| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,152,247 | +C | intergenic (+10/+29) | yghB → / ← yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,152,244 | 1 | . | C | 98.8% | 1371.1 / 5.1 | 423 | intergenic (+7/+32) | yghB/yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/4); new base C (244/173); total (246/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 525 total aligned reads displayed.
TGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TT‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAG > NC_000913/3152152‑3152333 | tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTTTAACGCCCGACGAt‑t‑tt > 2:6051865/1‑93 (MQ=255)tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAt‑t‑tt > 2:3847479/1‑93 (MQ=255)tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGCTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACCGCTGACGAt‑t‑tt > 1:640520/1‑93 (MQ=255) gatgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑tt‑c < 1:4000544/93‑1 (MQ=255) gatgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑tt‑c > 1:3591738/1‑93 (MQ=255) gatgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑tt‑c < 1:6159520/93‑1 (MQ=255) atgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑tt‑cc > 1:8238507/1‑93 (MQ=255) atgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑tt‑cc > 2:5113487/1‑93 (MQ=255) tgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑tt‑ccc > 2:4703087/1‑93 (MQ=255) gatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑tt‑cccc > 1:4897708/1‑92 (MQ=255) gatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑tt‑cccc < 2:8388699/93‑2 (MQ=255) atCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑tt‑ccccg > 2:7930650/1‑91 (MQ=255) tGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑Ttccccgttcc < 2:809858/93‑1 (MQ=255) gCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑Ttccccgttccc < 1:2934106/93‑1 (MQ=255) ttGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTg < 2:8846693/93‑1 (MQ=255) ttGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTg > 2:3068573/1‑93 (MQ=255) ttGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGGTg > 2:112292/1‑93 (MQ=255) ttGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCCGTTg > 2:141863/1‑93 (MQ=255) ccTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTg > 2:1605138/1‑93 (MQ=255) ccTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTg > 2:7055568/1‑93 (MQ=255) cTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGt < 1:1354334/93‑1 (MQ=255) ttGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTTCCGGTTGCTGTa > 1:5542631/1‑93 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAc < 1:652216/93‑1 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAc > 2:7332035/1‑93 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAc < 2:3670739/93‑1 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAc < 1:5210708/93‑1 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAc > 2:9591536/1‑93 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAc < 1:575622/93‑1 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGCTGCTGTAc > 2:9073983/1‑93 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTCCCCGGTTGCTGTAc > 1:1826650/1‑93 (MQ=255) gTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TCTC‑CCCGCTCCCGGTTGCTGTAcc > 1:4122210/1‑93 (MQ=255) gTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAcc > 1:2287923/1‑93 (MQ=255) gTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAcc > 1:7915592/1‑93 (MQ=255) tAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCgg > 2:2665933/1‑93 (MQ=255) tAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCgg > 2:5239201/1‑93 (MQ=255) tAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCgg < 2:6861874/93‑1 (MQ=255) aaCCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGGACCggg > 1:2137494/1‑93 (MQ=255) ccGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCCGGaa > 2:6015302/1‑93 (MQ=255) ccGCTGGCTTATTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGaa < 1:8885466/93‑1 (MQ=255) cGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAAc > 1:7654736/1‑93 (MQ=255) ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGGACGTAt > 2:9771050/1‑93 (MQ=255) ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAt > 1:4305813/1‑93 (MQ=255) ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAt < 1:5961922/93‑1 (MQ=255) ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAt > 2:1318797/1‑93 (MQ=255) ttGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTa > 1:4722980/1‑93 (MQ=255) tGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTaa < 2:6474337/93‑1 (MQ=255) tGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTaa > 2:9644353/1‑93 (MQ=255) ggCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTtcc > 1:2582185/1‑93 (MQ=255) aCGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTg > 1:4517905/1‑93 (MQ=255) aCGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTg > 1:9922103/1‑93 (MQ=255) cGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGc > 2:574148/1‑93 (MQ=255) cTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCAt > 2:928142/1‑93 (MQ=255) cTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCAt < 1:9343594/93‑1 (MQ=255) tttGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGc > 1:7070906/1‑93 (MQ=255) ttGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGcc < 2:5488205/93‑1 (MQ=255) gtggtgATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCg > 1:10017530/1‑93 (MQ=255) tggtgATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGc > 1:7256127/1‑93 (MQ=255) gcgtaTTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATGT‑TC‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCa < 1:6876131/89‑1 (MQ=255) aTTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCt < 1:5675598/93‑1 (MQ=255) aTTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCt > 2:6564044/1‑93 (MQ=255) aTTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACAGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCt > 2:8502987/1‑93 (MQ=255) ttAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGGTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCtt > 2:4829608/1‑93 (MQ=255) 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ccTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTc > 1:3103641/1‑93 (MQ=255) cTGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTTCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTca > 1:3798833/1‑93 (MQ=255) tGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGGACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTTCCCCAGCGTcac > 2:4461936/1‑93 (MQ=255) tGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTcac > 1:3396049/1‑93 (MQ=255) tGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTcac > 2:4944734/1‑93 (MQ=255) tGACGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTcac > 2:1722731/1‑93 (MQ=255) aCGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCacac > 1:1206076/1‑93 (MQ=255) aCGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGGTGCTGTACCGGGGAGGGATTTAATTCCCCTGCATCGCCCCCCTTCTTGCCGCATCTTCCCCCCGCGTCccac > 2:71716/1‑93 (MQ=255) gatt‑t‑tc‑CCCGTTCCCGGTTGCTGCACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCTTCATCCCCCAGCGTCACACCg > 1:3315234/4‑93 (MQ=255) cGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACAcc > 1:5130922/1‑93 (MQ=255) cGAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACAcc < 2:2337308/93‑1 (MQ=255) gAT‑T‑TTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCCGCGTCACAccc > 2:4038805/1‑92 (MQ=255) tt‑t‑tc‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGaa < 1:8546206/92‑1 (MQ=255) t‑t‑tc‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAg < 2:4286509/93‑1 (MQ=255) | TGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑T‑TT‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAG > NC_000913/3152152‑3152333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |