| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,969,429 | C→T | A186A (GCC→GCT) | wecC → | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,969,429 | 0 | C | T | 94.2% | 1250.3 / 29.9 | 381 | A186A (GCC→GCT) | wecC | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/9); new base T (182/177); total (195/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 409 total aligned reads displayed.
ACTGCCCGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCCCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAA > NC_000913/3969338‑3969518 | tGCCCGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTcgc > 2:7106140/1‑93 (MQ=255) cccGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATTACGCCGGTTTGTTCGGACCgcgc > 2:6393883/1‑93 (MQ=255) cccGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCgcgc > 1:1688202/1‑93 (MQ=255) ccGGAACGCGTGTTAGCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCCCGCGcc < 1:7613466/93‑1 (MQ=255) ccGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGcc < 2:9437267/93‑1 (MQ=255) cGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCa > 1:9277412/1‑93 (MQ=255) cGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCCCGCGCCa > 2:4307784/1‑93 (MQ=255) ggAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGcccg > 2:4481756/1‑91 (MQ=255) ggAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAg < 2:4678884/93‑1 (MQ=255) ggAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAg > 1:9371450/1‑93 (MQ=255) gAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGGTCGCGCCCGc > 1:199795/1‑93 (MQ=255) gAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGc > 2:7890472/1‑93 (MQ=255) gAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGc > 2:9151659/1‑93 (MQ=255) gAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGc > 1:6542479/1‑93 (MQ=255) aaCGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCg > 1:7089169/1‑93 (MQ=255) aaCGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGAAGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCg > 2:3833938/1‑93 (MQ=255) aaCGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGGATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCCCGCCACCg > 1:9451612/1‑93 (MQ=255) aCGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGa < 1:7240825/93‑1 (MQ=255) cgTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACt > 2:1057268/1‑93 (MQ=255) cgTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACt < 1:4918739/93‑1 (MQ=255) gtgtTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTg > 2:7723823/1‑93 (MQ=255) tgtTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGt > 2:2516645/1‑93 (MQ=255) tgtTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGt > 2:6899964/1‑93 (MQ=255) gtTACCAGGACAGGGAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGGACCGTa > 2:4104578/1‑93 (MQ=255) ttgccAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTAc < 1:2882814/90‑1 (MQ=255) ttACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTAc > 2:8803240/1‑93 (MQ=255) ttACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTAc < 2:3120944/93‑1 (MQ=255) aCCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACaa < 1:803814/93‑1 (MQ=255) aCCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACaa < 2:819638/93‑1 (MQ=255) cAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACaaaa > 2:6155042/1‑93 (MQ=255) aCAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCCCGCGCCAGCGAACTGTACAAAAtttt > 2:7312012/1‑93 (MQ=255) cAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTc > 1:7760794/1‑93 (MQ=255) aGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTcc < 1:4645619/93‑1 (MQ=255) ggTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCt < 1:5738604/93‑1 (MQ=255) gTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGCACTGTACAAAATTTTACTc > 1:4138937/1‑93 (MQ=255) tAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCg > 1:1549227/1‑93 (MQ=255) aaTGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGa < 1:5021548/93‑1 (MQ=255) aTGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGaa < 2:5397622/93‑1 (MQ=255) aTGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGaa < 2:3588006/93‑1 (MQ=255) ggTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAACATTTTCCTCGAAgg > 2:9635555/1‑93 (MQ=255) ggTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAgg < 1:7034616/93‑1 (MQ=255) gTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGt < 2:548495/93‑1 (MQ=255) tCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTg < 1:7945614/93‑1 (MQ=255) cGAGCTGATTAAAATCGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGa < 1:232102/93‑1 (MQ=255) cGAGCTGATGAGAGGCGATCGCGTGATTGCTGGTACGACGCCGGTTTGTTCGCCCCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGa < 2:6285586/93‑1 (MQ=255) aGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAgt < 2:3286499/93‑1 (MQ=255) aGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAgt < 1:1463629/93‑1 (MQ=255) aGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACCCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAgt < 1:5444292/93‑1 (MQ=255) gCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAgtg > 2:1570994/1‑93 (MQ=255) cTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAgtgt > 1:9742381/1‑93 (MQ=255) cTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAgtgt > 2:6650980/1‑93 (MQ=255) cTGATTAAAAACGATCGCGGGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAgtgt < 1:7348219/93‑1 (MQ=255) tGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAgtgtg > 1:2969085/1‑93 (MQ=255) gATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAgtgtgt > 1:9163554/1‑93 (MQ=255) tAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTgtcgt < 2:1427695/93‑1 (MQ=255) aCGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTa < 1:4475569/93‑1 (MQ=255) cGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTaa < 1:3611905/93‑1 (MQ=255) cGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTaa > 2:7056309/1‑93 (MQ=255) gATCGGGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAAc < 2:7959029/93‑1 (MQ=255) gATCGCGTAATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAAc < 2:8891143/93‑1 (MQ=255) aTCGCGTGATTGGTTGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACt < 2:2154741/93‑1 (MQ=255) aTCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGGTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACt > 1:696278/1‑93 (MQ=255) 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ggtggtATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGAcggcg < 1:5915626/93‑1 (MQ=255) ggtggtATGACGCCGGTTTGTTCGGCCCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGAcggcg > 1:1901424/1‑93 (MQ=255) gtggtATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGAcggcgg < 1:2803538/93‑1 (MQ=255) tggtATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCTTCACTAACTCGCGGACGGCGGa < 2:5264506/93‑1 (MQ=255) ggtATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGGGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGAGGGCGGaa > 1:3047303/1‑93 (MQ=255) ggtATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGaa < 1:10009354/93‑1 (MQ=255) tATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAAt > 1:1812318/1‑93 (MQ=255) tATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAAt > 2:3011424/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |