAcc < 1:1370439/93‑1 (MQ=255) ggTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCt > 1:9271012/1‑93 (MQ=255) gggATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCtt < 2:9391146/91‑1 (MQ=255) gTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCtt > 1:1934188/1‑93 (MQ=255) tgatgaAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGGTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtc < 2:6585134/93‑1 (MQ=255) 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aaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCgg > 2:1426351/1‑93 (MQ=255) aTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCggg > 2:6464861/1‑93 (MQ=255) aTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCggg > 1:8567728/1‑93 (MQ=255) tccAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑GGGCGGCGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTTGCCgggg > 2:5032132/3‑93 (MQ=255) gCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCggggg < 2:4574824/93‑1 (MQ=255) gCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCggggg < 1:2953622/93‑1 (MQ=255) cAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGc < 1:8588254/93‑1 (MQ=255) aGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCg > 2:737592/1‑93 (MQ=255) 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ttGAGAAAATC‑CC‑‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGAt > 1:9629578/1‑93 (MQ=255) gagaAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATc < 1:5071584/93‑1 (MQ=255) agaAAATC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCa < 2:9716052/93‑1 (MQ=255) aaaTC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAATGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTc < 2:6905670/93‑1 (MQ=255) aTC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAc > 2:2874079/1‑93 (MQ=255) aTC‑CCG‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAc < 2:1256114/93‑1 (MQ=255) | ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATC‑CC‑‑GGG‑GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC > NC_000913/4099210‑4099389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |