Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 3,851,006 | A→G | intergenic (‑391/‑537) | ivbL ← / → emrD | ilvB operon leader peptide/2‑module integral membrane pump |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,851,006 | 0 | A | G | 95.5% | 1744.3 / 45.0 | 594 | intergenic (‑391/‑537) | ivbL/emrD | ilvB operon leader peptide/2‑module integral membrane pump |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/13); new base G (251/316); total (265/329) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 628 total aligned reads displayed.
GTCCAAATATTACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCACTAAGTCCTGGCTGAAACGGGTGGTGCCGTCAGCGCCTTAACCCCGCGTGAGCACACTGTGTTATGTCAACAAGCACAACGTTTCTCCTTGA > NC_000913/3850916‑3851098 | tCCAAATATTACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTa > 1:4395611/1‑93 (MQ=255) tCCAAATATTACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTa < 2:1700149/93‑1 (MQ=255) ccAAATATTACTGTTTATTAATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTaa < 2:241630/93‑1 (MQ=255) cAAATATTACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAg < 1:1871692/93‑1 (MQ=255) cAAATATTACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAg > 1:5980780/1‑93 (MQ=255) aaTATTACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTc > 2:6113547/1‑93 (MQ=255) aaTATTACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTc < 1:4271895/93‑1 (MQ=255) aaTATTACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTc < 2:5512171/93‑1 (MQ=255) tatTACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCt < 1:804767/93‑1 (MQ=255) tatTACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCt > 1:7346497/1‑93 (MQ=255) ttACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTgg < 1:75108/93‑1 (MQ=255) tACTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGc < 2:1999958/93‑1 (MQ=255) aCTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCt > 1:4667973/1‑93 (MQ=255) aCTGTTTATTTATACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCACTAAGTCCTGGCt < 1:9257395/93‑1 (MQ=255) 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tatttatACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACg < 1:4012341/93‑1 (MQ=255) tttatACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACggg < 2:3906872/93‑1 (MQ=255) tttatACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACggg > 2:4094906/1‑93 (MQ=255) tttatACAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACggg < 1:8295051/93‑1 (MQ=255) tataCAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACGggtg < 2:1608784/93‑1 (MQ=255) tataCAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACGggtg < 2:10045650/93‑1 (MQ=255) ataCAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACGggtgg < 2:4311984/93‑1 (MQ=255) ataCAGTAAACTTCTATAATATCACTGTACGCAATGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACGggtgg < 1:2498352/93‑1 (MQ=255) 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aaTGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCACTAAGTCCTGGCTGAAACGGGTGGTGCCGTCAGCGCCTTAACCCCGCGTGAGcaca > 1:6884202/1‑93 (MQ=255) aTGTGTTATGCTGGGGCCGCACCGTTCCCCGGCGCGCTAAGTCCTGCCTGAAACGCGTGGTGCCGTCAGCGCCTTACCCCCGCGTGAGCacac < 2:8902836/93‑1 (MQ=255) aTGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACGGGTGGTGCCGTCAGCGCCTTAACCCCGCGTGAGCacac < 2:7948282/93‑1 (MQ=255) aTGTGTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACGGGTGGTGCCGTCAGCGCCTTAACCCCGCGTGAGCacac > 1:9889406/1‑93 (MQ=255) tgtgTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACGGGTGGTGCCGTCAGCGCCTTAACCCCGCGTGAGCACACt > 2:366576/1‑93 (MQ=255) tgtgTTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACGGGTGGTGCCGTCAGCGCCTTAACCCCGCGTGAGCACACt > 2:6946779/1‑93 (MQ=255) tggtTATGCGGGTGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACGGGTGGTGCCGTCAGCGCCTTAACCCCGCGTGAGCACACtg < 1:4919911/91‑1 (MQ=255) gtgtTATGCGGGGGCCGCATCGTTACCCGGCGCGCTAAGTCCTGGCTGAAACGGGTGGTGCCGTCAGCGCCTTAACCCCGCGTGAGCACACtg > 1:3603675/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |