Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,964,245 | T→C | Y72H (TAC→CAC) | rho → | transcription termination factor Rho |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,964,245 | 0 | T | C | 99.8% | 1548.7 / NA | 487 | Y72H (TAC→CAC) | rho | transcription termination factor Rho |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (243/243); minor base A (0/1); total (243/244) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 501 total aligned reads displayed.
CACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATT > NC_000913/3964155‑3964334 | caCGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCAc > 2:961255/1‑93 (MQ=255) caCGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCAc > 2:3992789/1‑93 (MQ=255) caCGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCAc < 1:7573437/93‑1 (MQ=255) actcAAAGAGCGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTTCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCTCAGACAGCTTCCAcc > 2:8959508/4‑93 (MQ=255) aCGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCAcc < 2:5680394/93‑1 (MQ=255) cGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCt > 2:6812474/1‑93 (MQ=255) cGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCt < 1:8844783/93‑1 (MQ=255) aaaGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGc < 2:5035475/93‑1 (MQ=255) agagTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCg > 1:8613164/1‑93 (MQ=255) gagTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCgg < 2:3606297/93‑1 (MQ=255) gTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTc < 1:1137534/93‑1 (MQ=255) tGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGtac > 2:2626217/1‑91 (MQ=255) tGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTcc < 1:9055632/93‑1 (MQ=255) tGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTcc < 1:9805930/93‑1 (MQ=255) tGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTcc < 2:3377316/93‑1 (MQ=255) tGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTcc < 1:4482101/93‑1 (MQ=255) ggCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCt > 1:6981712/1‑93 (MQ=255) ggCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCt < 2:8887398/93‑1 (MQ=255) gCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCtg > 2:2769845/1‑93 (MQ=255) cGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCtga < 1:10017030/93‑1 (MQ=255) cGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCtga < 1:4249596/93‑1 (MQ=255) cGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCtga < 2:3717836/93‑1 (MQ=255) 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cTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTa < 2:104999/93‑1 (MQ=255) cTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTa > 1:2457163/1‑93 (MQ=255) ttGGTGATGGCGTACTGGAGATGTTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACg > 2:6410976/1‑93 (MQ=255) tGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGt > 2:8152872/1‑93 (MQ=255) tGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGt < 2:7002645/93‑1 (MQ=255) tGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGt > 1:7986517/1‑93 (MQ=255) gTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGttt > 2:1559041/1‑93 (MQ=255) ggATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTc < 1:1440364/92‑1 (MQ=255) gtGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGAGTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTccc < 2:3885437/92‑1 (MQ=255) aTGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTccc > 2:4635418/1‑93 (MQ=255) tGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTcccc < 1:8410144/93‑1 (MQ=255) tGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTcccc < 1:3079249/93‑1 (MQ=255) ggCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCt > 1:7275410/1‑93 (MQ=255) gCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTa < 2:4415421/93‑1 (MQ=255) gTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCCCCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGc < 1:5005314/93‑1 (MQ=255) gTACTGGAGATATTGCAGGATGACTTTGGTTTGCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGc < 2:5504413/93‑1 (MQ=255) tACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGcc > 2:3157596/1‑93 (MQ=255) tACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGcc > 1:9475661/1‑93 (MQ=255) aCTGGAGATATTGGAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCa > 1:6718373/1‑93 (MQ=255) cTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCaa > 1:9958437/1‑93 (MQ=255) tGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCaaa > 1:8244552/1‑93 (MQ=255) tGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCaaa > 2:2229933/1‑93 (MQ=255) tGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCaaa > 1:5914897/1‑93 (MQ=255) ggAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAAt > 1:2676757/1‑93 (MQ=255) agaTATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATcc > 2:756931/1‑93 (MQ=255) gaTATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATccg < 2:6047465/93‑1 (MQ=255) atatTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATccgc < 1:2075012/93‑1 (MQ=255) atagTGCAGGATGGATGTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATccgc < 2:8556562/93‑1 (MQ=255) atTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTTCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATccgcgg > 2:830912/1‑91 (MQ=255) atTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATccgccg > 2:1716026/1‑93 (MQ=255) cAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTAAGTTTCCCCTAGCCAACTCCGCCGTTTc > 2:5899708/1‑93 (MQ=255) ggatggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCaa > 2:515541/1‑93 (MQ=255) gatggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAAc < 2:180651/93‑1 (MQ=255) atggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAAcc > 1:7673513/1‑93 (MQ=255) tggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCt > 1:5216834/1‑93 (MQ=255) ggctttGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGCTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTc > 2:5252882/4‑93 (MQ=255) atTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCg < 1:4301319/93‑1 (MQ=255) ttGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCa < 2:7214495/93‑1 (MQ=255) ttGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCa < 2:1381190/93‑1 (MQ=255) ttGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCa > 1:620475/1‑93 (MQ=255) 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cctccGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGa < 1:3611725/93‑1 (MQ=255) cctccGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGa > 1:6615497/1‑93 (MQ=255) cctccGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTCCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGa < 2:5449151/93‑1 (MQ=255) cctccGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTCCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGa < 2:1231251/93‑1 (MQ=255) ctccGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGAt > 2:1448547/1‑93 (MQ=255) gTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCa > 1:3884145/1‑93 (MQ=255) gTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCa > 2:7816364/1‑93 (MQ=255) gTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCa < 2:7436996/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |