| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 477,992 | A→G | intergenic (‑145/+13) | ylaB ← / ← ylaC | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 477,992 | 0 | A | G | 99.4% | 1564.0 / ‑4.0 | 477 | intergenic (‑145/+13) | ylaB/ylaC | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base G (244/230); total (246/231) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 492 total aligned reads displayed.
TGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTT > NC_000913/477902‑478081 | aTAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAAcc > 2:1744864/1‑93 (MQ=255) aTAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAAcc < 1:3490099/93‑1 (MQ=255) ttgggaggTAGAGCTGGTTTTTCGTGGAGTGATGGGTGGAAACGGTCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAAccc < 1:7717740/90‑1 (MQ=255) tAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAAccc > 1:2797229/1‑93 (MQ=255) aggaggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTa > 2:9627325/1‑93 (MQ=255) aggaggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTa > 2:1933255/1‑93 (MQ=255) 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cATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGgc > 2:869680/1‑93 (MQ=255) aTGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGgcg > 1:10042526/1‑93 (MQ=255) tGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGgcgc > 1:4544266/1‑93 (MQ=255) aaGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcga < 2:1639577/93‑1 (MQ=255) aGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcgag < 1:9524530/93‑1 (MQ=255) gTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcgagc < 1:10004586/93‑1 (MQ=255) gTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCATAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcgagc < 2:3087585/93‑1 (MQ=255) tGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcgagcg < 1:513667/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |