| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,237,247 | +C | intergenic (+60/‑337) | ygjT → / → ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,237,245 | 1 | . | C | 99.1% | 693.7 / ‑1.6 | 223 | intergenic (+58/‑339) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (166/55); total (168/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑C‑CTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTC‑CCCTCACCCTAA‑CCCTCTCCCCAAACGGGG > NC_000913/3237156‑3237332 | aTTATCGGCATGATAAGTAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑cc < 1:8542958/93‑1 (MQ=255)aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑cc < 2:7887971/93‑1 (MQ=255) ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑ccc < 1:5795105/93‑2 (MQ=255) tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑ccct > 2:8814111/1‑91 (MQ=255) tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑ccct > 1:8200550/1‑91 (MQ=255) aTCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑ccctt > 1:5387493/1‑90 (MQ=255) aTCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTct‑cactct‑ccctt > 2:2452730/1‑90 (MQ=255) tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑cccttc > 1:9256014/1‑89 (MQ=255) ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCa > 1:6764696/1‑93 (MQ=255) ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCa < 2:5230014/93‑1 (MQ=255) ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCa < 2:7131848/93‑1 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAg < 1:6137314/93‑1 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGga < 1:3038311/93‑1 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGga < 2:6817751/93‑1 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAAGTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGga > 1:1845351/1‑93 (MQ=255) gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGgag > 2:7393768/1‑93 (MQ=255) gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGgag < 2:5981484/93‑1 (MQ=255) gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGgag < 1:9757243/93‑1 (MQ=255) gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGgag < 1:5221423/93‑1 (MQ=255) gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTACTCC‑CTCTCCCTTCCAGGgag > 2:6698386/1‑93 (MQ=255) aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGgaga < 2:9370380/93‑1 (MQ=255) aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGgaga > 2:1371230/1‑93 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGagag < 1:8728340/93‑1 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGagag > 1:286651/1‑93 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGagag < 2:2694712/93‑1 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGagag < 1:2589242/93‑1 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGagag > 2:1257764/1‑93 (MQ=255) aaGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAgg < 2:4125981/93‑1 (MQ=255) agcagcGGGGGGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAggg < 2:2613237/93‑1 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:4788010/93‑1 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 1:9152225/93‑1 (MQ=255) cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTc < 1:4527143/93‑1 (MQ=255) agcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCg < 2:3526936/93‑1 (MQ=255) agcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCg > 2:908067/1‑93 (MQ=255) gcGGTGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg < 2:2804266/93‑1 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 1:9667946/1‑93 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg < 1:1389619/93‑1 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 1:8248002/1‑93 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 1:3369599/1‑93 (MQ=255) gggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAGGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACGTTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 1:7415292/92‑1 (MQ=255) cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 1:1729397/93‑1 (MQ=255) cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACACGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 2:4387357/93‑1 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgggg < 2:6569653/93‑1 (MQ=255) gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggggg > 2:7604396/1‑92 (MQ=255) gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggggg > 1:1028407/1‑92 (MQ=255) ggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgggggg > 2:2517924/1‑91 (MQ=255) gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggggggg > 1:585928/1‑90 (MQ=255) gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa > 2:964147/1‑93 (MQ=255) gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa > 1:662962/1‑93 (MQ=255) tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAg > 1:9536956/1‑93 (MQ=39) tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CACTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAg > 2:9551355/1‑93 (MQ=255) ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgg > 2:1114313/1‑93 (MQ=39) ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgg > 2:6261898/1‑93 (MQ=39) gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 1:3099314/1‑93 (MQ=38) aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGt > 2:1929400/1‑93 (MQ=38) aaTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTaa > 1:2139958/1‑93 (MQ=38) tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt > 2:4194511/1‑93 (MQ=38) ttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttt > 1:4092237/1‑93 (MQ=38) ttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttt > 1:7111511/1‑93 (MQ=38) tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtttt > 2:4614534/1‑93 (MQ=38) ttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGTGGGTCGGGGTGAGGGGAAttttt > 2:5560421/1‑93 (MQ=255) ttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGGGAGGGGAAttttt > 2:5449742/1‑93 (MQ=255) tAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTACTTTTTc > 2:4646966/1‑93 (MQ=38) aTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGc > 2:3287004/1‑93 (MQ=38) cTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAc > 2:2925336/1‑93 (MQ=38) cTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAc > 2:1329480/1‑93 (MQ=38) tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 1:1673542/1‑93 (MQ=38) tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCACGGCGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 2:2184031/1‑93 (MQ=255) gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGTGTAATTTTTCGCACCg > 1:7548577/1‑93 (MQ=38) gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg > 1:9431909/1‑93 (MQ=38) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |