| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,772,157 | T→C | V36A (GTA→GCA) | mtlD → | mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,772,157 | 0 | T | C | 99.8% | 1550.1 / NA | 477 | V36A (GTA→GCA) | mtlD | mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (243/233); total (243/234) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 509 total aligned reads displayed.
TTGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGTACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTG > NC_000913/3772067‑3772246 | ttGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCAc < 2:9101604/93‑1 (MQ=255)ttGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCAc < 1:1870171/93‑1 (MQ=255) tGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACt < 1:1344759/93‑1 (MQ=255) tGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACt < 1:7132875/93‑1 (MQ=255) ggcATGTAAGATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAATCTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACGTGa < 2:1762555/92‑1 (MQ=255) gcAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGAt < 2:1654722/93‑1 (MQ=255) 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tatCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGaa < 2:3934037/93‑1 (MQ=255) tatCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGaa > 2:6893038/1‑93 (MQ=255) tatCGGTCGTGGCTTTATCAGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGaa < 2:9258883/93‑1 (MQ=255) atCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAAt > 1:6241686/1‑93 (MQ=255) atCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAAt > 1:7410830/1‑93 (MQ=255) tCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATg > 1:7676117/1‑93 (MQ=255) gTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGACTGccc > 1:5713355/1‑93 (MQ=255) gTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGccc > 2:6697044/1‑93 (MQ=255) 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ttATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCt > 1:8666524/1‑93 (MQ=255) aTCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTAt < 2:9449322/93‑1 (MQ=255) aTCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTAt > 2:2260723/1‑93 (MQ=255) aTCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTAt < 2:1148277/93‑1 (MQ=255) tCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATc < 2:5138778/93‑1 (MQ=255) tCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATc > 1:1744217/1‑93 (MQ=255) cGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCa < 2:5834404/93‑1 (MQ=255) cGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCa > 2:7155394/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |