Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 4,004,812 T→C R448R (CGT→CGC recQ → ATP‑dependent DNA helicase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009134,004,8120TC99.5% 1357.7 / ‑5.5 425R448R (CGT→CGCrecQATP‑dependent DNA helicase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (2/0);  new base C (207/216);  total (209/216)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 444 total aligned reads displayed.

TCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGTATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATCCGCCAGCT  >  NC_000913/4004722‑4004901
                                                                                          |                                                                                         
tCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCAt                                                                                         >  2:9632022/1‑93 (MQ=255)
tCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCAt                                                                                         >  2:7103363/1‑93 (MQ=255)
   gATCGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCcg                                                                                      <  2:5139844/93‑1 (MQ=255)
    aTTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCcgc                                                                                     >  1:8385359/1‑93 (MQ=255)
     ttGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCcgcg                                                                                    <  1:6541928/93‑1 (MQ=255)
     ttGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCcgcg                                                                                    <  2:6661735/93‑1 (MQ=255)
      tGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGa                                                                                   <  1:8936165/93‑1 (MQ=255)
        cccTTTCCACCATTGGTCTTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATGACCAGCGCATCCGCGACt                                                                                 <  2:6978937/93‑1 (MQ=255)
         ccTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTa                                                                                <  1:7159753/93‑1 (MQ=255)
         ccTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTa                                                                                <  2:6048525/93‑1 (MQ=255)
         ccTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGGGCTATTAACCAGCGCATCTGCGAcct                                                                                >  2:2513376/1‑91 (MQ=255)
          cTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATTTGGAGGAAGTGATCCGGGGTGCTAATAACCAGCGAATCCGCGACTag                                                                               >  1:3401642/1‑92 (MQ=255)
          cTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTAt                                                                               >  1:2968185/1‑93 (MQ=255)
          cTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGGGATTCGGGGTGCTAATAACCAGCGCACCCGCGACTAt                                                                               >  1:7390398/1‑93 (MQ=255)
           tttCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATg                                                                              >  2:4127389/1‑93 (MQ=255)
           tttCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATg                                                                              >  2:3647751/1‑93 (MQ=255)
           cttCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTGTGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATg                                                                              <  1:3617132/92‑1 (MQ=255)
             tCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGTATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCTTCCGCGACTATGGt                                                                            <  2:1828266/93‑1 (MQ=255)
                 ccaTTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATg                                                                        <  1:8669863/93‑1 (MQ=255)
                 ccaTTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTAATg                                                                        >  1:8500597/1‑93 (MQ=255)
                  caTTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGa                                                                       <  2:927509/93‑1 (MQ=255)
                  caTTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGa                                                                       <  1:9627027/93‑1 (MQ=255)
                  caTTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGa                                                                       >  2:4643155/1‑93 (MQ=255)
                   aTTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGAc                                                                      >  2:1233399/1‑93 (MQ=255)
                     tGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACaa                                                                    <  1:2755737/93‑1 (MQ=255)
                     tGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACaa                                                                    <  2:9080195/93‑1 (MQ=255)
                      ggTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACaaa                                                                   <  1:6398604/93‑1 (MQ=255)
                        tCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACt                                                                 >  1:949266/1‑93 (MQ=255)
                          gtgtGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGa                                                               >  2:8110992/1‑93 (MQ=255)
                           tgtgAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGTGGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGaa                                                              <  2:7675831/93‑1 (MQ=255)
                           tgtgAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGaa                                                              >  2:5385285/1‑93 (MQ=255)
                              gAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGt                                                           <  2:2093700/93‑1 (MQ=255)
                               aaTCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTc                                                          <  2:6238203/93‑1 (MQ=255)
                                 tCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTa                                                        <  1:7702716/93‑1 (MQ=255)
                                 tCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTa                                                        <  2:8955851/93‑1 (MQ=255)
                                 tCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTa                                                        >  1:1245182/1‑93 (MQ=255)
                                 tCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTa                                                        <  1:3359104/93‑1 (MQ=255)
                                  cAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTAt                                                       <  2:3096464/93‑1 (MQ=255)
                                   aGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATg                                                      >  1:3894067/1‑93 (MQ=255)
                                   aGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATg                                                      >  1:1301104/1‑93 (MQ=255)
                                   aGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATg                                                      <  2:8523051/93‑1 (MQ=255)
                                    gCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATgg                                                     <  2:9047789/93‑1 (MQ=255)
                                    gCGGTGTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATgg                                                     <  2:2439996/93‑1 (MQ=255)
                                     cGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGc                                                    <  2:2781155/93‑1 (MQ=255)
                                      ggTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCa                                                   <  1:6349222/93‑1 (MQ=255)
                                      ggTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCa                                                   <  2:7908371/93‑1 (MQ=255)
                                      ggTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCa                                                   <  1:5666077/93‑1 (MQ=255)
                                        tttGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATg                                                 <  1:1803380/93‑1 (MQ=255)
                                          tGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATggg                                               <  1:4876016/93‑1 (MQ=255)
                                           gggATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCAtcgcc                                              >  1:5479037/1‑89 (MQ=255)
                                            ggATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGcc                                             >  1:4947076/1‑93 (MQ=255)
                                             gATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCg                                            >  2:4884940/1‑93 (MQ=255)
                                               tGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTg                                          <  1:3061816/93‑1 (MQ=255)
                                               tGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTg                                          <  1:5634123/93‑1 (MQ=255)
                                                gggTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGa                                         >  1:9843871/1‑93 (MQ=255)
                                                gggTTAGGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATCACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGa                                         <  1:9287014/93‑1 (MQ=255)
                                                  gTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATa                                       <  1:8242494/93‑1 (MQ=255)
                                                    tATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCTTGATaaa                                     <  1:10045762/93‑1 (MQ=255)
                                                    tATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATaaa                                     >  1:912582/1‑93 (MQ=255)
                                                     aTGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATaaaa                                    <  1:6754124/93‑1 (MQ=255)
                                                     aTGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATaaaa                                    <  2:4375031/93‑1 (MQ=255)
                                                      tgtgGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGAGACTACGGTGATGAAACACTGCAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAg                                   >  1:7089333/1‑93 (MQ=255)
                                                        tggtggAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGcc                                 >  1:4015076/1‑93 (MQ=255)
                                                         ggtggAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCa                                <  1:1602078/93‑1 (MQ=255)
                                                         ggtggAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCa                                <  2:7167356/93‑1 (MQ=255)
                                                           tggAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATg                              >  1:2315539/1‑93 (MQ=255)
                                                           gggAAGTGATTCGTGGTGATAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAACCTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATg                              <  2:3356683/92‑1 (MQ=255)
                                                             gAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATTaa                            >  2:8172418/1‑93 (MQ=255)
                                                             gAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGaa                            >  2:7369304/1‑93 (MQ=255)
                                                             gAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGaa                            <  2:3967675/93‑1 (MQ=255)
                                                              aaGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAAc                           <  1:7011965/93‑1 (MQ=255)
                                                               aGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACa                          >  2:10012152/1‑93 (MQ=255)
                                                               aGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACa                          <  2:1607445/93‑1 (MQ=255)
                                                               aGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACa                          <  1:430586/93‑1 (MQ=255)
                                                               aGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACa                          <  2:6388744/93‑1 (MQ=255)
                                                                 tGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACAtt                        <  1:6045917/93‑1 (MQ=255)
                                                                 tGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACAtt                        >  1:1672096/1‑93 (MQ=255)
                                                                 tGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACAtt                        <  1:28219/93‑1 (MQ=255)
                                                                 tGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACAtt                        >  1:530355/1‑93 (MQ=255)
                                                                  gATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTg                       >  1:2462/1‑93 (MQ=255)
                                                                  gATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTg                       <  1:222733/93‑1 (MQ=255)
                                                                    ttCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTggg                     >  2:8297521/1‑93 (MQ=255)
                                                                     tCGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGt                    >  2:5048702/1‑93 (MQ=255)
                                                                      cGTGGTGCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTg                   >  2:9371348/1‑93 (MQ=255)
                                                                        tggtgCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAg                 <  1:7861937/93‑1 (MQ=255)
                                                                        tggtgCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAg                 >  2:5095551/1‑93 (MQ=255)
                                                                         ggtgCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGc                >  1:1987192/1‑93 (MQ=255)
                                                                          gtgCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCg               >  2:9839924/1‑93 (MQ=255)
                                                                          gtgCTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCg               >  2:6857852/1‑93 (MQ=255)
                                                                             cTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGa            <  2:5602848/93‑1 (MQ=255)
                                                                             cTAATAACCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGa            >  1:9000843/1‑93 (MQ=255)
                                                                               aataaCCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATc          <  2:5949943/93‑1 (MQ=255)
                                                                               aataaCCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATc          <  1:4129485/93‑1 (MQ=255)
                                                                                ataaCCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATcc         <  1:6002604/93‑1 (MQ=255)
                                                                                 taaCCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATCCg        >  2:327652/1‑93 (MQ=255)
                                                                                  aaCCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATCCGc       <  2:5782341/93‑1 (MQ=255)
                                                                                   aCCAGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATCCGcc      >  2:3320960/1‑93 (MQ=255)
                                                                                      aGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATCCGCCAGc   <  1:5836822/93‑1 (MQ=255)
                                                                                      aGCGCATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATCCGCCAGc   >  1:9394848/1‑93 (MQ=255)
                                                                                       gcgcATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATCCGCCAGCt  >  2:8386707/1‑93 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                         
TCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGTATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATCCGCCAGCT  >  NC_000913/4004722‑4004901

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: