| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,041,927 | A→G | Y50C (TAC→TGC) | b3861 → | putative GTP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,041,927 | 0 | A | G | 99.8% | 1767.8 / ‑5.8 | 538 | Y50C (TAC→TGC) | b3861 | putative GTP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (335/201); total (336/202) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 544 total aligned reads displayed.
GCACATGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCG > NC_000913/4041837‑4042016 | gCACATGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCg > 1:360835/1‑93 (MQ=255) caTGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGCATAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGata < 2:8951815/93‑1 (MQ=255) caTGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGata < 2:3163209/93‑1 (MQ=255) aTGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGatat > 2:8552875/1‑93 (MQ=255) tGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATg > 1:4524615/1‑93 (MQ=255) ggTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTATAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGa < 1:9604330/93‑1 (MQ=255) ggTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGa < 2:910955/93‑1 (MQ=255) ggTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGa < 2:9203012/93‑1 (MQ=255) tACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACg > 2:1801940/1‑93 (MQ=255) acacAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGt > 2:3796320/1‑93 (MQ=255) acaGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTa > 1:9419566/1‑93 (MQ=255) acaGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTa > 1:990638/1‑93 (MQ=255) acaGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTa > 2:8231493/1‑93 (MQ=255) caGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTaa < 1:7379101/93‑1 (MQ=255) caGGAACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAACAAGAAAGGTGACCATGCCGGCGATATACCGTTag > 2:8392118/1‑92 (MQ=255) aCGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTAt > 2:7526627/1‑93 (MQ=255) cGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATc > 1:6840702/1‑93 (MQ=255) cGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAAAATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATc < 2:9452820/93‑1 (MQ=255) aaaTTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCaaa > 2:7018493/1‑93 (MQ=255) aaaTTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCaaa > 2:4600020/1‑93 (MQ=255) aaTTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCaaaa < 2:1470098/93‑1 (MQ=255) aaTTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCaaaa > 2:9183487/1‑93 (MQ=255) aaTTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCaaaa > 1:6619572/1‑93 (MQ=255) aTTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAAt < 2:8042522/93‑1 (MQ=255) aTTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAAt < 1:5918311/93‑1 (MQ=255) gCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGa < 1:3064481/93‑1 (MQ=255) cTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACa > 2:6536525/1‑93 (MQ=255) tGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACaa > 1:7503811/1‑93 (MQ=255) tGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACaa > 2:1369775/1‑93 (MQ=255) tGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACaa > 2:5594968/1‑93 (MQ=255) aggTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACaa < 2:7245664/92‑1 (MQ=255) ggTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACaaa < 1:4637739/93‑1 (MQ=255) ggTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACaaa > 2:6150401/1‑93 (MQ=255) gtgtCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAg < 1:5408433/93‑1 (MQ=255) gtgtCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAg > 2:6888784/1‑93 (MQ=255) gtgtCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAg < 1:8163431/93‑1 (MQ=255) tgtCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAgg > 1:9126339/1‑93 (MQ=255) tCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCt > 2:6691103/1‑93 (MQ=255) tCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCt > 2:1990465/1‑93 (MQ=255) cGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCtt > 1:1236194/1‑93 (MQ=255) gAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCttt < 2:958978/93‑1 (MQ=255) aaaaTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCttttt > 2:787304/1‑93 (MQ=255) aaaTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCtttttt < 2:5288113/93‑1 (MQ=255) aaaTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCtttttt > 2:7145936/1‑93 (MQ=255) aaaTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCtttttt < 1:8627075/93‑1 (MQ=255) aaaTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCtttttt > 1:3908783/1‑93 (MQ=255) aaaTTTATAAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCtttttt > 1:7654433/1‑93 (MQ=255) aTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTaa > 2:4104793/1‑93 (MQ=255) tttATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAAt > 2:4484044/1‑93 (MQ=255) tattaAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTc > 2:1074942/1‑93 (MQ=255) tattaAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTc > 1:4762389/1‑93 (MQ=255) tattaAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTc < 2:5856741/93‑1 (MQ=255) taAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCg < 2:8748444/93‑1 (MQ=255) taAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGCTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCg > 1:3246785/1‑93 (MQ=255) 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tGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACgg < 1:4231398/93‑1 (MQ=255) tGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACgg > 2:2866880/1‑93 (MQ=255) gAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAGATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGt < 1:9727064/93‑1 (MQ=255) gAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGt < 2:5134861/93‑1 (MQ=255) gAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGt < 1:230573/93‑1 (MQ=255) gAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGt > 2:7619744/1‑93 (MQ=255) aaCATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTg > 2:3923075/1‑93 (MQ=255) cATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCa > 2:9334307/1‑93 (MQ=255) cATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCa > 1:1346568/1‑93 (MQ=255) tGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCAcc < 1:7288007/93‑1 (MQ=255) tGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCAcc < 1:8459619/93‑1 (MQ=255) tGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCAcc > 2:4687185/1‑93 (MQ=255) gCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCAccc > 2:2553070/1‑93 (MQ=255) ccTACGATATGACGTTAAGTTATCAACATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCACATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCg > 1:401143/1‑93 (MQ=255) | GCACATGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCG > NC_000913/4041837‑4042016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |