| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 526,302 | 0 | G | . | 68.0% | 351.0 / 312.8 | 247 | coding (3818/4281 nt) | rhsD | RhsD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/31); new base . (101/67); total (149/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.02e-10 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
ATCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGCATGTAC‑G‑GG‑GGGAGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTGAAAGAAACGCAGAA > NC_000913/526212‑526392 | cagtatcctttaaatccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgcccgatctggagcatgtacgggg‑gg‑gggt > 1:3053791‑M2/87‑92 (MQ=255) agtatcctttaaatccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggg‑gg‑gggtt > 1:5409364‑M2/86‑91 (MQ=255) agtatcctttaaatccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggg‑gg‑gggtt > 1:7994528‑M2/86‑91 (MQ=255) gtatcctttaaatccactacaacaaattgcccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatcgggagcatgtacgggg‑gg‑gggttt < 1:4236392‑M2/9‑4 (MQ=255) gtatcctttaaatccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggg‑gg‑gggttt > 1:4610235‑M2/85‑90 (MQ=255) tatcctttaaatccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggg‑gg‑gggtttg > 2:5936931‑M2/84‑89 (MQ=255) ctttaaatccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTgtggt > 2:3476234‑M2/80‑93 (MQ=255) ttaaatccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGgtgt < 2:4797142‑M2/16‑1 (MQ=255) tttAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGCATGTAC‑G‑GG‑GGGGGTTTGTGgtgt > 2:4080277/1‑93 (MQ=255) taaatccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGGGtt > 2:814670‑M2/77‑93 (MQ=255) aatccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCt > 2:9231514‑M2/75‑93 (MQ=255) atccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCtt > 1:6926885‑M2/74‑93 (MQ=255) tccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCttt > 2:3908788‑M2/73‑93 (MQ=255) ccactacaacaaattgcccctatggtattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTc < 2:2769823‑M2/22‑1 (MQ=255) ccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTc > 2:3570313‑M2/72‑93 (MQ=255) ccactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTc > 2:6113824‑M2/72‑93 (MQ=255) cactacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCa > 2:7278096‑M2/71‑93 (MQ=255) actacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCAc > 1:10025382‑M2/70‑93 (MQ=255) ctacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccaggtctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACg < 2:6998951‑M2/25‑1 (MQ=255) tacaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGt > 2:6373162‑M2/68‑93 (MQ=255) acaacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGta < 2:6179141‑M2/27‑1 (MQ=255) tACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGCATGTAC‑G‑GG‑GGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGta > 2:8729256/1‑93 (MQ=255) caacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGtat > 1:9614641‑M2/66‑93 (MQ=255) aacaaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGtata < 2:4761196‑M2/29‑1 (MQ=255) caaattgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTTTTTCAAGTataat > 2:2801555‑M2/63‑93 (MQ=255) aacaaATTGACCTTATGGGATTATTGCAGACTTGGTATGATCCCAGATCTGGAGCATGTCCGG‑GG‑GGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGtata < 2:7468873/93‑1 (MQ=255) attgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GGG‑G‑TTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAgg > 2:895589‑M2/60‑93 (MQ=255) ttgaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGa < 1:9563022‑M2/35‑1 (MQ=255) ttgacccgagggaattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGa < 2:3804961‑M2/35‑1 (MQ=255) gaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGAcc > 1:1958852‑M2/57‑93 (MQ=255) gaccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGAcc < 1:910205‑M2/37‑1 (MQ=255) accctatgggattattgcagacttgggatgatgccagctctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCa > 1:511718‑M2/56‑93 (MQ=255) accctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCa > 1:5651772‑M2/56‑93 (MQ=255) ccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCaa < 2:1697833‑M2/39‑1 (MQ=255) ccctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCaa > 1:6168695‑M2/55‑93 (MQ=255) cctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAg > 1:3648831‑M2/54‑93 (MQ=255) ctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAaga > 1:3201204‑M2/53‑92 (MQ=255) ctatgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGt > 1:83992‑M2/53‑93 (MQ=255) tgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GGG‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTTTAATAGGACCAAGTaa > 1:3306453‑M2/50‑93 (MQ=255) tgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GGG‑GGTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTaa > 2:50544‑M2/50‑93 (MQ=255) tgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTaaa < 2:2595736‑M2/44‑1 (MQ=255) tgggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGGGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTaaa > 1:8744976‑M2/50‑93 (MQ=255) gggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAAt < 1:6693831‑M2/45‑1 (MQ=255) gggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAAt > 1:5800894‑M2/49‑93 (MQ=255) ggattattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GGG‑GTTTGTGGGGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAAt > 1:4026801‑M2/48‑93 (MQ=255) attattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTg > 2:1867715‑M2/46‑93 (MQ=255) ttattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GGGGGTTTGTGGTGTTTTTTTACGTTTATAAGGACCCAGTAAAttt > 2:189873‑M2/45‑93 (MQ=255) ttattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GGG‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTg > 1:5856257‑M2/45‑93 (MQ=255) tattgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGGGTTCTTTCACGGATAATAGGACCAAGTAAATTTGAt > 2:3243429‑M2/44‑93 (MQ=255) attgcaggcatgggatgatgccagatctggagcatttacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATa < 2:1060647‑M2/51‑1 (MQ=255) ttgcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAg > 1:7122643‑M2/42‑93 (MQ=255) tgacgacttgggatggtgccagatgtggcgcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGt < 1:6042736‑M2/53‑1 (MQ=255) gcagacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTa < 2:6455639‑M2/54‑1 (MQ=255) agacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACt < 2:2508880‑M2/56‑1 (MQ=255) gacttgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTg > 2:5449852‑M2/37‑93 (MQ=255) agttgggatgatgccagatctggagcatgtgcgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGc < 1:3801111‑M2/58‑1 (MQ=255) ttgggatgatgccagatcgggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAg < 1:144171‑M2/60‑1 (MQ=255) tgggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGa < 2:4571344‑M2/61‑1 (MQ=255) cTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGGATGTAC‑G‑GG‑GGG‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGa < 1:1742110/93‑1 (MQ=255) cTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGCATGTAC‑G‑GG‑GGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAg > 2:9818523/1‑93 (MQ=255) ggtgtgatgccaaatgtggaggatgtacggG‑GG‑GGGTGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGa < 1:5014597‑M2/63‑1 (MQ=255) ggatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGAtg > 1:1351507‑M2/31‑93 (MQ=255) gatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGAtgc > 1:4412329‑M2/30‑93 (MQ=255) gatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGAtgc > 2:2456008‑M2/30‑93 (MQ=255) gatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGAtgc > 2:4513884‑M2/30‑93 (MQ=255) gatgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGAtgc > 2:8288221‑M2/30‑93 (MQ=255) tgatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGAtgctg > 1:9953430‑M2/28‑93 (MQ=255) gatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GGG‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTTTAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGAtgttg > 1:2204966‑M2/27‑93 (MQ=255) gatgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGAtgctgc > 1:9243758‑M2/27‑93 (MQ=255) gaggccagatctggagcatgcacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGAtgctgc < 2:203088‑M2/67‑1 (MQ=255) tgccagatctggagcatgtacgggG‑GG‑GGG‑GTTTGTGGGGTTCTTTCACGTATAATGGGACCAAGTAAATTTGTTAGTACTGCAGatgctgct > 1:2641749‑M2/25‑92 (MQ=255) gatgCCAGATCTGGAGCATGTAC‑GCGG‑GGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGAtgctgc > 2:9651888/1‑93 (MQ=255) gatgCCAGATCTGGAGCATGTAC‑G‑GG‑GGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCg < 1:5630350/93‑1 (MQ=255) atgCCAGATCTGGAGCATGTAC‑G‑GG‑GGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGt > 1:2931074/1‑93 (MQ=255) 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atgtacgggG‑GG‑GG‑‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTgaaag > 2:2392019‑M2/10‑93 (MQ=255) tgtacgggG‑GG‑GGG‑GTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTtgaaaa > 2:5185405‑M2/9‑92 (MQ=255) aTGTAC‑G‑GG‑GGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTgaaaga < 2:5490143/93‑1 (MQ=255) gtacgG‑GG‑GGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTgaaagaa > 2:6794023‑M2/6‑93 (MQ=255) acgG‑GG‑GGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTGAAAGAAAc < 2:3049011‑M2/90‑1 (MQ=255) c‑G‑GG‑GGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTGAAAGAAACGc > 1:2489494/1‑93 (MQ=255) g‑gg‑gggggTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTGAAAGAAACGcg > 1:1117357/1‑92 (MQ=255) g‑gg‑gggggTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTGAAAGAAACGCa < 1:4652771/93‑1 (MQ=255) g‑gg‑gggggTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTGAAAGAAACGCa < 2:4410377/93‑1 (MQ=255) g‑gggggTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTGAAAGAAACGCAGa > 2:5733047/1‑93 (MQ=255) g‑gggggTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTGAAAGAAACGCAGa < 2:8614600/93‑1 (MQ=255) | ATCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGCATGTAC‑G‑GG‑GGGAGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTGAAAGAAACGCAGAA > NC_000913/526212‑526392 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |