| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,917,524 | G→A | R170C (CGC→TGC) | atpH ← | membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, delta‑subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,917,524 | 0 | G | A | 94.6% | 1610.7 / 36.1 | 501 | R170C (CGC→TGC) | atpH | membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, delta‑subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/13); new base A (257/217); total (271/230) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 517 total aligned reads displayed.
TGAGCAATGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCGCTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTATCGATTTTGCAAT > NC_000913/3917433‑3917613 | aaTGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAg < 2:7513850/93‑1 (MQ=255) aTGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTTCCTTTAAGACTGCAAGATGTCTACAAGGCGCTCAAgc > 1:4033475/1‑92 (MQ=255) aTGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCGCTCAAga > 2:3160169/1‑93 (MQ=255) aTGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAga < 1:1217285/93‑1 (MQ=255) aTGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAga < 2:144904/93‑1 (MQ=255) aTGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAga < 1:9198919/93‑1 (MQ=255) tGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAgac > 2:7790721/1‑93 (MQ=255) gcgcTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAgacg > 1:1132874/1‑93 (MQ=255) gcgcTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAgacg > 2:6431144/1‑93 (MQ=255) cgcTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCGAGGCACTCAAgacga < 1:9656329/93‑1 (MQ=255) cgcTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAgacga < 1:9597929/93‑1 (MQ=255) gctgctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCGCTCAAgacgac < 1:9988462/93‑1 (MQ=255) gctgctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCGCTCAAgacgac > 2:3558330/1‑93 (MQ=255) gctgctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAgacgac > 1:370777/1‑93 (MQ=255) gctgctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAgacgac < 1:160240/93‑1 (MQ=255) ctgctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGAcc > 2:8517562/1‑93 (MQ=255) tgctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACcg > 1:3589789/1‑93 (MQ=255) gctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACcgc > 1:7428944/1‑93 (MQ=255) gctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACcgc > 2:1403069/1‑93 (MQ=255) ctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACcgcg > 2:4686422/1‑93 (MQ=255) ctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACcgcg < 2:2329223/93‑1 (MQ=255) ttGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGt > 2:5091252/1‑93 (MQ=255) gATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTAc > 1:8276574/1‑93 (MQ=255) aTCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACg > 2:1091510/1‑93 (MQ=255) tCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCGCTCAAGACGACCGCGTACGc > 2:4301326/1‑93 (MQ=255) tCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGc > 2:5498404/1‑93 (MQ=255) tCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGc > 2:9174388/1‑93 (MQ=255) aGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCACTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTg > 1:6135752/1‑93 (MQ=255) gCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATc > 2:4194804/1‑93 (MQ=255) gCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATc > 1:7929700/1‑93 (MQ=255) gCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATc > 1:5997791/1‑93 (MQ=255) tGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCaa > 1:6445777/1‑93 (MQ=255) tGATTGCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCaa < 1:6833861/93‑1 (MQ=255) aTTTCGGTGGAATTCAGTTTCATGCTCCAGTCCCCTTAATACTTCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTTCTCTGCCATCAATg > 2:7687440/1‑93 (MQ=255) aTTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATg < 2:4493650/93‑1 (MQ=255) aTTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATg > 2:6058457/1‑93 (MQ=255) tCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGAcc > 1:8839676/1‑93 (MQ=255) tCGGTGGAATTCAGTTGCATGCACCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGAcc > 2:8836489/1‑93 (MQ=255) cGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCa < 2:9452011/93‑1 (MQ=255) cGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCa < 2:1190634/93‑1 (MQ=255) cGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCa < 2:7938576/93‑1 (MQ=255) cGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCa < 2:3006945/93‑1 (MQ=255) cGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGCCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCa < 1:6314457/93‑1 (MQ=255) ggTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCat > 1:448301/1‑93 (MQ=255) ggTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCat > 1:6713294/1‑93 (MQ=255) gTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCata > 1:8610913/1‑93 (MQ=255) tGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCatat < 2:75554/93‑1 (MQ=255) tGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCatat > 1:9840799/1‑93 (MQ=255) gAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCGCTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCa > 2:7134760/1‑93 (MQ=255) aaTTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCAc > 1:2610333/1‑93 (MQ=255) ttCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCAccc < 1:5505990/93‑1 (MQ=255) ttCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCAccc > 2:820171/1‑93 (MQ=255) tCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCg > 2:9788103/1‑93 (MQ=255) ttGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCg < 1:8541736/93‑1 (MQ=255) tGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCgg > 1:3824863/1‑93 (MQ=255) cATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGgat < 1:2810207/93‑1 (MQ=255) cATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGgat < 2:5936729/93‑1 (MQ=255) tGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGgatga > 1:4855146/1‑93 (MQ=255) tGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGgatga > 2:3826498/1‑93 (MQ=255) tCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATaa < 1:4300942/93‑1 (MQ=255) tCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATaa < 1:9103118/93‑1 (MQ=255) ccAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAAc < 2:212855/93‑1 (MQ=255) ggccccTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGcc < 2:6280152/91‑1 (MQ=255) gTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGcc < 2:4878526/93‑1 (MQ=255) gTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGcc > 2:9609304/1‑93 (MQ=255) gTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGcc > 2:1608680/1‑93 (MQ=255) tCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCt > 1:8964717/1‑93 (MQ=255) gccccTTAAGGATGCAAGACGGCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCt < 2:8639038/92‑1 (MQ=255) ccccTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTg > 1:4716897/1‑93 (MQ=255) ccTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCGAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGcc < 1:5222420/93‑1 (MQ=255) ccTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGcc > 1:3492023/1‑93 (MQ=255) cTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCa > 1:3153388/1‑93 (MQ=255) cTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCa > 1:1011129/1‑93 (MQ=255) cTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACAACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCa < 1:5355322/93‑1 (MQ=255) ttAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCAt > 1:5045493/1‑93 (MQ=255) tAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCAtt < 2:3438437/93‑1 (MQ=255) tAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCAtt > 1:7030883/1‑93 (MQ=255) aaGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTa > 1:1766335/1‑93 (MQ=255) 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aaGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTa > 2:1798990/1‑93 (MQ=255) aaGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTa < 1:575895/93‑1 (MQ=255) aaGACGTCTGCAAGCCACTCAAGGCGACCGCGTCCCTTGCTATCAATGGCCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTa < 2:6800681/93‑1 (MQ=255) gACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTATc > 2:3923265/1‑93 (MQ=255) cGTCTGCAAGGCGCTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTATCGa < 1:947715/93‑1 (MQ=255) tCTGCAAGGCGCTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTATCGAtt > 1:7513831/1‑93 (MQ=255) tCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTATCGAtt > 2:4247207/1‑93 (MQ=255) tCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTATCGAtt > 1:9323294/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |